Lab.6 IITP RAS logo
29/03/24
06:02:42

Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук

« back

Список генов рыб, лягушки, рептилий и птиц, утраченных млекопитающими

В рамках проекта «Поиск генов, играющих важную роль в развитии мозга и регенерации придатков тела» оригинальной программой lossgainRSL были выявлены следующие 180 генов лягушки, которые есть у рыб и, возможно, рептилий и птиц, но утрачены млекопитающими.

Xenopus Gene ID Gene Name Description
ENSXETG00000000291 xgb x globin
ENSXETG00000000295 XB-GENE-5872932 hypothetical protein MGC147475
ENSXETG00000000409 XB-GENE-956264 Putative ortholog of calcium/calmodulin-dependent protein kinase type I (EC 2.7.1.123) (CaM kinase I), 2 of 2
ENSXETG00000000421 smpd2 sphingomyelin phosphodiesterase 2, neutral membrane (neutral sphingomyelinase)
ENSXETG00000000641 lmx1b.2 LIM homeobox transcription factor 1, beta, gene 2
ENSXETG00000001082 mras muscle RAS oncogene homolog
ENSXETG00000001124
ENSXETG00000001399 mrps16 mitochondrial ribosomal protein S16
ENSXETG00000001642
ENSXETG00000001930
ENSXETG00000002864
ENSXETG00000003034 gpc5 glypican 5
ENSXETG00000003266 vwc2l.2 von Willebrand factor C domain-containing protein 2-like, gene 2
ENSXETG00000003398 kras v-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog
ENSXETG00000003470 pttg1ip.2 pituitary tumor-transforming 1 interacting protein, gene 2
ENSXETG00000003689 XB-GENE-5796437 microsomal glutathione S-transferase 3-like
ENSXETG00000004204 depdc5 DEP domain containing 5
ENSXETG00000004294 birc5.1 baculoviral IAP repeat-containing 5, gene 1
ENSXETG00000004328 commd5 COMM domain containing 5
ENSXETG00000004350
ENSXETG00000004406
ENSXETG00000004452
ENSXETG00000004496
ENSXETG00000004596 gprc5c G protein-coupled receptor, family C, group 5, member C
ENSXETG00000004729
ENSXETG00000005274 XB-GENE-5907627 hypothetical protein LOC100145027
ENSXETG00000005844
ENSXETG00000006007
ENSXETG00000006008 XB-GENE-5727893 novel protein similar to prothymosin, alpha
ENSXETG00000006031 XB-GENE-5969543 undefined
ENSXETG00000006049
ENSXETG00000006188 pigm phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis, class M
ENSXETG00000006215 XB-GENE-5871034 MGC81025 protein
ENSXETG00000006226 gli1.2 GLI family zinc finger 1, gene 2
ENSXETG00000006330 XB-GENE-5838994 hypothetical protein LOC446281
ENSXETG00000006405 XB-GENE-5845205 MGC84773 protein
ENSXETG00000006651 XB-GENE-5959487 Novel protein containing Rieske [2Fe-2S] domain and Protein of unknown function (DUF455) domains
ENSXETG00000006876 des.2 desmin, gene 2
ENSXETG00000007086
ENSXETG00000007246 adra2a adrenergic, alpha-2A-, receptor
ENSXETG00000007319 c20orf3 chromosome 20 open reading frame 3
ENSXETG00000007321
ENSXETG00000007422 st3gal2.2 ST3 beta-galactoside alpha-2,3-sialyltransferase 2, gene 2
ENSXETG00000007652
ENSXETG00000007968
ENSXETG00000008017 vim.2 vimentin, gene 2
ENSXETG00000008516 nif low molecular weight neuronal intermediate filament
ENSXETG00000008743 admp anti-dorsalizing morphogenic protein
ENSXETG00000008881 XB-GENE-5817456 hypothetical protein LOC100125092
ENSXETG00000008911 onecut1.2 one cut homeobox 1, gene 2
ENSXETG00000009053
ENSXETG00000009450
ENSXETG00000009502
