Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук
Лаборатория 6 ИППИ РАН

Публикации сотрудника • Лев Израилевич Рубанов

Идентификаторы автора:
ORCID: 0000-0003-3012-2589
WoS ResearcherID: F-8205-2014
Scopus Author ID: 6602537938
eLIBRARY AuthorID: 7937 (+)
IstinaResearcherID: 250025759
Google Scholar ID: JUK0v9MAAAAJ
  1. С.Н. Истомина, Л.И. Рубанов. Параллельный алгоритм поиска регуляторного сигнала в геномах бактерий. Информационные процессы, 2002, том 2, № 1, стр. 85–90, eLIBRARY: 9117552, i, PDF
  2. V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov. Parallel algorithm for searching regulatory signal in bacterial genome. Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002), Novosibirsk, Russia, July 14–20 2002, Vol. 1, P. 24–27, i, PDF
  3. В.А. Любецкий, К.Ю. Горбунов, С.А. Пирогов, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов. Алгоритм и результаты счета для модели регуляции экспрессии генов у бактерий на основе формирования вторичных структур РНК. Информационные процессы, 2005, том 5, № 5, стр. 337–366, eLIBRARY: 9124569, i, PDF
  4. В.А. Любецкий, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов, С.А. Пирогов. Модель регуляции экспрессии генов у бактерий на основе формирования вторичных структур РНК. Молекулярная биология, 2006, том 40, № 3, стр. 497–511, eLIBRARY: 9210630, PMID: 16813169, PDF
    Англоязычное издание:
    V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov, S.A. Pirogov. Model of gene expression regulation in bacteria via formation of RNA secondary structures. Molecular Biology, May–Jun 2006, Vol. 40, No. 3, P. 440–453, DOI: 10.1134/S0026893306030113, WOS: 000238266900011, Scopus: 2-s2.0-33747627658, eLIBRARY: 13510198, PDF
  5. Е.В. Любецкая, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Алгоритм поиска мощных вторичных структур в нуклеотидной последовательности и его применение для подсчета числа таких структур в разных областях геномов. Информационные процессы, 2006, том 6, № 3, стр. 258–263, eLIBRARY: 9170378, i, PDF
  6. А.В. Любецкая, Л.И. Рубанов, М.С. Гельфанд. Потоковая модель метаболизма аминокислот кишечной палочки. Биохимия, 2006, том 71, вып. 11, стр. 1544–1549, PDF
    Англоязычное издание:
    A.V. Lyubetskaya, L.I. Rubanov, M.S. Gelfand. Use of the flux model of amino acid metabolism of Escherichia coli. Biochemistry (Moscow), 2006, Vol. 71, Iss. 11, P. 1256–1260, DOI: 10.1134/S0006297906110113, WOS: 000242418300011, Scopus: 2-s2.0-33751507073, eLIBRARY: 13512513, PMID: 17140387, PDF
  7. V.A. Lyubetsky, S.A. Pirogov, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. Modeling classic attenuation regulation of gene expression in bacteria. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, Feb 2007, Vol. 5, Iss. 1, P. 155–180, DOI: 10.1142/S0219720007002576, Scopus: 2-s2.0-34248154743, eLIBRARY: 13557055, PMID: 17477496, i, PDF
  8. L.I. Rubanov, V.A. Lyubetsky. RNAmodel web server: modeling classic attenuation in bacteria. In Silico Biology, 2007, Vol. 7, No. 3, P. 285–308, Scopus: 2-s2.0-38949164739, eLIBRARY: 13540819, PMID: 18415978, i, i, html
  9. Л.Ю. Русин, Л.И. Рубанов, В.А. Любецкий. Данные для построения эволюционного дерева высших Metazoa. Информационные процессы, 2007, том 7, № 3, стр. 199–213, eLIBRARY: 22134008, i, PDF
  10. И. Глотова, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Псевдоузлы и РНК-триплексы в модели классической аттенюаторной регуляции. Труды 30-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’07), Звенигород, 18–21 сентября 2007, стр. 222–227, i, PDF
  11. В.А. Любецкий, Е.А. Жижина, Л.И. Рубанов. Гиббсовский подход в задаче эволюции регуляторного сигнала экспрессии гена. Проблемы передачи информации, 2008, том 43, вып. 4, стр. 52–71.
