Программа моделирования конкуренции РНК-полимераз
Программа предназначена для моделирования конкуренции РНК-полимераз, транскрибирующих гены на разных цепях ДНК. Этот механизм регуляции встречается в органеллах растений и водорослей, например в пластидах. С помощью программы были получены результаты, изложенные в работах [1–4].
Имеется два варианта программы:
Rivals— графическое приложение (исполняемый модуль для Windows)cpRivals— переносимая программа с интерфейсом командной строки для мультипроцессорной системы с MPI (исполняемые модули для Windows 32/64 бит и исходные тексты, свободно распространяемые на условиях лицензии GNU General Public License (GPL).
Оба варианта реализуют одинаковый алгоритм и совместимы по файлам исходных данных, но
различаются по быстродействию и функциональным возможностям. Программа Rivals
предназначена в основном для подготовки файлов с исходными данными, интерактивного мониторинга
работы модели и проведения пробных экспериментов. Программа cpRivals предназначена
для массовых расчётов, в том числе с использованием высокопроизводительных кластеров.
Начиная с версии 1.5.x.x, оба варианта программы могут работать с кольцевыми последовательностями ДНК и поддерживается изменение параметров в ходе траектории модели. Начиная с версии 1.5.3.x, быстродействие программы существенно повышено по сравнению с прежними версиями.
Файлы для загрузки
| 32 bit | 64 bit | |
|---|---|---|
| Описание программы (PDF) | 2.0 | |
Исполняемый модуль Rivals для Windows с .NET 2.0 |
1.5.3.3 | — |
Исполняемые модули cpRivals для Windows без MPI |
1.5.3.3 | 1.5.3.3 |
Исполняемые модули cpRivals для Windows с MPICH2 1.4.1p |
1.5.3.3 | 1.5.3.3 |
| Свободно распространяемые библиотеки Microsoft для работы программ | 9.0.30729.4148 | 9.0.30729.4148 |
| MPICH2 — реализация MPI-2 для Windows (Argonne National Laboratory) | 1.4.1p1 | 1.4.1p1 |
Исходный код cpRivals для Linux — GNU GPL V3 |
1.5.3.3a | |
Литература
- В.А. Любецкий, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов. Конкуренция РНК-полимераз, транскрибирующих общий локус в противоположных направлениях. Съезд генетиков и селекционеров, посвященный 200-летию со дня рождения Ч. Дарвина и V Съезд вавиловского общества генетиков и селекционеров, 2009, 21–27 июня, Москва, часть II, с. 68.
- О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, Л.И. Рубанов, В.А. Любецкий. Моделирование конкуренции РНК-полимераз: влияние нокаута сигма субъединицы и температуры на экспрессию генов. Труды 32-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’09), пос. д/о Бекасово, 15–18 декабря 2009, стр. 328–331.
- V.A. Lyubetsky, O.A. Zverkov, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. Modeling RNA polymerase competition: the effect of σ-subunit knockout and heat shock on gene transcription level. Biology Direct, 2011, Vol. 6, Art. 3. DOI: 10.1186/1745-6150-6-3
- V.A. Lyubetsky, O.A. Zverkov, S.A. Pirogov, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. Modeling RNA polymerase interaction in mitochondria of chordates. Biology Direct, 2012, Vol. 7, Art. 26. DOI: 10.1186/1745-6150-7-26