ENSXETG00000009881 XB-GENE-5749128 hypothetical protein LOC100145002
ENSXETG00000010199 jund.2 jun D proto-oncogene, gene 2
ENSXETG00000011265 spire1 spire homolog 1
ENSXETG00000011370 XB-GENE-5809894 hypothetical protein MGC75714
ENSXETG00000011982 kcnk7 potassium channel, subfamily K, member 7
ENSXETG00000012036 coq10b coenzyme Q10 homolog B
ENSXETG00000012091 XB-GENE-5860197 glutamate receptor KA2
ENSXETG00000012254 XB-GENE-5880592 hypothetical protein MGC78994
ENSXETG00000012456 XB-GENE-5829847 hypothetical protein MGC115632
ENSXETG00000012928 dnase1 deoxyribonuclease I
ENSXETG00000013076
ENSXETG00000013257 XB-GENE-5731324 hypothetical LOC548351
ENSXETG00000013385 XB-GENE-5780652 hypothetical protein LOC100145110
ENSXETG00000013652 XB-GENE-5727281 hypothetical LOC494706
ENSXETG00000013767 zpd zona pellucida protein D
ENSXETG00000013972
ENSXETG00000014395 XB-GENE-5905096 gap junction protein, alpha 7, 45kDa (connexin 45)
ENSXETG00000014777
ENSXETG00000014798
ENSXETG00000014908 XB-GENE-5816430 undefined
ENSXETG00000014953 zpy1 zona pellucida protein Y1
ENSXETG00000015105
ENSXETG00000015127 mkrn3 makorin ring finger protein 3
ENSXETG00000015143
ENSXETG00000015157 ggh.2 gamma-glutamyl hydrolase (conjugase, folylpolygammaglutamyl hydrolase)
ENSXETG00000015491 rasef RAS and EF-hand domain containing
ENSXETG00000015985 XB-GENE-5997771 undefined
ENSXETG00000016004 XB-GENE-994603 Putative ortholog of g protein-coupled receptor, 1 of 2
ENSXETG00000016048 foxo1 forkhead box O1
ENSXETG00000016148 zp3.2 zona pellucida glycoprotein 3 (sperm receptor), gene 2
ENSXETG00000016174
ENSXETG00000016909 kiaa1456 KIAA1456
ENSXETG00000017360 ppapdc2 phosphatidic acid phosphatase type 2 domain containing 2
ENSXETG00000017451 cat2 calcium transporter 2
ENSXETG00000017638
ENSXETG00000017674 dnz1 DNZDHHC/NEW1 zinc finger protein 11
ENSXETG00000018081 prc1.2 protein regulator of cytokinesis 1, gene 2
ENSXETG00000018187 mars2 methionyl-tRNA synthetase 2, mitochondrial
ENSXETG00000018263
ENSXETG00000018381
ENSXETG00000018432 bapx bagpipe homeobox
ENSXETG00000018597 aldh3b1 aldehyde dehydrogenase 3 family, member B1
ENSXETG00000018648
ENSXETG00000018809 rps16 ribosomal protein S16
ENSXETG00000019016 XB-GENE-5812048 hypothetical protein LOC733553
ENSXETG00000019451
ENSXETG00000020301 nog2 noggin 2
ENSXETG00000020541 XB-GENE-5802731 hypothetical protein LOC100135070
ENSXETG00000020703 XB-GENE-5957151 hypothetical protein LOC100036837
ENSXETG00000021195
ENSXETG00000022051 cdc42se2 CDC42 small effector 2
ENSXETG00000022260 szl sizzled
ENSXETG00000022425 doc2b double C2-like domains, beta
ENSXETG00000022741
ENSXETG00000022934 XB-GENE-5992704 undefined
ENSXETG00000022975
ENSXETG00000023018 b3gat1 beta-1,3-glucuronyltransferase 1 (glucuronosyltransferase P)
ENSXETG00000023254 zfp36l2.2 zinc finger protein 36, C3H type-like 2, gene 2
ENSXETG00000023255 zfp36l2.1 zinc finger protein 36, C3H type-like 2, gene 1
ENSXETG00000023300 tprkb TP53RK binding protein
ENSXETG00000023522
ENSXETG00000023613 tnni1.2 troponin I type 1 (skeletal, slow), gene 2
ENSXETG00000023671 XB-GENE-5901104 ccdc3 protein
ENSXETG00000023747 XB-GENE-5813855 putative transient receptor potential channel
ENSXETG00000023966 sfrpx secreted frizzled-related protein
