Предварительные алгоритмы реконструкции предковых геномных структур и их программные реализации
Задачи и алгоритмы их решения подробно описаны в руководстве пользователя к каждой программе.
Архив с программой содержит контрольные примеры для её проверки.
ChromoGGL
Для разных цен операций и структур без паралогов:
- вычисление кратчайшего расстояния между двумя данными структурами;
- построение кратчайшего преобразования — последовательности операций,
преобразующих одну структуру в другую;
- построение оптимального дерева структур для заданных структур в его листьях.
Файлы для загрузки:
Distance-Сircular-GGL
Для равных цен операций и структур с паралогами:
- сведе́ние к ЦЛП задачи вычисления кратчайших расстояния и преобразования
для случая кольцевых хромосом.
Файлы для загрузки:
Distance-Сommon-GGL
Для равных цен операций и структур с паралогами:
- сведе́ние к ЦЛП задачи вычисления кратчайших расстояния и преобразования для случая кольцевых
и линейных хромосом.
Файлы для загрузки:
Distance-to-Structs-GGL
Утилита для построения результирующих структур:
- преобразует найденное решение задачи ЦЛП в исходный формат геномных структур
с расставленными паралогами.
Файлы для загрузки:
|