Lab.6 IITP RAS logo
20/07/19
22:55:27

Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук

« back

Пример 3 использования программы Super3GL

В Примере 3 используется набор исходных деревьев (файл new_trees.tre), состоящий из 11516 деревьев генов, взятых из 276 "видов" (здесь - высокоуровневых таксонов, для которых необходимо составить супердерево). Таблица видов не используется. Метки листьев дерева содержат в качестве первого сегмента (до знака подчёркивания) имена "видов". Последующие сегменты метки могут содержать имя биологического семейства, имя штамма, номер макромолекулы, имя гена и т.п. Этот пример аналогичен Примеру 2, но в данном случае не проводятся отсечение редко встречающихся видов и обрезка деревьев.

Файл конфигурации программы для запуска в обычном режиме (фазы 1 и 2) - super3GL.ini

Командная строка запуска на 128 процессорах в среде MVAPICH-1.2:
mpirun -np 128 -maxtime 30 super3GL
Время исполнения на суперкомпьютере МВС-100К в МСЦ РАН - 17 мин.

Файл базисных деревьев, полученный после выполнения фазы 1 - basis.tre

Файл супердерева, полученный после выполнения фазы 2 - super3.tre

Файл протокола работы - super3GL.log

Загрузить комплект файлов Примера 3: example276.zip

« back