ENSXETG00000024508
ENSXETG00000024517 XB-GENE-5734925 hypothetical protein LOC733556
ENSXETG00000024633
ENSXETG00000024634 XB-GENE-941700 Putative ortholog of peroxisomal 3,2-trans-enoyl-CoA isomerase (EC 5.3.3.8) (Dodecenoyl-CoA delta-isomerase) (D3,D2-enoyl-CoA isomerase), 1 of 2
ENSXETG00000024707 p2ry8 purinergic receptor P2Y, G-protein coupled, 8
ENSXETG00000024834 kti12 KTI12 homolog, chromatin associated
ENSXETG00000025171
ENSXETG00000025181 hoxc3 homeobox C3
ENSXETG00000025468 XB-GENE-5936142 hypothetical protein MGC75760
ENSXETG00000025525 pnhd pinhead
ENSXETG00000025579 XB-GENE-5817985 green rod opsin
ENSXETG00000025608 XB-GENE-5937787 shisa
ENSXETG00000026169 XB-GENE-5904605 hypothetical protein LOC100124841
ENSXETG00000026258
ENSXETG00000026362 XB-GENE-5902318 MGC81843 protein
ENSXETG00000026414 XB-GENE-1017156 novel protein containing four WD domain, G-beta repeats
ENSXETG00000026599 XB-GENE-5799638 undefined
ENSXETG00000026977 med1 mediator complex subunit 1
ENSXETG00000027010 XB-GENE-5852427 hypothetical protein LOC100145149
ENSXETG00000027254 mrpl53 mitochondrial ribosomal protein L53
ENSXETG00000027268 nog4 noggin 4
ENSXETG00000027637 olig4 oligodendrocyte transcription factor 4
ENSXETG00000027673
ENSXETG00000027698 sctr secretin receptor
ENSXETG00000027743 XB-GENE-5727065 hypothetical protein LOC100145161
ENSXETG00000027979 npy2r neuropeptide Y receptor Y2
ENSXETG00000028069
ENSXETG00000030112
ENSXETG00000030129
ENSXETG00000030231
ENSXETG00000030258 PQLC1.2
ENSXETG00000030347
ENSXETG00000030495
ENSXETG00000030563
ENSXETG00000030590
ENSXETG00000030651
ENSXETG00000030844
ENSXETG00000031228 MGC147314
ENSXETG00000031326
ENSXETG00000031372
ENSXETG00000031429 MARVELD3 MARVEL domain containing 3
ENSXETG00000031554
ENSXETG00000031627
ENSXETG00000031941
ENSXETG00000032155
ENSXETG00000032294 MGC145260 uncharacterized protein MGC145260
ENSXETG00000032332
ENSXETG00000032515
ENSXETG00000032693
ENSXETG00000032741
ENSXETG00000032848
ENSXETG00000032865
ENSXETG00000032892 AWAT1
ENSXETG00000032923
ENSXETG00000033120
ENSXETG00000033176
ENSXETG00000033543
ENSXETG00000033689
ENSXETG00000033873
ENSXETG00000033992
ENSXETG00000034219
ENSXETG00000034262

Более подробные сведения о найденных генах содержатся в следующей таблице Microsoft Excel (некоторые браузеры позволяют просматривать её только в режиме “загрузить”): Таблица Microsoft Excel.

На 1м листе (Genes) указаны координаты и аннотации генов лягушки вместе с их гомологами у рыб, рептилий и птиц (считая гомологом найденный у первого же организма BLAST BBH).
На последующих листах указаны тройки находящихся в синтении генов лягушки и их гомологов у рыб, рептилий и птиц:
- на 2м листе (BLAST BBH) гомологи определяются по наилучшему отклику BLAST при поиске в обе стороны,
- на 3м листе (ENS Orthologs) гомологи определяются как ортологичные гены согласно БД ENSEMBL,
- на 4м листе (Protein Clusters) гомологи определяются по оригинальному алгоритму кластеризации белков.
В первой строке каждой тройки стоит найденный ген лягушки (из списка на листе Genes) или его гомолог у другого организма, в следующих строках - два гена-свидетеля, расположенные не далее 2 мегабаз от первого гена, далее следует пустая строка - разделитель. « back