Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук

Пример 2 использования программы Super3GL

В Примере 2 используется набор исходных деревьев (файл new_trees.tre), состоящий из 11516 деревьев генов, взятых из 276 "видов" (здесь - высокоуровневых таксонов, для которых необходимо составить супердерево). Таблица видов не используется. Метки листьев дерева содержат в качестве первого сегмента (до знака подчёркивания) имена "видов". Последующие сегменты метки могут содержать имя биологического семейства, имя штамма, номер макромолекулы, имя гена и т.п. В данном расчёте применяется отсечение высокоуровневых таксонов, которые относительно редко встречаются в наборе исходных деревьев (порог встречаемости p=500). После такой обрезки остаётся 11184 деревьев со 108 видами.

Файл конфигурации программы для запуска в обычном режиме (фазы 1 и 2) - super3GL.ini

Командная строка запуска на 32 процессорах в среде MPICH2-1.4.1:
mpirun -np 32 super3GL
Время исполнения на 32-ядерном (Xeon 2 ГГц) сервере под управлением Windows - 12 мин.

Файл базисных деревьев, полученный после выполнения фазы 1 - basis.tre

Файл супердерева, полученный после выполнения фазы 2 - super3.tre

Файл протокола работы - super3GL.log

Загрузить комплект файлов Примера 2: example108.zip