Lab.6 IITP RAS logo
13/12/18
02:18:29

Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук

« back

Публикации сотрудника Лев Израилевич Рубанов

  1. V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov. Parallel algorithm for searching regulatory signal in bacterial genome. Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002), Novosibirsk, Russia, July 14–20 2002, Vol. 1, P. 24–27, i,
  2. В.А. Любецкий, К.Ю. Горбунов, С.А. Пирогов, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов. Алгоритм и результаты счета для модели регуляции экспрессии генов у бактерий на основе формирования вторичных структур РНК. Информационные процессы, 2005, том 5, № 5, стр. 337–366, eLIBRARY9124569, i,
  3. В.А. Любецкий, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов, С.А. Пирогов. Модель регуляции экспрессии генов у бактерий на основе формирования вторичных структур РНК. Молекулярная биология, 2006, том 40, № 3, стр. 497–511, PMID16813169, eLIBRARY9210630,
    Перевод: V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov, S.A. Pirogov. Model of gene expression regulation in bacteria via formation of RNA secondary structures. Molecular Biology, May-Jun 2006, Vol. 40, No. 3, P. 440–453, DOI: 10.1134/S0026893306030113, WOS000238266900011, Scopus: 2-s2.0-33747627658, eLIBRARY: 13510198,
  4. Е.В. Любецкая, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Алгоритм поиска мощных вторичных структур в нуклеотидной последовательности и его применение для подсчета числа таких структур в разных областях геномов. Информационные процессы, 2006, том 6, № 3, стр. 258–263, eLIBRARY9170378, i,
  5. А.В. Любецкая, Л.И. Рубанов, М.С. Гельфанд. Потоковая модель метаболизма аминокислот кишечной палочки. Биохимия, 2006, том 71, № 11, стр. 1544–1549,
    Перевод: A.V. Lyubetskaya, L.I. Rubanov, M.S. Gelfand. Use of the flux model of amino acid metabolism of Escherichia coli. Biochemistry (Moscow), 2006, Vol. 71, No. 11, P. 1256–1260, DOI: 10.1134/S0006297906110113, WOS000242418300011, PMID17140387,
  6. V.A. Lyubetsky, S.A. Pirogov, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. Modeling classic attenuation regulation of gene expression in bacteria. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, Feb 2007, Vol. 5, Iss. 1, P. 155–180, DOI: 10.1142/S0219720007002576, Scopus: 2-s2.0-34248154743, PMID17477496, eLIBRARY: 13557055, i,
  7. L.I. Rubanov, V.A. Lyubetsky. RNAmodel web server: modeling classic attenuation in bacteria. In Silico Biology, 2007, Vol. 7, No. 3, P. 285–308, Scopus: 2-s2.0-38949164739, PMID18415978, eLIBRARY: 13540819, i, i,
  8. Л.Ю. Русин, Л.И. Рубанов, В.А. Любецкий. Данные для построения эволюционного дерева высших Metazoa. Информационные процессы, 2007, том 7, № 3, стр. 199–213, eLIBRARY22134008, i,
  9. И. Глотова, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Псевдоузлы и РНК-триплексы в модели классической аттенюаторной регуляции. Труды 30-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’07), Звенигород, 18–21 сентября 2007, стр. 222–227, i,
  10. В.А. Любецкий, Е.А. Жижина, Л.И. Рубанов. Гиббсовский подход в задаче эволюции регуляторного сигнала экспрессии гена. Проблемы передачи информации, 2008, том 43, вып. 4, стр. 52–71, eLIBRARY11755654, Mi: ppi1289,
    Перевод: V.A. Lyubetsky, E.A. Zhizhina, L.I. Rubanov. Gibbs field approach for evolutionary analysis of regulatory signal of gene expression. Problems of Information Transmission, Dec 2008, Vol. 44, No. 4, P. 333–351, DOI: 10.1134/S0032946008040066, WOS000262811900006, Scopus: 2-s2.0-59349118725, eLIBRARY: 13595723,
  11. V.A. Lyubetsky, E.A. Zhizhina, L.I. Rubanov. A model of regulatory signal evolution. Abstracts of The Sixth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2008), Novosibirsk, Russia, June 22–28 2008, P. 148, i,
  12. L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky. Multiple alignment based on species tree. Abstracts of The Sixth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2008), Novosibirsk, Russia, June 22–28 2008, P. 212, i,
  13. В.А. Любецкий, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов. Выравнивание последовательностей на основе дерева. Труды 9-й Международной конференции РАН «Распознавание образов и анализ изображений: новые информационные технологии», Нижний Новгород, 15–20 сентября 2008, стр. 137–140,
    Перевод: V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. A Tree-based Method of Sequence Alignment. Proceedings of the 9th International Conference of RAS «Pattern Recognition and Image Analysis: New Information Technologies», Nizhniy Novgorod, September 15–20 2008, P. 137–140,
