Lab.6 IITP RAS logo
05/12/21
14:21:07

Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук

« back

Таблица NrdR-2 к примеру 1а статьи К.Ю. Горбунова и В.А. Любецкого «Реконструкция предковых регуляторных сигналов вдоль дерева эволюции фактора транскрипции»

Nrd-regulon.  
Gamma-Proteobacteria  
E.coli  
NrdAB tCACacTATcTtGcag
cCcCTATATATAGTGT
NrdHIEF ttgCTATATATtGTGT
caACTAcATcTAGTaT
NrdDG gCACTATATATAGacT
ACcCaATATgTtGTaT
S.typhi  
NrdAB ACtCaccATATAGcGT
cCcCTATATATAGTaT
NrdHIEF ttcCcATATcTtGTaT
caACTAcATcTAGTaT
NrdDG tCACTAcATATAGacT
ACcCaATATgTtGTaT
K.pneumoniae  
103_0209 (nrdAB) ACtCaccATATAGcGT
cCcCTAcATATAGTaT
123_0082 (nrdHIEF) ACgCTATATATtGaGT
taACTAcATcTAGTaT
121_0512 (nrdDG) tCACTAcATATAGaac
gCcCaAcATATtGTaT
tCACcATATcTtGTcg
Y.pestis  
NrdAB ACtCacTATcTtGTta
cCACTATATATtGTGT
NrdHIEF taACTAcATgTAGTGT
gCACTAcATATAGTaT
NrdDG tacCcATATATAGTGT
catCTATATgTAGTag
Y.enterocolitica  
RYE01840  (nrdAB) ACtCacTATcTtGTta
cCcCTATATATtGTGT
RYE01342  (nrdHIEF) ACACTAgATATAGTaT
taACTAcATATgGTGT
RYE00867 (nrdDG) tacCcATATATAGTGT
tacCTATATgTAGTag
E.chrysanthemi  
001_3356  (nrdAB) tCACatTATcTtGTta
cCcCTATATATAGTGT
001_0534 (nrdHIEF) cttCTATATATtGcGT
ACACaATATcTAGTaT
001_2422 (nrdDG) AttCaATATATAGTGT
AacCTAcATATtGTGT
E.carotovora  
NrdAB ACtCaccATgTAGTag
cacCTATATcTAGTaT
NrdHIEF AtcaTATATcTtGTGT
tatCTAcATcTAGTaT
NrdDG tttCaATATATAGTGc
tacCTAcATATAGTGT
Photorhabdus luminescens  
NrdAB taACatTATcTtGTtg
cCcCTAcATATtGTGT
NrdHIEF ACACcATATATAGTGc
tCACTAcATATAGTaT
NrdDG ttACTATATATtGTGT
AgACTATATATAGcaa
H.influenzae  
HI1659  (nrdAB) ACACatTATcTtGTGg
ACACTATATcTtGTGT
HI0075 (nrdD) ACACTAcATATtGTGT
gatCTATATATAGTGc
ACACTATATATtGgag
H.ducreyi  
NrdAB AaACcATATcTtGTac
cCACaAcATATAGTGg
HD0394 (nrdGD*) ACACaATATATtGTGT
taACTATATATAGTaa
P.multocida  
NrdA-X-nrdB gCACatTATcTtGTaT
ACACaATATcTtGTGT
NrdDG ACACTATATcTtGTGg
taACTATATATAGTaT
A.actinomycetemcomitans  
001_0856 (nrdAB) ACACatTATcTtGTGc
caACTATATgTtGTGT
001_0126 (nrdDG) ACACTAcATcTtGTGT
tatCTATATATAGTaT
001_1156 (nrdAB*) cCACTAgATgTtGTGg
V.cholerae  
VC1256  (nrdAB) cCcCTAcATATAGTGT
ACACTATATgTAGgGc
VCA0511  (nrdDG) cCACaAcATATAGTGT
gCcCTATATAgtGTaT
V.vulnificus  
VV13041  (nrdAB) cCcCTATATgTtGTGT
ctACaATATgTAGata
VV20337   (nrdDG) cCACaATATATAGTGc
ACcCTATATAgtGTGT
V.parahaemolyticus  
VP1934  (nrdAB) cCcCTATATgTtGTGT
ctACaATATATAGata