    ⓘ eLIBRARY: 11755654, EDN: JXGMFJ, Mi: ppi1289, PDF
    Англоязычное издание:
    V.A. Lyubetsky, E.A. Zhizhina, L.I. Rubanov. Gibbs field approach for evolutionary analysis of regulatory signal of gene expression. Problems of Information Transmission, Dec 2008, Vol. 44, No. 4, P. 333–351.
    ⓘ DOI: 10.1134/S0032946008040066, WOS: 000262811900006, Scopus: 2-s2.0-59349118725, eLIBRARY: 13595723, EDN: LLNKEF, PDF
  12. V.A. Lyubetsky, E.A. Zhizhina, L.I. Rubanov. A model of regulatory signal evolution. Abstracts of The Sixth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2008), Novosibirsk, Russia, June 22–28 2008, P. 148, i, PDF
  13. L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky. Multiple alignment based on species tree. Abstracts of The Sixth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2008), Novosibirsk, Russia, June 22–28 2008, P. 212, i, PDF
  14. В.А. Любецкий, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов. Выравнивание последовательностей на основе дерева. Труды 9-й Международной конференции РАН «Распознавание образов и анализ изображений: новые информационные технологии», Нижний Новгород, 15–20 сентября 2008, стр. 137–140, file
    Англоязычное издание:
    V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. A tree-based method of sequence alignment. Proceedings of the 9th International Conference of RAS «Pattern Recognition and Image Analysis: New Information Technologies», Nizhniy Novgorod, September 15–20 2008, P. 137–140, file
  15. V.A. Lyubetsky, E.A. Zhizhina, L.I. Rubanov. Gibbs field for evolutionary analysis of regulatory signal of gene expression under constraints on secondary structure. The 18th IMACS World Congress on Computational and Applied Mathematics & Applications in Science and Engineering, August 3–5 2009, The University of Georgia, Athens, GA 30602-7404, USA, P. 54
  16. В.А. Любецкий, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов. Конкуренция РНК-полимераз, транскрибирующих локус в противоположных направлениях. Труды съезда генетиков и селекционеров и Пятый съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, Москва, 21–27 июня 2009, часть II, стр. 68
    Англоязычное издание:
    V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. RNA polymerase competition at complementary DNA strands. Proceedings of the Genetics and Selection Meeting and V Congress of the Vavilov Genetics and Selection Society, Moscow, Russia, June 21–27 2009, Part II, P. 68
  17. О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, Л.И. Рубанов, В.А. Любецкий. Моделирование конкуренции РНК-полимераз: влияние нокаута сигма субъединицы и температуры на экспрессию генов. Труды 32-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’09), пос. д/о Бекасово, 15–18 декабря 2009, стр. 328–331, i, PDF
  18. V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. Lack of conservation of bacterial type promoters in plastids of Streptophyta. Biology Direct, May 2010, Vol. 5, Art. 34.
    ⓘ DOI: 10.1186/1745-6150-5-34, WOS: 000278359600001, Scopus: 2-s2.0-77951958863, eLIBRARY: 15330236, EDN: MXMGQP, PMID: 20459727, html, PDF
  19. V.A. Lyubetsky, O.A. Zverkov, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. Interaction between nucleome and plastome: heat shock response regulation in plastids of plants. Proceedings of the Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB'2010), Novosibirsk, Russia, June 20–27 2010, P. 161, file
  20. A.V. Seliverstov, L.I. Rubanov, V.A. Lyubetsky. Lack of conservation of bacterial type promoters in plastids of Streptophyta. Proceedings of the Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB'2010), Novosibirsk, Russia, June 20–27 2010, P. 170
  21. V.A. Lyubetsky, O.A. Zverkov, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. Modeling RNA polymerase competition: the effect of σ-subunit knockout and heat shock on gene transcription level. Biology Direct, Jan 21 2011, Vol. 6, Art. 3.
