Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук

Кластеризация белков

Разделение белков по семействам позволяет уточнять их аннотации и выполнять поиск белка по его филогенетическому профилю. Нами выполнено такое разделение (кластеризация) белков, кодируемых в пластомах некоторых таксономических групп. Использованный оригинальный алгоритм описан в статье [1]. Интерфейсы соответствующей базы данных доступны по ссылкам в разделе «Программы» (ниже на этой странице).

Статьи

1. О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий «Белковые семейства, специфичные для пластомов небольших таксономических групп водорослей и простейших» Молекулярная биология, 2012, том 46, № 5, стр. 799–809.
   Текст статьи: PDF (draft), PDF (Eng).
   Дополнительные материалы: Список кластеров для пластид родофитной ветви.
2. В.А. Любецкий, А.В. Селиверстов, О.А. Зверков «Построение разделяющих паралоги семейств гомологичных белков, кодируемых в пластидах цветковых растений» Математическая биология и биоинформатика, 2013, том 8, № 1, стр. 225–233.
   Текст статьи: PDF,

Программы

• База данных белковых кластеров (описана в статьях [1, 2]).