17:54:29
Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук
Список генов рыб и лягушки, утраченных рептилиями, птицами и млекопитающими
В рамках проекта «Поиск генов, играющих важную роль в развитии мозга и регенерации придатков тела» оригинальной программой lossgainRSL были выявлены следующие 67 генов лягушки, которые есть у рыб, но утрачены рептилиями, птицами и млекопитающими.
| Xenopus Gene ID | Gene Name | Description |
|---|---|---|
| ENSXETG00000000409 | XB-GENE-956264 | Putative ortholog of calcium/calmodulin-dependent protein kinase type I (EC 2.7.1.123) (CaM kinase I), 2 of 2 |
| ENSXETG00000001082 | mras | muscle RAS oncogene homolog |
| ENSXETG00000002741 | c3orf17 | chromosome 3 open reading frame 17 |
| ENSXETG00000003689 | XB-GENE-5796437 | microsomal glutathione S-transferase 3-like |
| ENSXETG00000004229 | ||
| ENSXETG00000004294 | birc5.1 | baculoviral IAP repeat-containing 5, gene 1 |
| ENSXETG00000004496 | ||
| ENSXETG00000004596 | gprc5c | G protein-coupled receptor, family C, group 5, member C |
| ENSXETG00000004744 | dkfzp761e198 | DKFZp761E198 protein |
| ENSXETG00000005844 | ||
| ENSXETG00000006007 | ||
| ENSXETG00000006008 | XB-GENE-5727893 | novel protein similar to prothymosin, alpha |
| ENSXETG00000006031 | XB-GENE-5969543 | undefined |
| ENSXETG00000006188 | pigm | phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis, class M |
| ENSXETG00000006651 | XB-GENE-5959487 | Novel protein containing Rieske [2Fe-2S] domain and Protein of unknown function (DUF455) domains |
| ENSXETG00000006876 | des.2 | desmin, gene 2 |
| ENSXETG00000007319 | c20orf3 | chromosome 20 open reading frame 3 |
| ENSXETG00000008017 | vim.2 | vimentin, gene 2 |
| ENSXETG00000009053 | ||
| ENSXETG00000009450 | ||
| ENSXETG00000009881 | XB-GENE-5749128 | hypothetical protein LOC100145002 |
| ENSXETG00000011265 | spire1 | spire homolog 1 |
| ENSXETG00000011982 | kcnk7 | potassium channel, subfamily K, member 7 |
| ENSXETG00000012928 | dnase1 | deoxyribonuclease I |
| ENSXETG00000013076 | ||
| ENSXETG00000013835 | dph3 | DPH3, KTI11 homolog |
| ENSXETG00000014798 | ||
| ENSXETG00000014908 | XB-GENE-5816430 | undefined |
| ENSXETG00000015105 | ||
| ENSXETG00000015157 | ggh.2 | gamma-glutamyl hydrolase (conjugase, folylpolygammaglutamyl hydrolase) |
| ENSXETG00000016048 | foxo1 | forkhead box O1 |
| ENSXETG00000017278 | ccdc150 | coiled-coil domain containing 150 |
| ENSXETG00000017451 | cat2 | calcium transporter 2 |
| ENSXETG00000017493 | tmtops | multiple tissue opsin |
| ENSXETG00000018368 | pelo | pelota homolog |
| ENSXETG00000018432 | bapx | bagpipe homeobox |
| ENSXETG00000018597 | aldh3b1 | aldehyde dehydrogenase 3 family, member B1 |
| ENSXETG00000018648 | ||
| ENSXETG00000018715 | olfm4 | olfactomedin 4 |
| ENSXETG00000019451 | ||
| ENSXETG00000020840 | ndc80 | NDC80 homolog, kinetochore complex component |
| ENSXETG00000023254 | zfp36l2.2 | zinc finger protein 36, C3H type-like 2, gene 2 |
| ENSXETG00000023255 | zfp36l2.1 | zinc finger protein 36, C3H type-like 2, gene 1 |
| ENSXETG00000023522 | ||
| ENSXETG00000023671 | XB-GENE-5901104 | ccdc3 protein |
| ENSXETG00000024648 | mocs3 | molybdenum cofactor synthesis 3 |
| ENSXETG00000024834 | kti12 | KTI12 homolog, chromatin associated |
| ENSXETG00000025468 | XB-GENE-5936142 | hypothetical protein MGC75760 |
| ENSXETG00000025735 | P2RY6 | pyrimidinergic receptor P2Y, G-protein coupled, 6 |
| ENSXETG00000026169 | XB-GENE-5904605 | hypothetical protein LOC100124841 |
| ENSXETG00000026362 | XB-GENE-5902318 | MGC81843 protein |
| ENSXETG00000026414 | XB-GENE-1017156 | novel protein containing four WD domain, G-beta repeats |
| ENSXETG00000027637 | olig4 | oligodendrocyte transcription factor 4 |
| ENSXETG00000027673 | ||
| ENSXETG00000030590 | ||
| ENSXETG00000030844 | ||
| ENSXETG00000031554 | ||
| ENSXETG00000031627 | ||
| ENSXETG00000032515 | ||
| ENSXETG00000032693 | ||
| ENSXETG00000032892 | AWAT1 | |
| ENSXETG00000032923 | ||
| ENSXETG00000033120 | ||
| ENSXETG00000033176 | ||
| ENSXETG00000033378 | ||
| ENSXETG00000033543 | ||
| ENSXETG00000034219 |
Более подробные сведения о найденных генах содержатся в следующей таблице Microsoft Excel (некоторые браузеры позволяют просматривать её только в режиме “загрузить”): Таблица Microsoft Excel.
На 1м листе (Genes) указаны координаты и аннотации генов лягушки вместе с их гомологами у
каждой рыбы по отдельности (считая гомологом BLAST BBH).
На последующих листах указаны тройки находящихся в синтении генов лягушки и их гомологов у каждой рыбы:
- на 2м листе (BLAST BBH) гомологи определяются по наилучшему отклику BLAST при поиске в обе стороны,
- на 3м листе (ENS Orthologs) гомологи определяются как ортологичные гены согласно БД ENSEMBL,
- на 4м листе (Protein Clusters) гомологи определяются по оригинальному алгоритму кластеризации белков.
В первой строке каждой тройки стоит найденный ген лягушки (из списка на листе Genes) или его гомолог у рыбы,
в следующих строках - два гена-свидетеля, расположенные не далее 2 мегабаз от первого гена, далее следует
пустая строка - разделитель.
« back