Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук

Согласование эволюций гена и вида

Алгоритм, описанный в статье [1], согласует данные дерево генов и дерево видов с учётом эволюционных событий дупликации, потери и горизонтального переноса гена.

Статьи

1. V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, L.Yu. Rusin, K.Yu. Gorbunov “Cubic time algorithms of amalgamating gene trees and building evolutionary scenarios”, Biology Direct, 2012, Vol. 7, No. 48.
   Текст
2. К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий «Реконструкция эволюции генов вдоль дерева видов» Молекулярная биология, 2009, том 43, № 5, стр. 946–958.
   Текст статьи: PDF, PDF (Eng.)
3. К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий «Об одном алгоритме согласования деревьев генов и видов с учетом дупликаций, потерь и горизонтальных переносов генов» Информационные процессы, 2010, том 10, № 2, стр. 140–144.
   Текст статьи: PDF
4. J.-Ph. Doyon, C. Scornavacca, K.Yu. Gorbunov, G.J. Szollosi, V. Ranwez, V. Berry “An Efficient Algorithm for Gene/Species Trees Parsimonious Reconciliation with Losses, Duplications and Transfers” Lecture Notes in Computer Science, 2011, Vol. 6398, 93-108.
   Текст статьи: PDF

Программы

• Программа embed3GL для филогенетического исследования совместной эволюции генов и видов
• Программа gene3GL построения дерева генов по выравниванию
• Программа scenario3GL построения сценариев эволюции генов внутри дерева видов в графической форме