    ⓘ DOI: 10.1186/1745-6150-6-3, WOS: 000287311800001, Scopus: 2-s2.0-78651579146, eLIBRARY: 16645698, EDN: OAGSDN, PMID: 21255416, html, PDF
  22. K.Yu. Gorbunov, L.I. Rubanov, L.Yu. Rusin, V.A. Lyubetsky. An accurate algorithm of cubic complexity to build supertrees. Zitteliana. An International Journal of Palaeontology and Geobiology. Series B, Vol. 30, Abstracts of the international conference “Deep Metazoan Phylogeny 2011 – new data, new challenges", Munchen, Germany, October 11–14 2011, P. 20, i, PDF
  23. В.А. Любецкий, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов. Тканеспецифичная транскрипция в митохондриях хордовых в процессе онтогенеза. Юбилейная конференция «50лет ИППИ РАН. Нейрофизиология, биофизика и психофизика в ИППИ РАН: истоки и современность», Москва, Большой Каретный, 19, 15 сентября 2011, стр. 54–58
  24. V.A. Lyubetsky, O.A. Zverkov, S.A. Pirogov, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. Modeling RNA polymerase interaction in mitochondria of chordates. Biology Direct, Aug 9 2012, Vol. 7, Art. 26.
    ⓘ DOI: 10.1186/1745-6150-7-26, WOS: 000308796200001, Scopus: 2-s2.0-84864643052, eLIBRARY: 20492347, EDN: RGLHFX, PMID: 22873568, html, PDF
  25. V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, L.Yu. Rusin, K.Yu. Gorbunov. Cubic time algorithms of amalgamating gene trees and building evolutionary scenarios. Biology Direct, Dec 22 2012, Vol. 7, Art. 48.
    ⓘ DOI: 10.1186/1745-6150-7-48, WOS: 000315728400001, Scopus: 2-s2.0-84871384285, eLIBRARY: 20488413, EDN: RGJBAV, PMID: 23259766, html, PDF
  26. V.A. Lyubetsky, S.A. Korolev, A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov, L.I. Rubanov. Gene expression regulation of the PF00480 or PF14340 domain proteins suggests their involvement in sulfur metabolism. Computational Biology and Chemistry, Apr 2014, Vol. 49, P. 7–13.
    ⓘ DOI: 10.1016/j.compbiolchem.2014.01.001, WOS: 000335289200002, Scopus: 2-s2.0-84893856987, eLIBRARY: 21864797, EDN: SKMDTH, PMID: 24513779. 🪙 MESRF 8481 & 14.740.11.1053, RFBR 13-04-40196-Н. i, PDF
  27. Р.А. Гершгорин, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов. Легко вычислимые инварианты для распознавания гиперповерхности. Информационные процессы, 2014, том 14, № 4, стр. 365–369.
    ⓘ eLIBRARY: 22800361, EDN: TEYLLP. 🪙 РНФ 14-50-00150. i, PDF
  28. L.I. Rubanov. Parallelization of nonuniform loops in supercomputers with distributed memory. Journal of Communications Technology and Electronics, Jun 2014, Vol. 59, No. 6, P. 639–646.
    ⓘ DOI: 10.1134/S1064226914060175, WOS: 000338998100017, Scopus: 2-s2.0-84904684989, eLIBRARY: 23968706, EDN: UENERB. 🪙 MESRF 8481. PDF
  29. Л.И. Рубанов. Параллельное моделирование Монте-Карло на системах с распределённой памятью. International Journal of Open Information Technologies, 2014, том 2, № 2, стр. 12–20.
    ⓘ eLIBRARY: 21108777, EDN: RTYAAJ. 🪙 МОНРФ 8481. i, file
  30. О.А. Зверков, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов. Поиск ультраконсервативных элементов у простейших типа Apicomplexa. Современные информационные технологии и ИТ-образование, 2014, № 10, стр. 865–870.
    ⓘ eLIBRARY: 23020710, EDN: TJTVBF, PDF
  31. Л.И. Рубанов. Программа интерактивного моделирования взаимодействия и конкуренции РНК-полимераз - RIVALS. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ, 2014, № 2014615583, 29.05.2014, Язык программирования: Visual С++ для .NET 2.0, Объем: 942 Кб, Правообладатель: ИППИ РАН.
    ⓘ ФИПС: 2014615583, PDF
  32. Л.И. Рубанов. Программа моделирования классической аттенюаторной регуляции – RNAMODEL. Свидетельство о государственн