Lab.6 IITP RAS logo
05/12/21
13:48:54

Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук

« back

Таблица NrdR-1 к примеру 1 статьи К.Ю. Горбунова и В.А. Любецкого «Реконструкция предковых регуляторных сигналов вдоль дерева эволюции фактора транскрипции»

Nrd-regulon.  
Gamma-Proteobacteria  
E.coli  
NrdAB tCACacTATcTtGcag
  cCcCTATATATAGTGT
NrdHIEF ttgCTATATATtGTGT
  caACTAcATcTAGTaT
NrdDG gCACTATATATAGacT
  ACcCaATATgTtGTaT
S.typhi  
NrdAB ACtCaccATATAGcGT
  cCcCTATATATAGTaT
NrdHIEF ttcCcATATcTtGTaT
  caACTAcATcTAGTaT
NrdDG tCACTAcATATAGacT
  ACcCaATATgTtGTaT
K.pneumoniae  
103_0209 (nrdAB) ACtCaccATATAGcGT
  cCcCTAcATATAGTaT
123_0082 (nrdHIEF) ACgCTATATATtGaGT
  taACTAcATcTAGTaT
121_0512 (nrdDG) tCACTAcATATAGaac
  gCcCaAcATATtGTaT
  tCACcATATcTtGTcg
Y.pestis  
NrdAB ACtCacTATcTtGTta
  cCACTATATATtGTGT
NrdHIEF taACTAcATgTAGTGT
  gCACTAcATATAGTaT
NrdDG tacCcATATATAGTGT
  catCTATATgTAGTag
Y.enterocolitica  
RYE01840  (nrdAB) ACtCacTATcTtGTta
  cCcCTATATATtGTGT
RYE01342  (nrdHIEF) ACACTAgATATAGTaT
  taACTAcATATgGTGT
RYE00867 (nrdDG) tacCcATATATAGTGT
  tacCTATATgTAGTag
E.chrysanthemi  
001_3356  (nrdAB) tCACatTATcTtGTta
  cCcCTATATATAGTGT
001_0534 (nrdHIEF) cttCTATATATtGcGT
  ACACaATATcTAGTaT
001_2422 (nrdDG) AttCaATATATAGTGT
  AacCTAcATATtGTGT
E.carotovora  
NrdAB ACtCaccATgTAGTag
  cacCTATATcTAGTaT
NrdHIEF AtcaTATATcTtGTGT
  tatCTAcATcTAGTaT
NrdDG tttCaATATATAGTGc
  tacCTAcATATAGTGT
Photorhabdus luminescens  
NrdAB taACatTATcTtGTtg
  cCcCTAcATATtGTGT
NrdHIEF ACACcATATATAGTGc
    tCACTAcATATAGTaT
NrdDG ttACTATATATtGTGT
  AgACTATATATAGcaa
H.influenzae  
HI1659  (nrdAB) ACACatTATcTtGTGg
  ACACTATATcTtGTGT
HI0075 (nrdD) ACACTAcATATtGTGT
  gatCTATATATAGTGc
    ACACTATATATtGgag
H.ducreyi  
NrdAB AaACcATATcTtGTac
  cCACaAcATATAGTGg
HD0394 (nrdGD*) ACACaATATATtGTGT
    taACTATATATAGTaa
P.multocida  
NrdA-X-nrdB gCACatTATcTtGTaT
  ACACaATATcTtGTGT
NrdDG ACACTATATcTtGTGg
    taACTATATATAGTaT
V.cholerae  
VC1256  (nrdAB) cCcCTAcATATAGTGT
    ACACTATATgTAGgGc
VCA0511  (nrdDG) cCACaAcATATAGTGT
  gCcCTATATAgtGTaT
V.vulnificus  
VV13041  (nrdAB) cCcCTATATgTtGTGT
