Lab.6 IITP RAS logo
05/12/21
14:06:55

Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук

« back

Таблица сравнения результатов работы модели и метода выравниваний.

Был проведен тест на классическую аттенюаторную регуляцию для генов всех бактерий, которые были проверены методом выравниваний. Результаты теста заключены в таблице, на титульном листе собрана общая сводка по всем оперонам, на остальных рассмотрен каждый оперон в отдельности. Выделение красным цветом означает отсутствие регуляции, зеленым — наличие, желтым — переходная степень.

На титульном листе обозначены несовпадения с методом выравниваний: вертикальная штриховка — серьёзное несовпадение, диагональная — также несовпадение, но не показательный случай.

Выделение бактерии серым цветом означает, что она дала положительный тест в модели, но отрицательный в выравниваниях. Числа в клетках — это характеристики графика функции вероятности терминации от концентрации аминокислоты, который можно увидеть на листах, посвящённых оперонам, выделив соответствующую строку и нажав Ctrl+G. На титульном листе не отмечены результаты тестирования для гена HisG, поскольку перед ним находится РНК-триплекс, не учитываемый в модели (однако он критичен для наличия регуляции), вследствие чего результаты модели по этому гену будут недостоверными.

« back