VPA0941 (nrdDG) cCACaATATATtGTGT
ACcCcATATAgtGTGT
S.oneidensis  
NrdDG tgcCTAcATATtGTGT
tCACTATATgTAGTGT
DnaA ACACcAcAagatGTGg
ACACTAcATATAGTag
NrdAB cCtCacTATcTtGTaT
ACACcATATcTtGTGT
P.aeruginosa  
NrdAB ACACTAcATATtGTGg
gCgCatTATcTtGTaT
cCcCTATATcTtGgGT
PA1920 (nrdDG*) cCACaAcATATtGTtg
ACACatcATgTtGTGg
TopA cCACTATATATAGcGg
PA5497  (nrdJ*) ACACaAgATATtGatT
taACTAgATgTtGcGT
P.putida  
NrdA cCgCatTATcTtGTaT
cCACTAgATATAGgGg
NrdB ACACcATATgatGTGc
gCACaAcATATAGgtT
TopA cCACTATATATAGcGg
P.fluorescens  
001_2194 (topA) cCACTATATATAGcGT
001_6650 (nrdA) ACgCatTATcTtGTag
ACcCTAcATgTAGgGT
001_3892 (nrdB) ACcgcAcATcTtGTGc
ACACcccATATAGTGT
P.syringae  
NrdA ACgCatTATcTtGTag
ACcCTAcATgTAGgGT
NrdB tCACTATATgctGcGc
ACACTAcATAagGgaT
TopA cCACTATATATAGcGT
L.pneumophila  
604_0029 (nrdAB) ACACatTATcTtGTta
  ACcCTATATATtGgGT
Microbulbifer degradans  
041_0323 (nrdAB) cCgCatTATcTtGTaT
cCcCcATATATgGTGT
  cCACTATATATAGTGg
042_0347 (nrdB2) cacCTATATATAGTGg
caACcAcATATAGTta
Acidithiobacillus ferrooxidans  
001_0608(nrdA) gCACaAgATgTAGTtg
AgtCTATATtTAGTaT
Dichelobacter nodosus  
012_0189 (nrdBA*) ACACaATATATAGTGT
AtACatgATgatGTGT
012_0431 (nrdGD*) ACACaATATcTAGcGT
cCACTgTATATAGTaa
Coxiella burnetii  
NrdAB ACACatTATcTtGTGT
tgcCTATATATtGTGg
Colwellia psychrerythraea  
001_1964 (nrdAB) cCtCacTATcTtGTGT
ACcCTAgATATtGTGc
001_3534 (nrdGD*) tCACTATATATtGatc
ACACTATATATtGTGc
AtACTATATATtGTGc
catCTATATATAGgtg
Xylella fastidiosa  
XF1196   (nrdAB) tCACagcATtTtGTGT
cCcCatTATcTtGTGg
Xanthomonas axonopodis  
NrdAB ttcCTAcATtTgGTGT
cCcCacTATcTtGgGg
Acinetobacter sp.  
NrdAB ttcCcgTATcTtGTGc
  cCACTAagTcTtGTGT
Beta-Proteobacteria  
N.europaea  
NrdAB ACACaATATATtGTGT
Neisseria meningitidis  
NMB1291 (nrdA-XX-nrdB) AtcCacTATATtGTcT
M.flagelatus  
RMFL01743 (nrdJ) tCACTATATgTtGTGg
RMFL01657 (&nrdAB) gaACaATATATAGTGT
R.solanacearum  
NrdAB cCACTATActTAGTGc
  ACACTAgATATAGTGg
NrdDG* cCACaAcATcTAGTGc
cCACTATATggAGTac
B.pertussis, B.bronchseptica  
NrdAB    tCACTAgAatTAGTGc
  ACACTAcATcTtGTGg
B.avium  
001_4223 (nrdAB) tCACTAgAatTAGTGc
  ACACTATATATtGTGT
B.fungorum  
095_0075 (nrdAB) cCACTATActTgGTGc
  gCACTAcATcTtGTGT
B.cepacia  
001_6720 (nrdAB) cCACTATActTgGTGc
  gtACTAgATATAGTGT
B.pseudomallei  
001_6457 (nrdAB) cCACTATActTtGgGc
  gCACTAcATATAGTGT
001_5114 (nrdDG) AtACaAcATcTgGTaT
    tCACcAgATtTtGTGc
Dechloromonas aromatica  
