Пример 2 использования программы Super3GL

В Примере 2 используется набор исходных деревьев (файл new_trees.tre), состоящий из 11516 деревьев генов, взятых из 276 «видов» (здесь — высокоуровневых таксонов, для которых необходимо составить супердерево). Таблица видов не используется. Метки листьев дерева содержат в качестве первого сегмента (до знака подчёркивания) имена «видов». Последующие сегменты метки могут содержать имя биологического семейства, имя штамма, номер макромолекулы, имя гена и т.п. В данном расчёте применяется отсечение высокоуровневых таксонов, которые относительно редко встречаются в наборе исходных деревьев (порог встречаемости p=500). После такой обрезки остаётся 11184 деревьев со 108 видами.

• Файл конфигурации программы для запуска в обычном режиме (фазы 1 и 2) — super3GL.ini.
• Командная строка запуска на 32 процессорах в среде MPICH2-1.4.1:

  mpirun -np 32 super3GL

  Время исполнения на 32-ядерном (Xeon 2 ГГц) сервере под управлением Windows — 12 мин.
• Файл базисных деревьев, полученный после выполнения фазы 1 — basis.tre.
• Файл супердерева, полученный после выполнения фазы 2 — super3.tre.
• Файл протокола работы — super3GL.log.

Загрузить комплект файлов Примера 2: example108.zip.