  ctACaATATgTAGata
VV20337   (nrdDG) cCACaATATATAGTGc
    ACcCTATATAgtGTGT
V.parahaemolyticus  
VP1934  (nrdAB) cCcCTATATgTtGTGT
  ctACaATATATAGata
VPA0941 (nrdDG) cCACaATATATtGTGT
  ACcCcATATAgtGTGT
P.aeruginosa  
NrdAB ACACTAcATATtGTGg
  gCgCatTATcTtGTaT
    cCcCTATATcTtGgGT
PA1920 (nrdDG*) cCACaAcATATtGTtg
  ACACatcATgTtGTGg
TopA cCACTATATATAGcGg
PA5497  (nrdJ*) ACACaAgATATtGatT
  taACTAgATgTtGcGT
P.putida  
NrdA cCgCatTATcTtGTaT
  cCACTAgATATAGgGg
NrdB ACACcATATgatGTGc
  gCACaAcATATAGgtT
TopA cCACTATATATAGcGg
P.fluorescens  
001_2194 (topA) cCACTATATATAGcGT
001_6650 (nrdA) ACgCatTATcTtGTag
  ACcCTAcATgTAGgGT
001_3892 (nrdB) ACcgcAcATcTtGTGc
    ACACcccATATAGTGT
P.syringae  
NrdA ACgCatTATcTtGTag
  ACcCTAcATgTAGgGT
NrdB tCACTATATgctGcGc
    ACACTAcATAagGgaT
TopA cCACTATATATAGcGT
Xylella fastidiosa  
XF1196   (nrdAB) tCACagcATtTtGTGT
    cCcCatTATcTtGTGg
Xanthomonas axonopodis  
NrdAB ttcCTAcATtTgGTGT
    cCcCacTATcTtGgGg
Beta-Proteobacteria  
N.europaea  
NrdAB ACACaATATATtGTGT
Neisseria meningitidis  
NMB1291 (nrdA-XX-nrdB) AtcCacTATATtGTcT
M.flagelatus  
RMFL01743 (nrdJ) tCACTATATgTtGTGg
RMFL01657 (&nrdAB) gaACaATATATAGTGT
R.solanacearum  
NrdAB cCACTATActTAGTGc
  ACACTAgATATAGTGg
NrdDG* cCACaAcATcTAGTGc
  cCACTATATggAGTac
B.pertussis, B.bronchseptica  
NrdAB tCACTAgAatTAGTGc
  ACACTAcATcTtGTGg
B.avium  
001_4223 (nrdAB) tCACTAgAatTAGTGc
  ACACTATATATtGTGT
B.fungorum  
095_0075 (nrdAB) cCACTATActTgGTGc
  gCACTAcATcTtGTGT
B.cepacia  
001_6720 (nrdAB) cCACTATActTgGTGc
  gtACTAgATATAGTGT
B.pseudomallei  
001_6457 (nrdAB) cCACTATActTtGgGc
  gCACTAcATATAGTGT
001_5114 (nrdDG) AtACaAcATcTgGTaT
  tCACcAgATtTtGTGc
Dechloromonas aromatica  
006_0209  (nrdJ) ACACcgcATATAGTca
  gCACTATATcTAGTag
Alpha-Proteobacteria  
B.melitensis  
BMEII0932 (&nrdHIEF) ctACcATATcTtGTGT
BMEI0943 (nrdJ) gCACaATATcTAGcGT
  ACACaAgATtTAGTaT
  ttACaAgATAagGTaT
M.loti  
mll0136 (nrdJ) ACACaAgATgTtGgGg
    AtACTATATtTAGTGT
  ACgCTAgATAgtGTGa
A.tumefaciens  
AGR_C_3183 (nrdJ) ACACaATATcTtGTGg
    ACACTATATATAGTag
  ACACgAgATAcAGgGa
AGR_C_102 (&nrdHIEF) AtACTATATgTgGTGT