006_0209  (nrdJ) ACACcgcATATAGTca
gCACTATATcTAGTag
Alpha-Proteobacteria  
B.melitensis  
BMEII0932 (&nrdHIEF) ctACcATATcTtGTGT
BMEI0943 (nrdJ) gCACaATATcTAGcGT
ACACaAgATtTAGTaT
ttACaAgATAagGTaT
M.loti  
mll0136 (nrdJ) ACACaAgATgTtGgGg
AtACTATATtTAGTGT
ACgCTAgATAgtGTGa
A.tumefaciens  
AGR_C_3183 (nrdJ) ACACaATATcTtGTGg
ACACTATATATAGTag
ACACgAgATAcAGgGa
AGR_C_102 (&nrdHIEF) AtACTATATgTgGTGT
R.leguminosarum  
001_3104  (nrdJ) cCACaAcATgTtGTGg
AtACTATATtTAGTGT
cCACaAgATAcAGgaa
001_6799 (&nrdHIEF) cCACaAcAacTtGTtg
  gtACcATATcTAGTGT
S.meliloti  
SMc01237 (nrdJ) ACACaAgATATAGcGc
AtACTATATtTAGTGT
tCACaAgATAcAGgaT
B.japonicum  
NrdJ cCACcATATtTAGTaT
gCACTAgtTcTtGacg
Bll0003  (nrdAB*) cttCTATATgTgGTGT
ttcgcATATATgGTGg
R.palustris  
NrdJ cCACcAcATtTAGTaT
R.capsulatus  
RRC04385 (nrdJ) cCACaAgATATgGgGg
ctACcAgATATAGTGg
RRC03796 (nrdJ2) cCACaATATAgAGTGc
C.crescentus  
CC0260(nrdB) tCACaAcATcTtGTGg
CC3492(nrdA) gCcCcATATtTgGgtT
cCACaAgATATAGcGg
Hyphomonas neptunium  
003_0282 (nrdA) ACACTATATcTtGTGT
AgACcAcATcTgGTtT
005_0697 (nrdB) gCACTATATgTgGTGT
Ehrlichia chaffeensis  
001_0281 (nrdA) tttCTATATATtGTGc
AtACaATATgTAtgcg
Neorickettsia sennetsu  
001_0535 (nrdA) cCACTATAaATAtgGT
ctACTATATATAGacT
Delta-Proteobacteria  
G.sulfurreducens  
382170 (nrdJ) ACcaTATATATtGTGg
ACACaAcATATAtgGT
G.metallireducens  
379426 (nrdJ) gCcaTAcATATtGTGg
cCACaAcATATAtgGc
D.acetoxidans  
390414 (parA1) ACcCTATATgTAGgGT
taACaATATcTtGgGg
392036 (parA2) gCcCaAgATcTtGTGg
AgACTATATcTtGaag
387205 (nrdDG2) tCACcAgATgTtGTGg
tgtCTATATgTtGTGT
387094 (nrdJ) ACACgATATATtGTGT
ACACTccATgTgGTac
D.psychrophila  
425342 (nrdJ) ACcCTAgATATttTtg
cCcCTgcgTATgGTGT
DP0064 (nrdDG) ACACaAcActTAGTag
AtACcATATATgaTGg
DP0278 (dnaA) AaAgTAcATATtGTtc
cCtCTAgATgTAGgtg
Bdellovibrio bacteriovorans  
NrdAB cCACTAgATATAGTGg
NrdGD* AtcCTATATcTAGTGg
Bacteriovorax marinus  
001_1291 (nrdBA) ACACaATATATAGgGa
Myxococcus xanthus  
050_0270  (nrdAB) gCACTAgATcTcGcGT
cCcCcATAgcTtGTGg
018_0162  (dnaA) ACACaATtcATgGTGg
ACACcATtTgctGTaT
Chlamydia  
C.muridarum  
TC0214  (nrdAB) cttCTATATATgGTaT
  tCACaATATcTtGgGT
C.pneumoniae  
NrdAB ttcCTATATATgGTag
  tCACTAcATATtGgGT
C.trachomatis  
NrdAB cttCTATATATgGTaT
  tCACaATATcTtGgGT
Chlamydophila abortus  
001_0601  (nrdAB) ttcCTATATATgGTaT
  tCACTAcATATtGgGT
Chlamydophila caviae  
NrdAB ttcCTATATATgGTaT
  tCACTAcATATtGgGT
 
