Lab.6 IITP RAS logo
11/12/19
11:28:20

Laboratory of Mathematic methods and models in bioinformatics,
Institute for Information Transmission Problems,
Russian Academy of Sciences

« back

Предварительные алгоритмы реконструкции предковых геномных структур и их программные реализации

Задачи и алгоритмы их решения подробно описаны в руководстве пользователя к каждой программе. Архив с программой содержит контрольные примеры для ее проверки.

  1. ChromoGGL - для разных цен операций и структур без паралогов:
    - вычисление кратчайшего расстояния между двумя данными структурами;
    - построение кратчайшего преобразования - последовательности операций, преобразующих одну структуру в другую;
    - построение оптимального дерева структур для заданных структур в его листьях.
    Файлы для загрузки:
  2. Distance-Сircular-GGL - для равных цен операций и структур с паралогами:
    - сведение к ЦЛП задачи вычисления кратчайших расстояния и преобразования для случая кольцевых хромосом.
    Файлы для загрузки:
  3. Distance-Сommon-GGL - для равных цен операций и структур с паралогами:
    - сведение к ЦЛП задачи вычисления кратчайших расстояния и преобразования для случая кольцевых и линейных хромосом.
    Файлы для загрузки:
  4. Distance-to-Structs-GGL - утилита для построения результирующих структур:
    - преобразует найденное решение задачи ЦЛП в исходный формат геномных структур с расставленными паралогами.
    Файлы для загрузки:
« back