25/04/24
21:58:03
21:58:03
Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук
Русский :: English
Предварительные алгоритмы реконструкции предковых геномных структур и их программные реализации
Задачи и алгоритмы их решения подробно описаны в руководстве пользователя к каждой программе. Архив с программой содержит контрольные примеры для ее проверки.
- ChromoGGL - для разных цен операций и структур без паралогов:
- вычисление кратчайшего расстояния между двумя данными структурами;
- построение кратчайшего преобразования - последовательности операций, преобразующих одну структуру в другую;
- построение оптимального дерева структур для заданных структур в его листьях.
Файлы для загрузки:
- ChromoGGL для Windows
- Руководство пользователя
- Утилита gbk_converter для преобразования генома из формата GenBank (.gbk/.gbff) в формат программы ChromoGGL
- Distance-Сircular-GGL - для равных цен операций и структур с паралогами:
- сведение к ЦЛП задачи вычисления кратчайших расстояния и преобразования для случая кольцевых хромосом.
Файлы для загрузки:
- Distance-Сircular-GGL для Windows
- Руководство пользователя
- Distance-Сommon-GGL - для равных цен операций и структур с паралогами:
- сведение к ЦЛП задачи вычисления кратчайших расстояния и преобразования для случая кольцевых и линейных хромосом.
Файлы для загрузки:
- Distance-Сommon-GGL для Windows
- Руководство пользователя
- Distance-to-Structs-GGL - утилита для построения результирующих структур:
- преобразует найденное решение задачи ЦЛП в исходный формат геномных структур с расставленными паралогами.
Файлы для загрузки:
- Distance-to-Structs-GGL для Windows
- Руководство пользователя