Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук

• Научная деятельность
• Направления исследований
• Публикации
• Презентации
• Программы
• Сотрудники
• Контакты

Пример 1 использования программы Super3GL

В Примере 1 используется набор исходных деревьев, состоящий из 1000 деревьев генов, взятых из 40 видов (файл input_trees.tre). Деревья не содержат имён самих генов, указано только сокращённое обозначение вида. Таблица видов не используется.

Файл конфигурации программы для запуска в обычном режиме (фазы 1 и 2) - super3GL.ini

Командная строка запуска на 2 процессорах в среде MPICH2 v.1.3.2:
mpiexec -np 2 super3GL
Время исполнения на 2-ядерном процессоре Core2 Duo с тактовой частотой 2.53 ГГц - 11 мин.

Файл базисных деревьев, полученный после выполнения фазы 1 - basis.tre

Файл супердерева, полученный после выполнения фазы 2 - super3.tre

Файл протокола работы - super3GL.log

Загрузить комплект файлов Примера 1: example040.zip