Программа построения супердерева • Лаб. 6 ИППИ РАН

Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук

Программа построения супердерева

Программа предназначена для построения филогенетического супердерева (в частности, дерева видов) на основании набора деревьев генов, содержащихся в геноме этих видов. В основе программы лежит оригинальный алгоритм с рядом позднейших усовершенствований, включая распараллеливание для работы на мультипроцессорной системе в среде MPI версии 1.2 и выше. Программа может обрабатывать недвоичные (политомические) исходные деревья.

Программа Super3GL написана на С++ и имеет интерфейс командной строки. Текст программы переносим, и после соответствующей перекомпиляции может использоваться в среде ОС Windows 32/64-bit, Linux, Unix, MacOS.

Программа Basis3GL реализует альтернативный алгоритм построения базисных деревьев в случае плохо обусловленных исходных данных. Этот алгоритм намного медленнее реализованного в составе программы Super3GL и рекомендуется к запуску в параллельном варианте на многопроцессорном кластере. Программа написана на С++ и имеет интерфейс командной строки.
Полученные базисные деревья могут затем использоваться для построения супердерева с помощью программ Super3GL или Embed3GL.

Исполняемые модули программ для Windows (32- и 64-битная версии) и исходный код для Linux (одно- и мультипроцессорный вариант) можно загрузить по ссылкам ниже. Исходный код программ предоставляется бесплатно на условиях лицензии GNU General Public License (GPL) версии 3. GNU GPL V3