Научная и педагогическая деятельность

Лаборатория № 6 образована решением Ученого совета Института в январе 2004 года на базе Сектора 1.1, созданного в 1998 году. В лаборатории продолжаются прежние темы: исследования в области алгоритмических моделей, методов эффективного описания объектов и процессов, которые ведутся в течение последних 50 лет, как и исследования в области математической биологии и биоинформатики, которые начались в этом коллективе в 1995 году.

За последние пять лет сотрудниками лаборатории опубликовано более 100 работ в ведущих отечественных и международных журналах и несколько монографий. Сотрудники лаборатории участвуют в международных конференциях по математике, математической биологии и биоинформатике, регулярно выезжают для совместной научной работы и чтения лекций в ведущие зарубежные университеты. В лаборатории защищены 2 докторские и 5 кандидатских диссертаций, выполнены и выполняются работы по десяткам отечественных и зарубежных грантов и проектов.

Деятельность лаборатории относится к двум основным направлениям:

1. информационные процессы на молекулярном и клеточном уровнях;
2. проблемы дискретной и многокритериальной оптимизаций, построение эффективных алгоритмов и моделей, проблемы разрешимости и выразимости в формализованных теориях, в том числе в самой широкой из них – теории множеств.

Главная цель лаборатории по направлению (I) состоит в разработке математических методов и моделей в математической биологии и биоинформатике и применении их к следующим проблемам:

1. поиск регуляции экспрессии генов на уровнях транскрипции, трансляции и процессинга,
2. выяснение механизмов регуляций и
3. исследование эволюции регуляций – у бактерий, растений, водорослей, простейших и их органелл, включая пластиды и митохондрии;
4. эволюция генов, эволюция видов и согласование этих эволюций;
5. происхождение видов, роли горизонтальных переносов генов и других эволюционных событий в формировании геномов.

Средний возраст сотрудников лаборатории – ~50 лет. Список публикаций лаборатории приведен в разделе Публикации.

Среди сотрудников лаборатории – официальные эксперты РАН, РНФ, Сколково, Минобрнауки. Сотрудники ведут педагогическую работу (лекции, семинары, курсовые и дипломные работы, аспиранты) в Московском государственном университете им. М.В. Ломоносова (факультеты механико-математический и вычислительной математики и кибернетики), Московском государственном педагогическом университете и Московском государственном университете дизайна и технологии. А также – тесно сотрудничают с Научно-исследовательским центром электронной вычислительной техники. Сотрудники лаборатории являются членами двух диссертационных советов по Информатике и Математической биологии, биоинформатике.

• Основные достижения на 2018 год
• Отчёт по гранту РНФ за 2016 год
• Отчёт по гранту РНФ за 2015 год
• Сведения о научной работе заведующего лабораторией за 2008–2013 гг
• Публикации лаборатории в 2012 году
• Основные результаты лаборатории за 2011 год
• Основные результаты лаборатории за 2006-2010 годы по направлению (I)
• Обзор научной деятельности лаборатории, конец 2008 г.
• Обзор научной деятельности лаборатории за период 2005-2007 гг.
• Презентация избранных работ лаборатории: часть 0, часть 1, часть 2

В лаборатории выполняются или выполнены гранты, среди которых отметим наиболее значимые:

• Грант РНФ № 24-44-00099 «Создание базы данных траекторий специализации клеток в эволюции и индивидуальном развитии» (2024-2026)
• Грант РФФИ № 18-29-13037 «Гены млекопитающих, потеря которых связана с геронтологическим успехом» (2018–2021)
• Соглашение 14-50-00150 РНФ и ИППИ (2014–2018)
• Грант РФФИ № 13-04-40196-Н «Широкомасштабный биоинформатический поиск генов, играющих важную роль в развитии мозга и регенерации придатков тела» (2013–2015)
• Грант МНТЦ № 3807 «Сравнительная геномика и метагеномика: модели, алгоритмы и массовый анализ; нанотехнологии для избирательного транспорта» (2008–2011)
• Грант МНТЦ № 2766 «Новые методы компьютерной аннотации бактериальных геномов: разработка и применение» (2004–2007)

Более полный список приведён в разделе Гранты.