24/04/25
23:23:26
Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук

Предварительные алгоритмы реконструкции предковых геномных структур и их программные реализации

Задачи и алгоритмы их решения подробно описаны в руководстве пользователя к каждой программе. Архив с программой содержит контрольные примеры для её проверки.

ChromoGGL

Для разных цен операций и структур без паралогов:

  • вычисление кратчайшего расстояния между двумя данными структурами;
  • построение кратчайшего преобразования — последовательности операций, преобразующих одну структуру в другую;
  • построение оптимального дерева структур для заданных структур в его листьях.

Файлы для загрузки:

Distance-Сircular-GGL

Для равных цен операций и структур с паралогами:

  • сведе́ние к ЦЛП задачи вычисления кратчайших расстояния и преобразования для случая кольцевых хромосом.

Файлы для загрузки:

Distance-Сommon-GGL

Для равных цен операций и структур с паралогами:

  • сведе́ние к ЦЛП задачи вычисления кратчайших расстояния и преобразования для случая кольцевых и линейных хромосом.

Файлы для загрузки:

Distance-to-Structs-GGL

Утилита для построения результирующих структур:

  • преобразует найденное решение задачи ЦЛП в исходный формат геномных структур с расставленными паралогами.

Файлы для загрузки: