12:36:27
Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук
Список генов рыб, лягушки и рептилий, утраченных птицами и млекопитающими
В рамках проекта «Поиск генов, играющих важную роль в развитии мозга и регенерации придатков тела» оригинальной программой lossgainRSL были выявлены следующие 96 генов лягушки, которые есть у рыб и, возможно, рептилий, но утрачены птицами и млекопитающими.
| Xenopus Gene ID | Gene Name | Description |
|---|---|---|
| ENSXETG00000000291 | xgb | x globin |
| ENSXETG00000000295 | XB-GENE-5872932 | hypothetical protein MGC147475 |
| ENSXETG00000000409 | XB-GENE-956264 | Putative ortholog of calcium/calmodulin-dependent protein kinase type I (EC 2.7.1.123) (CaM kinase I), 2 of 2 |
| ENSXETG00000001082 | mras | muscle RAS oncogene homolog |
| ENSXETG00000001642 | ||
| ENSXETG00000002864 | ||
| ENSXETG00000003266 | vwc2l.2 | von Willebrand factor C domain-containing protein 2-like, gene 2 |
| ENSXETG00000003689 | XB-GENE-5796437 | microsomal glutathione S-transferase 3-like |
| ENSXETG00000004229 | ||
| ENSXETG00000004452 | ||
| ENSXETG00000004496 | ||
| ENSXETG00000004596 | gprc5c | G protein-coupled receptor, family C, group 5, member C |
| ENSXETG00000005844 | ||
| ENSXETG00000006007 | ||
| ENSXETG00000006008 | XB-GENE-5727893 | novel protein similar to prothymosin, alpha |
| ENSXETG00000006031 | XB-GENE-5969543 | undefined |
| ENSXETG00000006215 | XB-GENE-5871034 | MGC81025 protein |
| ENSXETG00000006226 | gli1.2 | GLI family zinc finger 1, gene 2 |
| ENSXETG00000006330 | XB-GENE-5838994 | hypothetical protein LOC446281 |
| ENSXETG00000006651 | XB-GENE-5959487 | Novel protein containing Rieske [2Fe-2S] domain and Protein of unknown function (DUF455) domains |
| ENSXETG00000006876 | des.2 | desmin, gene 2 |
| ENSXETG00000007086 | ||
| ENSXETG00000007319 | c20orf3 | chromosome 20 open reading frame 3 |
| ENSXETG00000007321 | ||
| ENSXETG00000008017 | vim.2 | vimentin, gene 2 |
| ENSXETG00000008516 | nif | low molecular weight neuronal intermediate filament |
| ENSXETG00000008911 | onecut1.2 | one cut homeobox 1, gene 2 |
| ENSXETG00000009053 | ||
| ENSXETG00000009450 | ||
| ENSXETG00000009881 | XB-GENE-5749128 | hypothetical protein LOC100145002 |
| ENSXETG00000011982 | kcnk7 | potassium channel, subfamily K, member 7 |
| ENSXETG00000012036 | coq10b | coenzyme Q10 homolog B |
| ENSXETG00000012456 | XB-GENE-5829847 | hypothetical protein MGC115632 |
| ENSXETG00000012928 | dnase1 | deoxyribonuclease I |
| ENSXETG00000013076 | ||
| ENSXETG00000013385 | XB-GENE-5780652 | hypothetical protein LOC100145110 |
| ENSXETG00000013972 | ||
| ENSXETG00000014798 | ||
| ENSXETG00000014908 | XB-GENE-5816430 | undefined |
| ENSXETG00000015105 | ||
| ENSXETG00000015157 | ggh.2 | gamma-glutamyl hydrolase (conjugase, folylpolygammaglutamyl hydrolase) |
| ENSXETG00000016048 | foxo1 | forkhead box O1 |
| ENSXETG00000016174 | ||
| ENSXETG00000017451 | cat2 | calcium transporter 2 |
| ENSXETG00000017638 | ||
| ENSXETG00000017674 | dnz1 | DNZDHHC/NEW1 zinc finger protein 11 |
| ENSXETG00000018081 | prc1.2 | protein regulator of cytokinesis 1, gene 2 |
| ENSXETG00000018263 | ||
| ENSXETG00000018432 | bapx | bagpipe homeobox |
