Основные направления исследований

• Эволюция регуляторного сигнала с вторичной структурой; множественное выравнивание с учётом вторичной структуры; метод аннилинга; принцип парсимонии
• Предковые регуляторные сигналы. Эволюция регуляторных мотивов транскрипционных факторов
• Классическая аттенюаторная регуляция
• Эволюция белок-ДНКового взаимодействия
• Согласование эволюций гена и вида
• Консервативность и вариабельность промоторов в пластидах
• Взаимодействие и конкуренция РНК-полимераз
• Построение супердерева
• Кластеризация белков
• Филогенетический профиль
• Вставки прямых повторов
• Поиск генов, играющих важную роль в развитии мозга и регенерации придатков тела
• Перестройки хромосомных структур
• Поиск высококонсервативных элементов в наборе геномов
• Т-боксовая и другая неклассическая регуляция
• Происхождение животных, дерево жизни
• Многопараметрическая дискретная оптимизация
• Эффективное описание сложных структур