Пример 4 использования программы Super3GL

В Примере 4 используется набор исходных деревьев, состоящий из 1511 деревьев генов, взятых из 820 бактериальных видов (файл all_trees.tre). Метки листьев дерева содержат в качестве первого сегмента (до знака подчёркивания) сокращённые названия видов; далее идут номер генома и имя гена. Таблица расшифровки названий видов представлена файлом BacNames.csv. Из содержащихся в таблице 820 видов шесть вообще не встречаются в исходных деревьях генов; кроме того, в двух деревьях присутствует только один вид. Программа удаляет указанные данные как неинформативные, в результате остаётся 1509 деревьев с 814 видами.

• Файл конфигурации программы для запуска в обычном режиме (фазы 1 и 2) — super3GL.ini.
• Командная строка запуска на 512 процессорах в среде MVAPICH-1.2:

  mpirun -np 512 -maxtime 600 super3GL

  Время исполнения на суперкомпьютере МВС-100К в МСЦ РАН — 391 мин.
• Файл базисных деревьев, полученный после выполнения фазы 1 — basis.tre.
• Файл супердерева, полученный после завершения фазы 2 — super3.tre.
  Отметим, что это дерево неполное: 82 вида (из 814) нельзя однозначно вставить в дерево, поэтому они были отброшены (см. протокол работы).
• Тот же файл после расшифровки обозначений видов с помощью утилиты uncode — super3n.tre; получен с помощью командной строки:

  uncode super3.tre BacNames.csv super3n.tre

• Файл протокола работы — super3GL.log.

Загрузить комплект файлов Примера 4: example814.zip.