09/03/25
21:16:23

Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук

Быстрые суперкомпьютерные с оригинальными алгоритмами полученные нами программные разработки (12 штук)

  1. Ещё не получила гос. регистрации –
    Быстрая компьютерная программа реконструкции предковой эволюции геномной структуры по её текущему проявлению и предсказание её дальнейшего развития.
    TRL 3
  2. Программа моделирования классической аттенюаторной регуляции – RNAMODEL (гос. рег. №2014615584)
    Моделирование процесса транскрипции регуляторной области гена с определением уровня его экспрессии в зависимости от внутриклеточной концентрации аминокислот.
    TRL 6
  3. Программа интерактивного моделирования взаимодействия и конкуренции РНК-полимераз – RIVALS (гос. рег. №2014615583)
    Моделирование процесса транскрипции выбранного участка ДНК в интерактивном режиме и подбор параметров для массового моделирования на суперкомпьютере.
    TRL 6
  4. Программа параллельного моделирования взаимодействия и конкуренции РНК-полимераз – CPRIVALS (гос. рег. №2014615585)
    Предсказательное моделирование процесса транскрипции выбранного участка ДНК в режиме параллельной пакетной обработки на суперкомпьютере.
    TRL 6
  5. Программа моделирования эволюции регуляторного сигнала с вторичной структурой – RSEVOL2STR (гос. рег. №2014615603)
    Реконструкция эволюционной динамики регуляторной последовательности ДНК выбранного гена по современному состоянию этой области у данного множества видов для заданного филогенетического дерева.
    TRL 5
  6. Программа для филогенетического исследования совместной эволюции генов и видов – EMBED3GL (гос. рег. №2014615607)
    Согласование больших наборов эволюционных деревьев и построение сценария эволюции с помощью точных алгоритмов с доказанной полиномиальной (кубической) сложностью.
    TRL 5
  7. Программа построения филогенетического супердерева – SUPER3GL (гос. рег. №2014615610)
    Построение двоичного дерева эволюции организмов, оптимально согласующего заданный набор деревьев (не обязательно двоичных) эволюции генов или иных биологических атрибутов этих организмов.
    TRL 5
  8. Программа построения базисных деревьев для плохо обусловленного набора исходных деревьев генов – BASIS3GL (гос. рег. №2014662596)
    Построение биологически более достоверного набора базисных деревьев для программ EMBED3GL и SUPER3GL в случаях плохо обусловленных входных геномных данных, не обеспечивающих однозначной реконструкции эволюционного сценария.
    TRL 5
  9. Программа LOSSGAINRSL для предсказания потерь и приобретений генов между несколькими наборами видов (гос. рег. №2019615070)
    Быстрый поиск генов, присутствующих и/или отсутствующих у нескольких групп видов в соответствии с заданной логической функцией (предикатом), на основе совместного анализа ортологии и синтении генов.
    TRL 6
  10. Программа PAIRHITS для нахождения пар приближенно совпадающих слов в двух последовательностях ДНК из разных геномов (гос. рег. №2020661965)
    Высокопроизводительный поиск пар приближенно совпадающих участков (слов) в двух длинных последовательностях ДНК, для нахождения высококонсервативных элементов (ВКЭ) в заданном множестве геномов на суперкомпьютере (1-й этап алгоритма).
    TRL 5
  11. Программа BLDGRAPH для уплотнения исходного множества рёбер и построения начального многодольного графа (гос. рег. №2020661964)
    Параллельное построение начального многодольного графа, в котором доля соответствует геному, для нахождения высококонсервативных элементов (ВКЭ) в заданном множестве геномов на суперкомпьютере (2-й этап алгоритма).
    TRL 5
  12. Программа FINDENSE для построения финального графа и нахождения в нём m-плотных подграфов с наибольшим суммарным весом рёбер (гос. рег. №2020662428)
    Быстрая декомпозиция начального графа в финальный, с выделением в нём m-плотных подграфов с максимальным весом, которые являются искомыми высококонсервативными элементами (ВКЭ) в заданном множестве геномов (3-й этап алгоритма).
    TRL 5