Основные программные продукты, разработанные в лаборатории
См. также: Свидетельства о государственной регистрации программ для ЭВМ
- Anneal: Модель эволюции регуляторного сигнала со вторичной структурой
Программа моделирования эволюции регуляторного сигнала с вторичной структурой – RSEVOL2STR // гос. рег. № 2014615603 от 29.05.2014. - ChromoGGL: Построение кратчайшей последовательности хромосомных перестроек и восстановление хромосомных структур
- embed3GL: Исследование совместной эволюции генов и видов
Программа для филогенетического исследования совместной эволюции генов и видов – EMBED3GL // гос. рег. № 2014615607 от 29.05.2014. - iHCE: Поиск высококонсервативных элементов в наборе геномов
Программа PAIRHITS для нахождения пар приближенно совпадающих слов в двух последовательностях ДНК из разных геномов // гос. рег. № 2020661965 от 05.10.2020.
Программа BLDGRAPH для уплотнения исходного множества рёбер и построения начального многодольного графа // гос. рег. № 2020661964 от 05.10.2020.
Программа FINDENSE для построения финального графа и нахождения в нём m-плотных подграфов с наибольшим суммарным весом рёбер // гос. рег. № 2020662428 от 13.10.2020. - lossgainRSL: Предсказание потерь и приобретений генов
Программа LOSSGAINRSL для предсказания потерь и приобретений генов между несколькими наборами видов // гос. рег. № 2019615070 от 18.04.2019. - ProtFile: Поиск белков по филогенетическому профилю
- ProtClust: База данных белков, кодируемых в пластидах
- RepIns: Поиск вставок прямых повторов в некодирующих областях
- Rivals / cpRivals: Модель конкуренции РНК-полимераз
Программа интерактивного моделирования взаимодействия и конкуренции РНК-полимераз – RIVALS // гос. рег. № 2014615583 от 29.05.2014.
Программа параллельного моделирования взаимодействия и конкуренции РНК-полимераз – CPRIVALS // гос. рег. № 2014615585 от 29.05.2014. - RNAmodel: Модель РНК-овой регуляции у бактерий
Программа моделирования классической аттенюаторной регуляции – RNAMODEL // гос. рег. № 2014615584 от 29.05.2014. - Super3GL / Basis3GL: Построение филогенетического супердерева
Программа построения филогенетического супердерева – SUPER3GL // гос. рег. № 2014615610 от 29.05.2014.
Программа построения базисных деревьев для плохо обусловленного набора исходных деревьев генов – BASIS3GL // гос. рег. № 2014662596 от 03.12.2014. - TIQMax: Анализ эволюции набора белковых семейств и построение дерева видов
- TwoBox: Поиск мультибоксового регуляторного сигнала