11:24:59
Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук
Список генов, приобретенных четвероногими
В рамках проекта «Поиск генов, играющих важную роль в развитии мозга и регенерации придатков тела» оригинальной программой lossgainRSL были выявлены следующие 52 гена лягушки, которые, возможно, есть у рептилий, птиц и млекопитающих, но отсутствуют у рыб, включая миногу, и оболочников.
| Xenopus Gene ID | Gene Name | Description |
|---|---|---|
| ENSXETG00000000132 | rpl28 | ribosomal protein L28 |
| ENSXETG00000001468 | qrfp | pyroglutamylated RFamide peptide |
| ENSXETG00000001727 | fam105a | family with sequence similarity 105, member A |
| ENSXETG00000002504 | ltb | lymphotoxin beta (TNF superfamily, member 3) |
| ENSXETG00000002605 | bglap | bone gamma-carboxyglutamate (gla) protein |
| ENSXETG00000004490 | XB-GENE-986527 | Putative ortholog of cCA2 protein, 1 of 2 |
| ENSXETG00000004680 | tigd5 | tigger transposable element derived 5 |
| ENSXETG00000004698 | hsdl1 | hydroxysteroid dehydrogenase like 1 |
| ENSXETG00000005478 | c11orf48 | chromosome 11 open reading frame 48 |
| ENSXETG00000005639 | ||
| ENSXETG00000007073 | ccdc82 | coiled-coil domain containing 82 |
| ENSXETG00000007355 | c20orf186 | chromosome 20 open reading frame 186 |
| ENSXETG00000007923 | dnase2 | deoxyribonuclease II, lysosomal |
| ENSXETG00000010463 | nuf2 | NUF2, NDC80 kinetochore complex component, homolog |
| ENSXETG00000012323 | hmgn2 | high mobility group nucleosomal binding domain 2 |
| ENSXETG00000014817 | cmahp | cytidine monophospho-N-acetylneuraminic acid hydroxylase, pseudogene |
| ENSXETG00000015714 | nme6 | non-metastatic cells 6, protein expressed in (nucleoside-diphosphate kinase) |
| ENSXETG00000016245 | c12orf59 | chromosome 12 open reading frame 59 |
| ENSXETG00000016850 | prnp | prion protein |
| ENSXETG00000017292 | teddm1 | transmembrane epididymal protein 1 |
| ENSXETG00000017934 | hsd17b11 | hydroxysteroid (17-beta) dehydrogenase 11 |
| ENSXETG00000019079 | lgals9b | lectin, galactoside-binding, soluble, 9B |
| ENSXETG00000019153 | arc | activity-regulated cytoskeleton-associated protein |
| ENSXETG00000020235 | stra8 | stimulated by retinoic acid gene 8 homolog |
| ENSXETG00000020472 | pacrgl | PARK2 co-regulated-like |
| ENSXETG00000021991 | prl.1 | prolactin, gene 1 |
| ENSXETG00000022441 | ttc19 | tetratricopeptide repeat domain 19 |
| ENSXETG00000023012 | rcsd1 | RCSD domain containing 1 |
| ENSXETG00000025074 | asf1a | ASF1 anti-silencing function 1 homolog A |
| ENSXETG00000025286 | bola3 | bolA homolog 3 |
| ENSXETG00000025424 | ALS2CR19 | |
| ENSXETG00000025857 | chst9 | carbohydrate (N-acetylgalactosamine 4-0) sulfotransferase 9 |
| ENSXETG00000026715 | spef1 | sperm flagellar 1 |
| ENSXETG00000027360 | XB-GENE-5788061 | hypothetical LOC495228 |
| ENSXETG00000027419 | a4galt | alpha 1,4-galactosyltransferase |
| ENSXETG00000027477 | ||
| ENSXETG00000029949 | ||
| ENSXETG00000030290 | NPSR1 | neuropeptide S receptor 1 |
| ENSXETG00000030397 | ERI3 | ERI1 exoribonuclease family member 3 |
| ENSXETG00000030739 | ||
| ENSXETG00000030940 | IL22 | |
| ENSXETG00000031063 | OR11L1 | olfactory receptor, family 11, subfamily L, member 1 |
| ENSXETG00000031314 | SFTPC | |
| ENSXETG00000031504 | NEIL2 | |
| ENSXETG00000031516 | CD14 | CD14 molecule |
| ENSXETG00000032041 | trem2 | triggering receptor expressed on myeloid cells 2 |
| ENSXETG00000032124 | enam | enamelin |
| ENSXETG00000032367 | CMTM5 | CKLF-like MARVEL transmembrane domain containing 5 |
| ENSXETG00000032544 | apoa5 | apolipoprotein A5 |
| ENSXETG00000033297 | ||
| ENSXETG00000033448 | MGC145290 | |
| ENSXETG00000033484 |
Более подробные сведения о найденных генах содержатся в следующей таблице Microsoft Excel (некоторые браузеры позволяют просматривать её только в режиме “загрузить”): Таблица Microsoft Excel.
На 1м листе (Genes) указаны координаты и аннотации генов лягушки вместе с их гомологами у
рептилий, птиц и млекопитающих (считая гомологом найденный для первого же организма BLAST BBH).
На последующих листах указаны тройки находящихся в синтении генов лягушки и других организмов:
- на 2м листе (BLAST BBH) гомологи определяются по наилучшему отклику BLAST при поиске в обе стороны,
- на 3м листе (ENS Orthologs) гомологи определяются как ортологичные гены согласно БД ENSEMBL,
- на 4м листе (Protein Clusters) гомологи определяются по оригинальному алгоритму кластеризации белков.
В первой строке каждой тройки стоит найденный ген лягушки (из списка на листе Genes) или его гомолог у другого организма,
в следующих строках - два гена-свидетеля, расположенные не далее 2 мегабаз от первого гена, далее следует
пустая строка - разделитель.
« back