Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук

Дополнительные материалы к статье «Аттенюаторная регуляция оперонов биосинтеза аминокислот и аминоацил-тРНК у бактерий: сравнительный геномный анализ» (К.В. Лопатовская, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий)

• Рис. 1. РНК-триплекс перед геном hisG у E. coli
• Рис. 2. LEU1-псевдоузел перед геном leuA у D. shibae
• Рис. 3. LEU-псевдоузел перед геном leuA у M. bovis
• Рис. 4. Классическая аттенюаторная регуляция a) оперона pheST у α-протеобактерий, b) гена pheA у β-протеобактерий
• Рис. 5. Классическая аттенюаторная регуляция генов pheA и pheS у γ-протеобактерий
• Рис. 6. Дерево регуляторных областей генов pheA и pheS у γ-протеобактерий
• Рис. 7. Классическая аттенюаторная регуляция a) гена thrA у α-протеобактерий, b) генов thrA и thrS у δ-протеобактерий
• Рис. 8. Классическая аттенюаторная регуляция гена thrA у γ-протеобактерий
• Рис. 9. Классическая аттенюаторная регуляция гена thrS у β-протеобактерий
• Рис. 10. Дерево паралогов гена thrS у δ-протеобактерий
• Рис. 11. Дерево регуляторных областей паралогов гена thrS у δ-протеобактерий
• Рис. 12. Классическая аттенюаторная регуляция a) оперонов trpE, trpS, trpBE, trpBA у актинобактерий, b) гена trpB у Bacillales (Firmicutes)
• Рис. 13. Дерево регуляторных областей генов trpE и trpS у актинобактерий
• Рис. 14. Классическая аттенюаторная регуляция гена trpE у α-протеобактерий
• Рис. 15. Классическая аттенюаторная регуляция гена trpE у β-протеобактерий
• Рис. 16. Классическая аттенюаторная регуляция гена trpE у γ-протеобактерий
• Рис. 17. Классическая аттенюаторная регуляция a) гена trpE у Bacteroidetes, b) гена trpE у Thermotogae
• Рис. 18. Классическая аттенюаторная регуляция гена trpS у δ-протеобактерий
• Рис. 19. Классическая аттенюаторная регуляция гена hisS a) у α-протеобактерий, b) у Thermotogae
• Рис. 20. Классическая аттенюаторная регуляция гена hisG у γ-протеобактерий
• Рис. 21. Классическая аттенюаторная регуляция гена hisZ у Firmicutes
• Рис. 22. Классическая аттенюаторная регуляция гена hisG у Bacteroidetes
• Рис. 23. Классическая аттенюаторная регуляция гена lysQ у Firmicutes
• Рис. 24. Классическая аттенюаторная регуляция генов ilvВ и ilvI у актинобактерий
• Рис. 25. Классическая аттенюаторная регуляция генов ilvB и ilvI у α-протеобактерий
• Рис. 26. Классическая аттенюаторная регуляция гена ilvB a-b) у β-протеобактерий, c) у δ-протеобактерий
• Рис. 27. Классическая аттенюаторная регуляция генов ilvB, ilvG, ilvC, ilvA у γ-протеобактерий
• Рис. 28. Дерево регуляторных областей генов ilvA, ilvB, ilvC, ilvG у γ-протеобактерий
• Рис. 29. Вероятность преждевременной терминации транскрипции гена ilvB у δ-протеобактерий
• Рис. 30. Классическая аттенюаторная регуляция гена ilvD a) у актинобактерий, b) у Chloroflexi, c) у BacteroidetesChlorobi
• Рис. 31. Классическая аттенюаторная регуляция гена ilvD у Firmicutes
• Рис. 32. Вероятность преждевременной терминации транскрипции оперона ilvD у Staphylococcus и Listeria
• Рис. 33. Классическая аттенюаторная регуляция гена leuA a) у α-протеобактерий, b) у β-протеобактерий, c) у δ-протеобактерий
• Рис. 34. Классическая аттенюаторная регуляция гена leuA у γ-протеобактерий
• Рис. 35. LEU-регуляция гена leuA у актинобактерий
• Рис. 36. LEU1-регуляция гена leuA у α-протеобактерий
• Рис. 37. LEU1-регуляция гена leuA у β-протеобактерий
• Таблица 1. Потенциальная аттенюаторная регуляция у бактерий
• Таблица 2. Список бактерий, для которых алгоритм нашел потенциальную аттенюаторную регуляцию