12:07:40
Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук
Кластеризация белков хордовых животных
В рамках проекта «Поиск генов, играющих важную роль в развитии мозга и регенерации придатков тела» оригинальным алгоритмом [Любецкий и др. 2013] была выполнена кластеризация аминокислотных последовательностей всех (за исключением трёх неполных геномов, отмеченных звёздочкой) белков 27-ми видов животных: Anolis carolinensis, Branchiostoma floridae, Cavia porcellus, Ciona intestinalis, Ciona savignyi, Danio rerio, Echinops telfairi*, Erinaceus europaeus*, Gallus gallus, Gasterosteus aculeatus, Homo sapiens, Latimeria chalumnae, Macropus eugenii*, Meleagris gallopavo, Monodelphis domestica, Mus musculus, Oreochromis niloticus, Ornithorhynchus anatinus, Oryzias latipes, Pelodiscus sinensis, Saccoglossus kowalevskii, Sarcophilus harrisii, Taeniopygia guttata, Takifugu rubripes, Tetraodon nigroviridis, Xenopus tropicalis, Xiphophorus maculatus.
Указанный набор видов был разделён на пять групп по возрастанию сложности организации: (0) беспозвоночные и рыбы, (1) амфибии, (2) рептилии, (3) птицы и (4) млекопитающие. Для каждой из этих групп, исключая группу (0), были отобраны кластеры, в которых не представлены белки видов, принадлежащих данной группе и группам с бо́льшим номером, и представлены белки как можно большего числа видов, принадлежащих группам с меньшим номером. Таким образом были отобраны белки, предположительно соответствующие генам, исчезнувшим или значительно изменившиеся на определённом этапе эволюционного процесса. Результаты приведены в следующих четырёх таблицах (документы Microsoft Excel, размер ~100 KB).
- Кластеры, в которых не представлены виды из групп, начиная с амфибий
- Кластеры, в которых не представлены виды из групп, начиная с рептилий
- Кластеры, в которых не представлены виды из групп, начиная с птиц
- Кластеры, в которых не представлены виды из групп, начиная с млекопитающих