Chloroflexus aurantiacus  
RCAU04899 (nrd) ACACTAgATATAGTaT
 
Treponema denticola  
TDE1330 (nrdR-nrdD*) ACgCTATATATAGTGT
 
Fusobacterium nucleatum  
FN0101  (nrdHAB) ACACTATATATtGTGT
ACACaATATATgGaaa
FN0311  (nrdDG) taACaATATATAGTGg
AtACTATATATtGTta
 
Pirellula sp.  
RB12761 (nrdJ) cgcCcAcATgTAGTGc
cCACTAccggTAGTGa
   
Synechocystis sp.  
NrdA gtgCcAgATgTgGaGT
ACACcATATcTgtgGc
  cCcCTAaATATtGgca
 

 

Nrd-regulon.  
S. coelicolor  
&nrdXLM ACACaACATcTgGgGG
gCACaAgATGTAtgct
SC4H2.25 (nrdR-nrdJ) tCcCcACATcTAGTGG
agcCcACAaGTtGTGG
S. avermitilis  
SAV2462 (nrdR-nrdJ) gCcCcACATcTAGTGG
agcCcACAaGTtGTGG
&nrdXLM aCACaAgATGTgGgGG
gCACaAgATGTAtgct
S. scabies  
1602_0009 (nrdR-nrdJ) gCcCTACATGTAGTGc
agcCcAgAaGTtGTGG
1720_0013 (nrdXLM) aCACaACATGTgGgGG
gCACTAgATGTAtgct
Propionibacterium acnes  
PPA1025 (nrdR-nrdJ) atACcAgATGTtGTGG
tCcCTAtAaGTtGTGt
&PPA2137  (nrdDG) gCACcAgATGTAGgGG
aCcCTttATcTtGTGc
&PPA2121 (nrdAB) gCcCTtCATaTAGTGa
Clavibacter michiganensis  
009_3246 (nrdLM) CCACaACATGTgGTGG
CCcCgACATaTAGTGG
CCACTAtATGTcGgGG
Leifsonia xyli  
NrdAB CCACTAgATGTgGgGG
CCcCgctATaTAGTGG
Tropheryma whipplei  
NrdAB aCACTAtATaTcGTGt
aCACgAtATaTAGTaG
Bifidobacterium longum  
NrdHIEF aCcCTAtATcTAGgtt
CCACTACATaTAGTGc
NrdDG gCACTAgATaTAGgGG
aCcCTAtAaaTAGTtc
Thermobifida fusca  
041_0052 (nrdR-nrdJ) cCACTAgATcTAGTGc
CatCcACAaaTtGTGG
061_0155 (nrdAB) CacCatCATGTtGTGG
CCACTAgATGatGTGG
C.diphteriae  
DIP0465 (nrdDG) CCACTACATaTtGatt
CaACTAtATcTtGTaG
DIP1869 (nrdHIE) CCtCaACATGTAGgGG
atACTAgATaTtGTGc
CCACaAagTaTAGTGt
C.efficiens  
CE2363 (nrdDG) tCACTAgATGTAGTGG
NrdHIE   gCgCaACATGTgGgGG
CtACTAtATGTAGTGc
CCACaAagTaTAGTGt
C.glutamicum  
Cgl2480  (nrdHIE) tCgCTACATGTgGTGG
CtACTAtATGTAGTGc
CCACaAagTaTAGTGt
M.bovis  
NrdF2 aCACaACtTcTtGTGt
aCcCcAgggGTAGTGt
NrdHIE CCcCTAggTGTAGTGt
tCAgaACATcTtGTat
M.tuberculosis  
MT3133 (nrdF2) aCACaACtTcTtGTGt
aCcCcAgggGTAGTGt
MT3139 (nrdHIE) CCcCTAggTGTAGTGt
tCAgaACATcTtGTat
M.avium  
NrdF aCACaACtTcTtGTGt
aCcCcAgggGTAGTGt
NrdHIE CCACTAggTGTAGTGt
tCAgaACATcTtGTat
M.leprae  
NrdF aCACTACtTcTtGTGt
aCcCcAaggGTAGTGt
NrdHIE CCACTAggTGTAGTGt
tCAgaACATcTtGTat
M.marinum  
013_0784 (nrdF) aCACaACtTcTtGTGt
CCcCTACggGTAGTGt
013_0793 (nrdHIE) CCcCTAggTGTAGTGt
tCcgaACATcTtGTat
Symbiobacterium thermophilum  
STH322 (nrdAB) atgCcgtATGTAGTGt
aCACTAtATaTtGgGG
STH2761 (nrdR-nrdJ) aCcCcACATaTgGTGG
tCACTAgATaTgGgGG
 
