Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук

Предварительные алгоритмы реконструкции предковых геномных структур и их программные реализации

Задачи и алгоритмы их решения подробно описаны в руководстве пользователя к каждой программе. Архив с программой содержит контрольные примеры для ее проверки.

1. ChromoGGL - для разных цен операций и структур без паралогов:
   - вычисление кратчайшего расстояния между двумя данными структурами;
   - построение кратчайшего преобразования - последовательности операций, преобразующих одну структуру в другую;
   - построение оптимального дерева структур для заданных структур в его листьях.
   Файлы для загрузки:
   
   • ChromoGGL для Windows
   • Руководство пользователя
   • Утилита gbk_converter для преобразования генома из формата GenBank (.gbk/.gbff) в формат программы ChromoGGL
2. Distance-Сircular-GGL - для равных цен операций и структур с паралогами:
   - сведение к ЦЛП задачи вычисления кратчайших расстояния и преобразования для случая кольцевых хромосом.
   Файлы для загрузки:
   
   • Distance-Сircular-GGL для Windows
   • Руководство пользователя
3. Distance-Сommon-GGL - для равных цен операций и структур с паралогами:
   - сведение к ЦЛП задачи вычисления кратчайших расстояния и преобразования для случая кольцевых и линейных хромосом.
   Файлы для загрузки:
   
   • Distance-Сommon-GGL для Windows
   • Руководство пользователя
4. Distance-to-Structs-GGL - утилита для построения результирующих структур:
   - преобразует найденное решение задачи ЦЛП в исходный формат геномных структур с расставленными паралогами.
   Файлы для загрузки:
   
   • Distance-to-Structs-GGL для Windows
   • Руководство пользователя