21:20:47
Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук
Программа построения супердерева
Программа предназначена для построения филогенетического супердерева (в частности, дерева видов) на основании набора деревьев генов, содержащихся в геноме этих видов. В основе программы лежит оригинальный алгоритм с рядом позднейших усовершенствований, включая распараллеливание для работы на мультипроцессорной системе в среде MPI версии 1.2 и выше. Программа может обрабатывать недвоичные (политомические) исходные деревья.
Программа Super3GL написана на С++ и имеет интерфейс командной строки. Текст программы переносим, и после соответствующей перекомпиляции может использоваться в среде ОС Windows 32/64-bit, Linux, Unix, MacOS.
Программа Basis3GL реализует альтернативный алгоритм построения базисных деревьев в случае плохо обусловленных исходных данных. Этот алгоритм намного медленнее реализованного в составе программы Super3GL и рекомендуется к запуску в параллельном варианте на многопроцессорном кластере. Программа написана на С++ и имеет интерфейс командной строки.
Полученные базисные деревья могут затем использоваться для построения супердерева с помощью программ Super3GL или Embed3GL.
Исполняемые модули программ для Windows (32- и 64-битная версии) и исходный код для Linux (одно- и мультипроцессорный вариант) можно загрузить по ссылкам ниже. Исходный код программ предоставляется бесплатно на условиях лицензии GNU General Public License (GPL) версии 3.
Файлы для загрузки
| Вариант без MPI | Вариант с MPICH2 1.4.1p | |
| Исполняемый модуль Super3GL для Windows 32bit | 1.4.5 | 1.4.5 |
| Исполняемый модуль Super3GL для Windows 64bit | 1.4.5 | 1.4.5 |
| Описание программы Super3GL (pdf) | super3gl_ru | |
| Исходный код Super3GL для Linux - GNU GPL V3 | 1.4.5 | |
| Утилита для расшифровки сокращений в дереве видов | uncode | |
| Скрипт для укоренения деревьев | hogfilter3_ru | |
| Исполняемый модуль Basis3GL для Windows 32bit | 2.3.2 | 2.3.2 |
| Исполняемый модуль Basis3GL для Windows 64bit | 2.3.2 | 2.3.2 |
| Исходный код Basis3GL для Linux - GNU GPL V3 | 2.3.2 | |
Примеры использования Super3GL: