Эволюция регуляторного сигнала с вторичной структурой; множественное выравнивание с учётом вторичной структуры; метод аннилинга; принцип парсимонии

[Общее описание темы]

Статьи

В.А. Любецкий, Е.А. Жижина, Л.И. Рубанов «Гиббсовский подход в задаче эволюции регуляторного сигнала экспрессии гена» Проблемы передачи информации, 2008, том 44, вып. 4, стр. 52-71.
Текст статьи: PDF, PDF (draft), PDF (Eng.)
К.Ю. Горбунов, Е.В. Любецкая, Е.А. Асарин, В.А. Любецкий «Реконструкция эволюции бактериальных регуляторных сигналов, основанных на вторичной структуре» Молекулярная биология, 2009 том 43, № 3, стр. 527–541.
Текст статьи: PDF, PDF (Eng.), ещё PDF (Eng.)

Программы

Программа Anneal реализует алгоритм, описанный в статье [1].
Программа StructParsim реализует алгоритм, описанный в статье [2].

Результаты

Здесь приведены некоторые результаты работы программы, описанной в статье [2]. Каждый результат приведён в виде пары: данное дерево видов и выравнивание, полученное программой.