R.leguminosarum  
001_3104 (nrdJ) cCACaAcATgTtGTGg
AtACTATATtTAGTGT
cCACaAgATAcAGgaa
001_6799 (&nrdHIEF) cCACaAcAacTtGTtg
  gtACcATATcTAGTGT
S.meliloti  
SMc01237 (nrdJ) ACACaAgATATAGcGc
  AtACTATATtTAGTGT
  tCACaAgATAcAGgaT
B.japonicum  
NrdJ cCACcATATtTAGTaT
  gCACTAgtTcTtGacg
Bll0003  (nrdAB*) cttCTATATgTgGTGT
  ttcgcATATATgGTGg
R.palustris  
NrdJ cCACcAcATtTAGTaT
R.capsulatus  
RRC04385 (nrdJ) cCACaAgATATgGgGg
    ctACcAgATATAGTGg
RRC03796 (nrdJ2) cCACaATATAgAGTGc
C.crescentus  
CC0260(nrdB) tCACaAcATcTtGTGg
CC3492(nrdA) gCcCcATATtTgGgtT
  cCACaAgATATAGcGg
Hyphomonas neptunium  
003_0282 (nrdA) ACACTATATcTtGTGT
  AgACcAcATcTgGTtT
005_0697 (nrdB) gCACTATATgTgGTGT
Ehrlichia chaffeensis  
001_0281 (nrdA) tttCTATATATtGTGc
    AtACaATATgTAtgcg
Neorickettsia sennetsu  
001_0535 (nrdA) cCACTATAaATAtgGT
    ctACTATATATAGacT
Delta-Proteobacteria  
G.sulfurreducens  
382170 (nrdJ) ACcaTATATATtGTGg
    ACACaAcATATAtgGT
G.metallireducens  
379426 (nrdJ) gCcaTAcATATtGTGg
    cCACaAcATATAtgGc
D.acetoxidans  
390414 (parA1) ACcCTATATgTAGgGT
  taACaATATcTtGgGg
392036 (parA2) gCcCaAgATcTtGTGg
    AgACTATATcTtGaag
387205 (nrdDG2) tCACcAgATgTtGTGg
    tgtCTATATgTtGTGT
387094 (nrdJ) ACACgATATATtGTGT
  ACACTccATgTgGTac
D.psychrophila  
425342 (nrdJ) ACcCTAgATATttTtg
  cCcCTgcgTATgGTGT
DP0064 (nrdDG) ACACaAcActTAGTag
    AtACcATATATgaTGg
DP0278 (dnaA) AaAgTAcATATtGTtc
    cCtCTAgATgTAGgtg
Bdellovibrio bacteriovorans  
NrdAB cCACTAgATATAGTGg
NrdGD* AtcCTATATcTAGTGg
Bacteriovorax marinus  
001_1291 (nrdBA) ACACaATATATAGgGa
Myxococcus xanthus  
050_0270  (nrdAB) gCACTAgATcTcGcGT
    cCcCcATAgcTtGTGg
018_0162  (dnaA) ACACaATtcATgGTGg
    ACACcATtTgctGTaT
Chlamydia  
C.muridarum  
TC0214  (nrdAB) cttCTATATATgGTaT
  tCACaATATcTtGgGT
C.pneumoniae  
NrdAB ttcCTATATATgGTag
  tCACTAcATATtGgGT
C.trachomatis  
NrdAB cttCTATATATgGTaT
  tCACaATATcTtGgGT
Chlamydophila abortus  
001_0601  (nrdAB) ttcCTATATATgGTaT
  tCACTAcATATtGgGT
Chlamydophila caviae  
NrdAB ttcCTATATATgGTaT
  tCACTAcATATtGgGT
Treponema denticola  
TDE1330 (nrdR-nrdD*) ACgCTATATATAGTGT
   
