Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук

• Научная деятельность
• Направления исследований
• Публикации
• Презентации
• Программы
• Сотрудники
• Контакты

Программа моделирования конкуренции РНК-полимераз

Программа предназначена для моделирования конкуренции РНК-полимераз, транскрибирующих гены на разных цепях ДНК. Этот механизм регуляции встречается в органеллах растений и водорослей, например, в пластидах. С помощью программы были получены результаты, изложенные в [1-4].

[1] В.А. Любецкий, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов. Конкуренция РНК-полимераз, транскрибирующих общий локус в противоположных направлениях // Съезд генетиков и селекционеров, посвященный 200-летию со дня рождения Ч. Дарвина и V Съезд вавиловского общества генетиков и селекционеров, 2009, 21-27 июня, Москва, часть II, с. 68.
[2] О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, Л.И. Рубанов, В.А. Любецкий. Моделирование конкуренции РНК-полимераз: влияние нокаута сигма субъединицы и температуры на экспрессию генов // «Информационные технологии и системы»: Труды конференции ИТиС 32, Бекасово, 15 - 18 декабря 2009 г., с. 328-331.
[3] Lyubetsky V.A., Zverkov O.A., Rubanov L.I., Seliverstov A.V. Modeling RNA polymerase competition: the effect of sigma-subunit knockout and heat shock on gene transcription level // Biology Direct, 2011, 6:3. http://www.biology-direct.com/content/6/1/3
[4] Lyubetsky V.A., Zverkov O.A., Pirogov S.A., Rubanov L.I., Seliverstov A.V. Modeling RNA polymerase interaction in mitochondria of chordates // Biology Direct, 2012, 7:26. http://www.biology-direct.com/content/7/1/26

Имеется два варианта программы:
Rivals - графическое приложение (исполняемый модуль для Windows)
cpRivals - переносимая программа с интерфейсом командной строки для мультипроцессорной системы с MPI (исполняемые модули для Windows 32/64 бит и исходные тексты, свободно распространяемые на условиях лицензии GNU GPL)

Оба варианта реализуют одинаковый алгоритм и совместимы по файлам исходных данных, но различаются по быстродействию и функциональным возможностям. Программа Rivals предназначена в основном для подготовки файлов с исходными данными, интерактивного мониторинга работы модели и проведения пробных экспериментов. Программа cpRivals предназначена для массовых расчетов, в том числе с использованием высокопроизводительных кластеров.

Начиная с версии 1.5.x.x, оба варианта программы могут работать с кольцевыми последовательностями ДНК и поддерживается изменение параметров в ходе траектории модели. Начиная с версии 1.5.3.x, быстродействие программы существенно повышено по сравнению с прежними версиями.

Файлы для загрузки