 
New_profile (TM_PMI)
P.miotherma  
RPMI01590 AtACAATATAcaGTGg
gCACAATAaATTGaGT
RPMI01771 tttCAATATATTGTcg
gtACAATATATTGatT
T.maritime  
TM0118 ctACcAcATgTTGaaT
ACACAATATgTTGTtT
TM0384 caACAATtTtTTGaGa
cCACAATATATTGTGg
 
New profile (Thermus/Deinococcus)  
Thermus thermophilus  
&TTP0160 (&achX-nrdBA*) tATcCaACCtGTGGTAgG
TTC1930 (nrdJ) aAccCaACCGGTaGTAgc
Deinococcus radiodurans  
DR1775    (uvrD) gcTACCACCGcTGGgATc
DR2374    (nrdJ) CATACCAtCccTGGTATG
DRB0106  (&achX-nrdIEF) agTgCCACCtGTaGTATc
 
New profile (Cyanobacteria)  
 
Pro0815 ACACTGTCaATgGTGg
gCgCTAgCGATgGcGT
 
NrdJ gCACTGTCGATgGTGT
ACACcATgagTgGcGg
Gloeobacter violaceus  
Gll3966 (nrdJ) gatCTAcCcATgGTGT
cCACaGTCGgCAGTtg
Synechococcus sp.  
NrdJ ACACTGcCaATgGTGg
cCcCcATCtgTgGcGT
S.elongates  
135_0043 ACtCcATCccTAGTGT
 