| ENSXETG00000018597 | aldh3b1 | aldehyde dehydrogenase 3 family, member B1 |
| ENSXETG00000018648 | ||
| ENSXETG00000019451 | ||
| ENSXETG00000023254 | zfp36l2.2 | zinc finger protein 36, C3H type-like 2, gene 2 |
| ENSXETG00000023255 | zfp36l2.1 | zinc finger protein 36, C3H type-like 2, gene 1 |
| ENSXETG00000023522 | ||
| ENSXETG00000023671 | XB-GENE-5901104 | ccdc3 protein |
| ENSXETG00000023747 | XB-GENE-5813855 | putative transient receptor potential channel |
| ENSXETG00000023966 | sfrpx | secreted frizzled-related protein |
| ENSXETG00000024508 | ||
| ENSXETG00000024633 | ||
| ENSXETG00000024634 | XB-GENE-941700 | Putative ortholog of peroxisomal 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase (EC 5.3.3.8) (Dodecenoyl-CoA delta-isomerase) (D3,D2-enoyl-CoA isomerase), 1 of 2 |
| ENSXETG00000024707 | p2ry8 | purinergic receptor P2Y, G-protein coupled, 8 |
| ENSXETG00000024834 | kti12 | KTI12 homolog, chromatin associated |
| ENSXETG00000025171 | ||
| ENSXETG00000025181 | hoxc3 | homeobox C3 |
| ENSXETG00000025468 | XB-GENE-5936142 | hypothetical protein MGC75760 |
| ENSXETG00000025579 | XB-GENE-5817985 | green rod opsin |
| ENSXETG00000026169 | XB-GENE-5904605 | hypothetical protein LOC100124841 |
| ENSXETG00000026258 | ||
| ENSXETG00000026362 | XB-GENE-5902318 | MGC81843 protein |
| ENSXETG00000026414 | XB-GENE-1017156 | novel protein containing four WD domain, G-beta repeats |
| ENSXETG00000027637 | olig4 | oligodendrocyte transcription factor 4 |
| ENSXETG00000027673 | ||
| ENSXETG00000027743 | XB-GENE-5727065 | hypothetical protein LOC100145161 |
| ENSXETG00000030112 | ||
| ENSXETG00000030129 | ||
| ENSXETG00000030590 | ||
| ENSXETG00000030651 | ||
| ENSXETG00000030844 | ||
| ENSXETG00000031372 | ||
| ENSXETG00000031554 | ||
| ENSXETG00000031627 | ||
| ENSXETG00000032002 | ||
| ENSXETG00000032515 | ||
| ENSXETG00000032693 | ||
| ENSXETG00000032741 | ||
| ENSXETG00000032892 | AWAT1 | |
| ENSXETG00000032923 | ||
| ENSXETG00000033120 | ||
| ENSXETG00000033176 | ||
| ENSXETG00000033378 | ||
| ENSXETG00000033543 | ||
| ENSXETG00000033873 | ||
| ENSXETG00000033929 | MFSD8 | major facilitator superfamily domain containing 8 |
| ENSXETG00000033992 | ||
| ENSXETG00000034219 |
Более подробные сведения о найденных генах содержатся в следующей таблице Microsoft Excel (некоторые браузеры позволяют просматривать её только в режиме “загрузить”): Таблица Microsoft Excel.
На 1м листе (Genes) указаны координаты и аннотации генов лягушки вместе с их гомологами у
рыб и рептилий (считая гомологом найденный у первого же организма BLAST BBH).
На последующих листах указаны тройки находящихся в синтении генов лягушки и их гомологов у рыб и рептилий:
- на 2м листе (BLAST BBH) гомологи определяются по наилучшему отклику BLAST при поиске в обе стороны,
- на 3м листе (ENS Orthologs) гомологи определяются как ортологичные гены согласно БД ENSEMBL,
- на 4м листе (Protein Clusters) гомологи определяются по оригинальному алгоритму кластеризации белков.
В первой строке каждой тройки стоит найденный ген лягушки (из списка на листе Genes) или его гомолог у другого организма,
в следующих строках - два гена-свидетеля, расположенные не далее 2 мегабаз от первого гена, далее следует
пустая строка - разделитель.
« back