Основные программные продукты, разработанные в лаборатории

• Anneal: Модель эволюции регуляторного сигнала со вторичной структурой
  • Госрегистрация № 2014615603 от 29.05.2014: Программа моделирования эволюции регуляторного сигнала с вторичной структурой – RSEVOL2STR.
• ChromoGGL: Построение кратчайшей последовательности хромосомных перестроек и восстановление хромосомных структур
• embed3GL: Исследование совместной эволюции генов и видов
  • Госрегистрация № 2014615607 от 29.05.2014: Программа для филогенетического исследования совместной эволюции генов и видов – EMBED3GL.
• iHCE: Поиск высококонсервативных элементов в наборе геномов
  • Госрегистрация № 2020661965 от 05.10.2020: Программа PAIRHITS для нахождения пар приближенно совпадающих слов в двух последовательностях ДНК из разных геномов.
  • Госрегистрация № 2020661964 от 05.10.2020: Программа BLDGRAPH для уплотнения исходного множества рёбер и построения начального многодольного графа.
  • Госрегистрация № 2020662428 от 13.10.2020: Программа FINDENSE для построения финального графа и нахождения в нём m-плотных подграфов с наибольшим суммарным весом рёбер.
• lossgainRSL: Предсказание потерь и приобретений генов
  • Госрегистрация № 2019615070 от 18.04.2019: Программа LOSSGAINRSL для предсказания потерь и приобретений генов между несколькими наборами видов.
• ProtFile: Поиск белков по филогенетическому профилю
• ProtClust: База данных белков, кодируемых в пластидах
• RepIns: Поиск вставок прямых повторов в некодирующих областях
• Rivals / cpRivals: Модель конкуренции РНК-полимераз
  • Госрегистрация № 2014615583 от 29.05.2014: Программа интерактивного моделирования взаимодействия и конкуренции РНК-полимераз – RIVALS.
  • Госрегистрация № 2014615585 от 29.05.2014: Программа параллельного моделирования взаимодействия и конкуренции РНК-полимераз – CPRIVALS.
• RNAmodel: Модель РНК-овой регуляции у бактерий
  • Госрегистрация № 2014615584 от 29.05.2014: Программа моделирования классической аттенюаторной регуляции – RNAMODEL.
• Super3GL / Basis3GL: Построение филогенетического супердерева
  • Госрегистрация № 2014615610 от 29.05.2014: Программа построения филогенетического супердерева – SUPER3GL.
  • Госрегистрация № 2014662596 от 03.12.2014: Программа построения базисных деревьев для плохо обусловленного набора исходных деревьев генов – BASIS3GL.
• TIQMax: Анализ эволюции набора белковых семейств и построение дерева видов
• TwoBox: Поиск мультибоксового регуляторного сигнала

См. также:

Свидетельства о государственной регистрации программ для ЭВМ

Полученные нами быстрые суперкомпьютерные программные разработки с оригинальными алгоритмами