Предварительные алгоритмы реконструкции предковых геномных структур и их программные реализации

Задачи и алгоритмы их решения подробно описаны в руководстве пользователя к каждой программе. Архив с программой содержит контрольные примеры для её проверки.

ChromoGGL

Для разных цен операций и структур без паралогов:

• вычисление кратчайшего расстояния между двумя данными структурами;
• построение кратчайшего преобразования — последовательности операций, преобразующих одну структуру в другую;
• построение оптимального дерева структур для заданных структур в его листьях.

Файлы для загрузки:

• ChromoGGL для Windows
• Руководство пользователя
• Утилита gbk_converter для преобразования генома из формата GenBank (.gbk/.gbff) в формат программы ChromoGGL

Distance-Сircular-GGL

Для равных цен операций и структур с паралогами:

• сведе́ние к ЦЛП задачи вычисления кратчайших расстояния и преобразования для случая кольцевых хромосом.

Файлы для загрузки:

• Distance-Сircular-GGL для Windows
• Руководство пользователя

Distance-Сommon-GGL

Для равных цен операций и структур с паралогами:

• сведе́ние к ЦЛП задачи вычисления кратчайших расстояния и преобразования для случая кольцевых и линейных хромосом.

Файлы для загрузки:

• Distance-Сommon-GGL для Windows
• Руководство пользователя

Distance-to-Structs-GGL

Утилита для построения результирующих структур:

• преобразует найденное решение задачи ЦЛП в исходный формат геномных структур с расставленными паралогами.

Файлы для загрузки:

• Distance-to-Structs-GGL для Windows
• Руководство пользователя