Lab.6 IITP RAS logo
13/12/18
02:18:09

Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук

« back

Программа построения супердерева

Программа предназначена для построения филогенетического супердерева (в частности, дерева видов) на основании набора деревьев генов, содержащихся в геноме этих видов. В основе программы лежит оригинальный алгоритм с рядом позднейших усовершенствований, включая распараллеливание для работы на мультипроцессорной системе в среде MPI версии 1.2 и выше. Программа может обрабатывать недвоичные (политомические) исходные деревья.

Программа Super3GL написана на С++ и имеет интерфейс командной строки. Текст программы переносим, и после соответствующей перекомпиляции может использоваться в среде ОС Windows 32/64-bit, Linux, Unix, MacOS.

Программа Basis3GL реализует альтернативный алгоритм построения базисных деревьев в случае плохо обусловленных исходных данных. Этот алгоритм намного медленнее реализованного в составе программы Super3GL и рекомендуется к запуску в параллельном варианте на многопроцессорном кластере. Программа написана на С++ и имеет интерфейс командной строки.
Полученные базисные деревья могут затем использоваться для построения супердерева с помощью программ Super3GL или Embed3GL.

Исполняемые модули программ для Windows (32- и 64-битная версии) и исходный код для Linux (одно- и мультипроцессорный вариант) можно загрузить по ссылкам ниже. Исходный код программ предоставляется бесплатно на условиях лицензии GNU General Public License (GPL) версии 3.GNU GPL V3

Файлы для загрузки

  Вариант без MPI Вариант с MPICH2 1.4.1p
Исполняемый модуль Super3GL для Windows 32bit 1.4.5 1.4.5
Исполняемый модуль Super3GL для Windows 64bit 1.4.5 1.4.5
Описание программы Super3GL (pdf) super3gl_ru
Исходный код Super3GL для Linux - GNU GPL V3 1.4.5
Утилита для расшифровки сокращений в дереве видов uncode
Скрипт для укоренения деревьев hogfilter3_ru
Исполняемый модуль Basis3GL для Windows 32bit 2.3.2 2.3.2
Исполняемый модуль Basis3GL для Windows 64bit 2.3.2 2.3.2
Исходный код Basis3GL для Linux - GNU GPL V3 2.3.2

Примеры использования Super3GL:

« back