Пример 3 использования программы Super3GL

В Примере 3 используется набор исходных деревьев (файл new_trees.tre), состоящий из 11516 деревьев генов, взятых из 276 «видов» (здесь — высокоуровневых таксонов, для которых необходимо составить супердерево). Таблица видов не используется. Метки листьев дерева содержат в качестве первого сегмента (до знака подчёркивания) имена «видов». Последующие сегменты метки могут содержать имя биологического семейства, имя штамма, номер макромолекулы, имя гена и т.п. Этот пример аналогичен Примеру 2, но в данном случае не проводятся отсечение редко встречающихся видов и обрезка деревьев.

• Файл конфигурации программы для запуска в обычном режиме (фазы 1 и 2) — super3GL.ini.
• Командная строка запуска на 128 процессорах в среде MVAPICH-1.2:

  mpirun -np 128 -maxtime 30 super3GL

  Время исполнения на суперкомпьютере МВС-100К в МСЦ РАН — 17 мин.
• Файл базисных деревьев, полученный после выполнения фазы 1 — basis.tre.
• Файл супердерева, полученный после выполнения фазы 2 — super3.tre.
• Файл протокола работы — super3GL.log

Загрузить комплект файлов Примера 3: example276.zip.