Для поиска кластеров, соответствующих заданному филогенетическому профилю, используется страница Profile search. Профиль задаётся таблицей: напротив имени каждого организма, представленного в ней, выбирается один из знаков: +, –, ?. Первый из знаков показывает, что в искомом кластере имеется хотя бы один белок из этого организма; второй из них – нет такого белка; третий – допустим любой из вариантов. Для быстрой расстановки одного из знаков сразу по всему столбцу используются одноимённые кнопки, расположенными в верхней части таблицы.
После заполнения таблицы поиск соответствующего ей кластера (одного или нескольких) начинается нажатием кнопки » справа от таблицы. В правой части страницы отобразится результат поиска: число кластеров, удовлетворяющих заданной таблице (запросу) и список их идентификаторов или сообщение об отсутствии хотя бы одного кластера по запросу. Каждый идентификатор является ссылкой, при нажатии на которую в отдельном окне будет показан список белков, составляющих кластер. Ссылки, расположенные в первом столбце таблицы с белками, позволяют быстро перейти к информации о соответствующей аминокислотной последовательности на сайте NCBI.
Для определения белковых кластеров специфичных для рода Porphyra выполяем следующую последовательность действий.
Появляется ответ, состоящий из списка кластеров: RL00aef3d2, RL00aef3d3, RL00aef3e9, RL00aef47a. При переходе, например, по ссылке RL00aef3d2 отобразится список белков, входящих в этот кластер: NP_053826 (Porphyra purpurea) и YP_536898 (Porphyra yezoensis).
Для поиска кластеров с белками, которые содержат заданную аминокислотную последовательность или соответствуют заданному шаблону, используется страница Sequence search. Работа с этой страницей аналогична работе в типичных поисковых системах (например, Google, Яндекс). В поле ввода нужно поместить искомую последовательность букв и отправить запрос, нажав кнопку Find. Строчные буквы дают тот же результат, что и соответствующие прописные. Любые символы, не являющиеся латинскими буквами, игнорируются, т.е. запрос «A--B C» эквивалентен запросу «ABC». При этом X соответствует любой букве, и B соответствует любой из букв списка I, L, V, что позволяет искать последовательности, удовлетворяющие шаблону.
Результаты поиска: число найденных белков и кластеров и список аминокислотных последовательностей, удовлетворяющих запросу или сообщение об отсутствии результата. Информация по каждому найденному кластеру представляется в форме: заголовок, содержащий идентификатор кластера; число белков в кластере (если оно больше единицы), за которым следует список самих белков в формате FASTA. Для удобства сравнения нескольких белков каждая последовательность отображается в виде одной строки, снабжённой индивидуальной полосой прокрутки, что позволяет визуально сопоставить интересующие фрагменты, расположив их друг под другом. Участок последовательности, соответствующий запросу, выделен фоновым цветом.