Thermosynechococcus elongates  
Tll1327 (nrdJ) ACACTAcaccTAGTaT
 
 
Nrd-regulon.  
S.aureus  
NrdIEF ACACataATATAGTGT
  ACACaATATcTtGTGT
AtACTAcATATAGTGa
NrdDG AtACTATATATAGTGg
ACACaATATATAGgaa
S.epidermidis  
SE0512 (nrdIEF) ACACagaATATAGTaT
  ACACTATATATAGTGT
cCACTATATATtGTGg
SE2172  (nrdDG) AtACTATATATAGTaT
ACACTATATATAGcGa
L.monocytogenes  
Lmo2155  (nrdAB) gtACTATATcTtGcaT
  AtACTATATATAGTaT
Lmo0279  (nrdDG) AaACTtcATcTtGTGT
  ACACaATATATAGTta
B.subtilis  
YmaA   (nrdIEF) AatCTATATATtGTGT
  AtACTATATATAGTGT
YvdC catCTATATATcGTGT
ACACTATATATtGTcc
B.licheniformis  
NrdIEF gCACaATATATtGTGT
AtACTATATATtGTGT
BL05350 (yvdC) ACtCcATATATtGata
gtACTATATATtGTtT
B.halodurans  
&nrdAB AtACaATATATAGaGT
ttACaATATcTAGTGT
BH2810  (nrdJ) AatCaATATATAGTaT
  AtACTATATATtGaaT
B.cereus  
BC1353  (nrdIEF) tacaTATATcTtGTGT
  AtACaATATATAGaGa
BC5047 (yvdC) AaACTATATATtGTta
gtACaAcATATtGaGg
BC3603 (nrdDG) AgACTATATgTAGTaa
taACaAcATATtGgtg
B.stearothermophilus  
274_0021 (nrdJ) taACaATATATAGTaT
  AtACTATATATtGTtT
232_0012 (&nrdAB) AtACTATATATtGgtT
caACTAcATATcGTtc
O.iheyensis  
OB3089  (nrdA-frd-nrdB) AtACaAgATATAGaaa
  AtACTATATATtGTGT
L.lactis  
NucA ACACaATATATtGTGT
AtACTATATATAGgtT
NrdDG ACACaAgATATtGTGT
AacCTATATATtGTGT
NdrHIEF gCACaATATgTtGTGT
  ACACaATATcTAGTaT
S.pyogenes  
NrdF1-nrdI-nrdE1 ACACTATATcTtGTGT
AaACTATATcTtGTca
NrdHEF2 ACACaATATgTtGTGT
ACACaATATtTAGgtT
NrdD-XXX-nrdG ACACaATATATtGatT
tatCaATATATtGTGT
S.agalactiae  
NrdH-nrdE2-nrdF2 ACACTATATATtGTGT
AaACgAaATATAGTGT
NrdF1-nrdI-nrdE1 ACACaAgATATAGTGg
ACACaAaActTtGTGT
NrdD-XXX-nrdG AatCaATATATtGTGT
ACACaATATATtGatT
S.pneumoniae  
SP1178 (nrdHEF) ACACTATATATtGTGT
cCACTATATtTAGTtc
SP0202 (nrdD-XXX-nrdG) AatCaATATcTtGTGT
ACACaAgATATtGatT
S.mutans  
SMU.669c (nrdHEF) ACACTATATcTtGTGg
gtACTATATtTtGTGT
NrdD-XX-nrdG cCACaATATATtGatT
tatCaATATATtGTGT
S.uberis  
037_0033 (nrdHEF) ACACaATATATAGTGa
cCcCaAaATATtGTGT
050_0094 (nrdD-XX-nrdG) AatCaATATATtGTGT
ACACaAgATATtGatT
047_0142 (nrdI) ttACaAgATATAGTaT
caACTATATcTtGTGg
S.mitis  
192_0006 (nrdHEF) ACACTAcATATtGTGT
cCACTATATtTAGTtT
203_0024 (nrdD-XX-nrdG) AatCaATATcTtGTGT
ACACaAgATATtGatT
S.zooepidemicus  
043_0005 (nrdFIE) gCACTATATATtGTGT
AatCTATATATtGTaT
049_0004 (nrdD-XX-nrdG) AatCaATATATtGTGT
ACACaATATATtGatT
013_0002 (nrdHEF2) cCACaATATcTtGTGc
ACACaATATtTAGaaa
S.equi  
037_0003 (nrdFIE) gCACTATATATtGTGT
AatCTATATATtGTaT
039_0023 (nrdD-XX-nrdG) AatCaATATATtGTGT
ACACaATATATtGatT
039_0136 (nrdHEF2) cCACaATATcTtGTGc
ACACaATATtTAGaaa
S.gordonii  
049_0690 (nrdHEF) ACACcATATcTtGTaT
ACACaATATtTAGTcT
050_0639 (nrdD-XX-nrdG) ACACaAgATATtGatT
tatCaATATcTtGTGT
S.thermophilus  
001_0052  (nrdHEF) ACACaAgATATAGgGT
ACACaAaATATtGTaT
046_0006 (nrdD-XX-nrdG) AatCaATATATAGTGg
cCACaATATATtGatT
050_0005 (nrdI) ACACaAcATcTtGTGT
ACACaAgATATAGata
C.acetobutylicum  
CAC1047(nrdJ) AtACaATATATAGTGT
cCACTATATATAGTtT
CAC1195  (ligA) AaACTATATATtGTGT
AtACTATATATAGTGc
CAC0480 (nrdDG) gtACaAgATATAGTGT
AtgCTAaATgTAGTaa
CAC3277 (nrdAB) AagCgATATATtGTGg
  AtACTAcATATtGTGg
C.tetani  
CTC00574 (nrdJ) AtACTATATATtGTaT
AtACcATATATgcTta
CTC00257 (nrdDG) AtACaATATATtGTag
AtgCTATATgTtGTaa
C.perfringens  
NrdAB tgtCaAgATATtGTGc
  ttACTATATATtGTGg
NrdD taACTATtaATAGTag
gtACaAgATATAGTGg
AtgCTAcATgTtGTGa
C.botulinum  
001_2081 (nrdAB) AtACaATATATAGTGa
AtACaATATATAGaGT
001_0072 (nrdDG) ACACaATATgTtGTag
AtgCTATATgTtGTGa
C.difficile  
001_0079 (nrdDG) AtACTAcATATAGTGg
AtACaATATATAGTaa
001_2429 (nrdAB) AtACTATATgTAGTaT
tgACTATATgTAGTGc
T.tengcongensis  
NrdJ ACACaAcAaAatGTaT
  AtACaAaATATtGTGT
NrdD-pflA AtACTAaATATtGaGg
  ctACTATATtTtGTGT
 
