Программа построения супердерева

Программа предназначена для построения филогенетического супердерева (в частности, дерева видов) на основании набора деревьев генов из геномов этих видов. В основе программы лежит оригинальный алгоритм с рядом позднейших усовершенствований, включая распараллеливание для работы на мультипроцессорной системе в среде MPI версии 1.2 и выше. Программа может обрабатывать недвоичные (политомические) исходные деревья.

Программа Super3GL написана на языке С++ и имеет интерфейс командной строки. Текст программы переносим, и после соответствующей перекомпиляции может использоваться в среде ОС Windows 32/64-bit, Linux, Unix, MacOS.

Программа Basis3GL реализует альтернативный алгоритм построения базисных деревьев в случае плохо обусловленных исходных данных. Этот алгоритм намного медленнее реализованного в составе программы Super3GL и рекомендуется к запуску в параллельном варианте на многопроцессорном кластере. Программа написана на языке С++ и имеет интерфейс командной строки.

Полученные программой Basis3GL базисные деревья могут затем использоваться для построения супердерева с помощью программ Super3GL или Embed3GL.

Исполняемые модули программ для Windows (32- и 64-битная версии) и исходный код для Linux (одно- и мультипроцессорный вариант) можно загрузить по ссылкам ниже. Исходный код программ предоставляется бесплатно на условиях лицензии GNU General Public License (GPL) версии 3.

Файлы для загрузки

Примеры использования Super3GL

1. Пример с 40 видами
2. Пример с 276 видами и отсечением по порогу встречаемости 500
3. Пример с 276 видами (без отсечения)
4. Пример с 814 видами
5. Пример с 91 видом для программы Basis3GL