   
Synechocystis sp.  
NrdA gtgCcAgATgTgGaGT
    ACACcATATcTgtgGc
  cCcCTAaATATtGgca
     

 

Nrd-regulon.  
   
S. coelicolor  
&nrdXLM ACACaACATcTgGgGG
  gCACaAgATGTAtgct
SC4H2.25 (nrdR-nrdJ) tCcCcACATcTAGTGG
  agcCcACAaGTtGTGG
S. avermitilis  
SAV2462 (nrdR-nrdJ) gCcCcACATcTAGTGG
  agcCcACAaGTtGTGG
&nrdXLM aCACaAgATGTgGgGG
  gCACaAgATGTAtgct
S. scabies  
1602_0009 (nrdR-nrdJ) gCcCTACATGTAGTGc
  agcCcAgAaGTtGTGG
1720_0013 (nrdXLM) aCACaACATGTgGgGG
  gCACTAgATGTAtgct
Propionibacterium acnes  
PPA1025 (nrdR-nrdJ) atACcAgATGTtGTGG
  tCcCTAtAaGTtGTGt
&PPA2137 (nrdDG) gCACcAgATGTAGgGG
  aCcCTttATcTtGTGc
&PPA2121 (nrdAB) gCcCTtCATaTAGTGa
Clavibacter michiganensis  
009_3246 (nrdLM) CCACaACATGTgGTGG
  CCcCgACATaTAGTGG
  CCACTAtATGTcGgGG
Leifsonia xyli  
NrdAB CCACTAgATGTgGgGG
  CCcCgctATaTAGTGG
Bifidobacterium longum  
NrdHIEF aCcCTAtATcTAGgtt
  CCACTACATaTAGTGc
NrdDG gCACTAgATaTAGgGG
  aCcCTAtAaaTAGTtc
Thermobifida fusca  
041_0052 (nrdR-nrdJ) cCACTAgATcTAGTGc
  CatCcACAaaTtGTGG
061_0155 (nrdAB) CacCatCATGTtGTGG
  CCACTAgATGatGTGG
C.diphteriae  
DIP0465 (nrdDG) CCACTACATaTtGatt
  CaACTAtATcTtGTaG
DIP1869 (nrdHIE) CCtCaACATGTAGgGG
  atACTAgATaTtGTGc
  CCACaAagTaTAGTGt
C.efficiens  
CE2363 (nrdDG) tCACTAgATGTAGTGG
NrdHIE gCgCaACATGTgGgGG
  CtACTAtATGTAGTGc
  CCACaAagTaTAGTGt
C.glutamicum  
Cgl2480 (nrdHIE) tCgCTACATGTgGTGG
  CtACTAtATGTAGTGc
  CCACaAagTaTAGTGt
M.bovis  
NrdF2 aCACaACtTcTtGTGt
  aCcCcAgggGTAGTGt
NrdHIE CCcCTAggTGTAGTGt
  tCAgaACATcTtGTat
M.tuberculosis  
MT3133 (nrdF2) aCACaACtTcTtGTGt
  aCcCcAgggGTAGTGt
MT3139 (nrdHIE) CCcCTAggTGTAGTGt
  tCAgaACATcTtGTat
M.avium  
NrdF aCACaACtTcTtGTGt
  aCcCcAgggGTAGTGt
NrdHIE CCACTAggTGTAGTGt
  tCAgaACATcTtGTat
M.leprae  
NrdF aCACTACtTcTtGTGt
  aCcCcAaggGTAGTGt
NrdHIE CCACTAggTGTAGTGt
  tCAgaACATcTtGTat
M.marinum  
013_0784 (nrdF) aCACaACtTcTtGTGt
  CCcCTACggGTAGTGt
013_0793 (nrdHIE) CCcCTAggTGTAGTGt
  tCcgaACATcTtGTat
Symbiobacterium thermophilum  
STH322 (nrdAB) atgCcgtATGTAGTGt
  aCACTAtATaTtGgGG
STH2761 (nrdR-nrdJ) aCcCcACATaTgGTGG
  tCACTAgATaTgGgGG
   
   
New_profile (TM_PMI)  
T.maritime  
TM0118 ctACcAcATgTTGaaT
  ACACAATATgTTGTtT
TM0384 caACAATtTtTTGaGa
  cCACAATATATTGTGg
   
New profile (Thermus/Deinococcus)  
Thermus thermophilus  
&TTP0160 (&achX-nrdBA*) tATcCaACCtGTGGTAgG
TTC1930 (nrdJ) aAccCaACCGGTaGTAgc
Deinococcus radiodurans  
DR1775 (uvrD) gcTACCACCGcTGGgATc
DR2374 (nrdJ) CATACCAtCccTGGTATG
DRB0106 (&achX-nrdIEF) agTgCCACCtGTaGTATc
   
New profile (Cyanobacteria)  
   
Pro0815 ACACTGTCaATgGTGg
  gCgCTAgCGATgGcGT
   
NrdJ gCACTGTCGATgGTGT
  ACACcATgagTgGcGg
Gloeobacter violaceus  
Gll3966 (nrdJ) gatCTAcCcATgGTGT
  cCACaGTCGgCAGTtg
Synechococcus sp.  
NrdJ ACACTGcCaATgGTGg
  cCcCcATCtgTgGcGT
S.elongates  
135_0043 ACtCcATCccTAGTGT
   
Thermosynechococcus elongates  
Tll1327 (nrdJ) ACACTAcaccTAGTaT
   

 

Nrd-regulon.  
   
S.aureus  
NrdIEF ACACataATATAGTGT
  ACACaATATcTtGTGT
AtACTAcATATAGTGa
NrdDG AtACTATATATAGTGg
  ACACaATATATAGgaa
S.epidermidis  
SE0512 (nrdIEF) ACACagaATATAGTaT
  ACACTATATATAGTGT
    cCACTATATATtGTGg
SE2172  (nrdDG) AtACTATATATAGTaT
    ACACTATATATAGcGa
L.monocytogenes  
Lmo2155  (nrdAB) gtACTATATcTtGcaT
  AtACTATATATAGTaT
Lmo0279  (nrdDG) AaACTtcATcTtGTGT
  ACACaATATATAGTta
B.subtilis  
YmaA   (nrdIEF) AatCTATATATtGTGT
  AtACTATATATAGTGT
YvdC catCTATATATcGTGT
  ACACTATATATtGTcc
B.licheniformis  
NrdIEF gCACaATATATtGTGT
    AtACTATATATtGTGT
BL05350 (yvdC) ACtCcATATATtGata
    gtACTATATATtGTtT
B.halodurans  
&nrdAB AtACaATATATAGaGT
    ttACaATATcTAGTGT
BH2810  (nrdJ) AatCaATATATAGTaT
  AtACTATATATtGaaT
B.cereus  
BC1353  (nrdIEF) tacaTATATcTtGTGT
  AtACaATATATAGaGa
BC5047 (yvdC) AaACTATATATtGTta
  gtACaAcATATtGaGg
BC3603 (nrdDG) AgACTATATgTAGTaa
  taACaAcATATtGgtg
B.stearothermophilus  
274_0021 (nrdJ) taACaATATATAGTaT
  AtACTATATATtGTtT
232_0012 (&nrdAB) AtACTATATATtGgtT
  caACTAcATATcGTtc
L.lactis  
NucA ACACaATATATtGTGT
  AtACTATATATAGgtT
NrdDG ACACaAgATATtGTGT
    AacCTATATATtGTGT
NdrHIEF gCACaATATgTtGTGT
  ACACaATATcTAGTaT
S.pyogenes  
NrdF1-nrdI-nrdE1  ACACTATATcTtGTGT
  AaACTATATcTtGTca
NrdHEF2 ACACaATATgTtGTGT
  ACACaATATtTAGgtT
NrdD-XXX-nrdG ACACaATATATtGatT
  tatCaATATATtGTGT
S.agalactiae  
NrdH-nrdE2-nrdF2 ACACTATATATtGTGT
  AaACgAaATATAGTGT
NrdF1-nrdI-nrdE1 ACACaAgATATAGTGg
  ACACaAaActTtGTGT
NrdD-XXX-nrdG AatCaATATATtGTGT
    ACACaATATATtGatT
S.pneumoniae  
SP1178 (nrdHEF) ACACTATATATtGTGT
  cCACTATATtTAGTtc
SP0202 (nrdD-XXX-nrdG) AatCaATATcTtGTGT
    ACACaAgATATtGatT
S.mutans  
SMU.669c (nrdHEF) ACACTATATcTtGTGg
  gtACTATATtTtGTGT
NrdD-XX-nrdG cCACaATATATtGatT
  tatCaATATATtGTGT
E.faecalis  
NrdHIEF ACACaAcATtTAGTGT
  ACACaAaAacTAGTaT
    cCACaATATATAGTGT
NrdDG gCACaATATATAGTGT
  ACgCaATATATcGatT
EF0739-EF0740 (pnuC-dgk) taACTATATgTAGTGT
  AatCaATATATAGTaT
E.faecium  
008_0044  (pnuC) AtACaATAgATtGTGT
ACACTAcATtTAGTGT
021_0015 (tr-r-ndt-dgk) AtACTATATATAGTGg
ctACaAaATcTAGTcT
020_0004 (nrdHIEF) ACACaATATgTAGTGT
  AtACTATcTATtaTag
028_0005 (nrdDG) ACACTAcATATAGTaT
  AtACTATATATAGccg
P.pentosaceus  
RPPE00300-nrdDG AtACTATATATtGTaT
  cacaTAgATgTtGTGT
RPPE01423  (nrdHEF) gCACaATATATAGTGg
  cCtCTAcATATtGTGc
RPPE01639 (dgk) AtACaATATgTtGTGg
« back