001_0545 (nrdR-nrdDG) ACACaAgATATAGTag
ACACaAaATATAGgGT
E.faecalis  
NrdHIEF ACACaAcATtTAGTGT
ACACaAaAacTAGTaT
cCACaATATATAGTGT
NrdDG gCACaATATATAGTGT
ACgCaATATATcGatT
EF0739-EF0740 (pnuC-dgk) taACTATATgTAGTGT
  AatCaATATATAGTaT
E.faecium  
008_0044  (pnuC) AtACaATAgATtGTGT
ACACTAcATtTAGTGT
021_0015 (tr-r-ndt-dgk) AtACTATATATAGTGg
ctACaAaATcTAGTcT
020_0004 (nrdHIEF) ACACaATATgTAGTGT
    AtACTATcTATtaTag
028_0005 (nrdDG) ACACTAcATATAGTaT
    AtACTATATATAGccg
L.plantarum  
Lp_0259  (pnuC) AtACaATATATtGTGT
ACACTAcATgTAGTag
NrdDG ctACTATATATAGTaT
gCACTATcaATtGTaT
Dgk2 AaAgTcTATATgGTaT
  AtACaATATATtGTGc
Dgk1 tCACcAgATATtGcaT
  gtACaATATgTAGTGT
NrdHEF ACACaAcATcTAGgGc
ACcCTAgATgTtGTGT
L.delbrueckii  
041_0007 (nrdJ) ACACagTtTcTcGTGT
ACACTAcATcTtGTGT
113_0001 (dgk1-dgk2) gCACTATATcTtGcaa
AacgTAgATcTAGTaT
018_0001 (nrdDG) cCACaATATcTgGTaT
AaACaAgATgTAGTGg
cCACaAgATAgtcTag
L.johnsonii  
LJ0643 (pnuC) AtACTAgATAcAGatg
gCACaATATATtGTGT
LJ1824-LJ1825 (dgk1-dgk2) ctACcAgATATtGaaT
  AaACTATATATtGTag
LJ0137 (nrdDG) AtACaATATATAtgaT
ctACaATATcatGTag
ACcaTAgATATtGTGa
L.acidophilus R26  
Dgk1-dgk2 AtACcAgATATtGaaT
ACtaTATATgTAGaaa
L.gasseri  
050_0030  (nrdJ) taACaATcTATAGTGc
  AtACTAgATATtGTGT
cgACaAgATATtGTac
031_0003 (dgk1-dgk2) AtACcAgATATtGaaT
  AaACTATATcTtGTag
054_0013 (nrdDG) AtACaATATATAtgtT
ctACaATATcatGTag
ACcaTAcATATtGTGa
067_0052 (pnuC) AtACTAgATAaAGatg
gCACaATATATtGTGT
L.casei  
NrdD ACACacTATATAGTGT
cCACaAaATtTAGTGg
NrdG cgtCaAgATATAGatg
AtACTAcATcTtGgGg
NrdJ AatCTATATcTtGata
AtACcATATcTtGTaT
P.pentosaceus  
RPPE00300-nrdDG AtACTATATATtGTaT
cacaTAgATgTtGTGT
RPPE01423  (nrdHEF) gCACaATATATAGTGg
cCtCTAcATATtGTGc
RPPE01639 (dgk) AtACaATATgTtGTGg
Desulfitobacterium halfniense  
3286_0001 (nrdR-nrdJ) AtACTAcATATgGTGT
ACACTATATATgGgGg
3245_0014 (nrdDG) cCcCTATATATAGTGT
catCTATATATgGTGT
 
« back