  14. V.A. Lyubetsky, E.A. Zhizhina, L.I. Rubanov. Gibbs Field for Evolutionary Analysis of Regulatory Signal of Gene Expression under Constraints on Secondary Structure. The 18th IMACS World Congress on Computational and Applied Mathematics & Applications in Science and Engineering, August 3–5 2009, The University of Georgia, Athens, GA 30602-7404, USA, P. 54
  15. В.А. Любецкий, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов. Конкуренция РНК-полимераз, транскрибирующих локус в противоположных направлениях. Труды съезда генетиков и селекционеров и Пятый съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, Москва, 21–27 июня 2009, часть II, стр. 68
    Перевод: V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. RNA polymerase competition at complementary DNA strands. Proceedings of the Genetics and Selection Meeting and V Congress of the Vavilov Genetics and Selection Society, Moscow, Russia, June 21–27 2009, Part II, P. 68
  16. О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, Л.И. Рубанов, В.А. Любецкий. Моделирование конкуренции РНК-полимераз: влияние нокаута сигма субъединицы и температуры на экспрессию генов. Труды 32-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’09), пос. д/о Бекасово, 15–18 декабря 2009, стр. 328–331, i,
  17. V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. Lack of conservation of bacterial type promoters in plastids of Streptophyta. Biology Direct, May 2010, Vol. 5, Article 34, DOI: 10.1186/1745-6150-5-34, WOS000278359600001, Scopus: 2-s2.0-77951958863, PMID20459727, eLIBRARY: 15330236,
  18. V.A. Lyubetsky, O.A. Zverkov, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. Interaction between nucleome and plastome: heat shock response regulation in plastids of plants. Proceedings of the Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB'2010), Novosibirsk, Russia, June 20–27 2010, P. 161,
  19. A.V. Seliverstov, L.I. Rubanov, V.A. Lyubetsky. Lack of conservation of bacterial type promoters in plastids of Streptophyta. Proceedings of the Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB'2010), Novosibirsk, Russia, June 20–27 2010, P. 170
  20. V.A. Lyubetsky, O.A. Zverkov, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. Modeling RNA polymerase competition: the effect of σ-subunit knockout and heat shock on gene transcription level. Biology Direct, Jan 21 2011, Vol. 6, Article 3, DOI: 10.1186/1745-6150-6-3, WOS000287311800001, Scopus: 2-s2.0-78651579146, PMID21255416, eLIBRARY: 16645698,
  21. K.Yu. Gorbunov, L.I. Rubanov, L.Yu. Rusin, V.A. Lyubetsky. An accurate algorithm of cubic complexity to build supertrees. Zitteliana. An International Journal of Palaeontology and Geobiology. Series B, Vol. 30, Abstracts of the international conference “Deep Metazoan Phylogeny 2011 – new data, new challenges", Munchen, Germany, October 11–14 2011, P. 20, i,
  22. В.А. Любецкий, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов. Тканеспецифичная транскрипция в митохондриях хордовых в процессе онтогенеза. Юбилейная конференция «50лет ИППИ РАН. Нейрофизиология, биофизика и психофизика в ИППИ РАН: истоки и современность», Москва, Большой Каретный, 19, 15 сентября 2011, стр. 54–58
  23. V.A. Lyubetsky, O.A. Zverkov, S.A. Pirogov, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. Modeling RNA polymerase interaction in mitochondria of chordates. Biology Direct, Aug 9 2012, Vol. 7, Article 26, DOI: 10.1186/1745-6150-7-26, WOS000308796200001, Scopus: 2-s2.0-84864643052, PMID22873568, eLIBRARY: 20492347,
  24. V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, L.Yu. Rusin, K.Yu. Gorbunov. Cubic time algorithms of amalgamating gene trees and building evolutionary scenarios. Biology Direct, Dec 22 2012, Vol. 7, Article 48, DOI: 10.1186/1745-6150-7-48, WOS000315728400001, Scopus: 2-s2.0-84871384285, PMID23259766, eLIBRARY: 20488413,
  25. V.A. Lyubetsky, S.A. Korolev, A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov, L.I. Rubanov. Gene expression regulation of the PF00480 or PF14340 domain proteins suggests their involvement in sulfur metabolism. Computational Biology and Chemistry, Apr 2014, Vol. 49, P. 7–13, DOI: 10.1016/j.compbiolchem.2014.01.001, WOS000335289200002, Scopus: 2-s2.0-84893856987, PMID24513779, eLIBRARY: 21864797. $ MESRF 8481 & 14.740.11.1053, RFBR 13-04-40196-Н. i,
  26. Р.А. Гершгорин, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов. Легко вычислимые инварианты для распознавания гиперповерхности. Информационные процессы, 2014, том 14, № 4, стр. 365–369, eLIBRARY22800361. $ РНФ 14-50-00150. i,
  27. L.I. Rubanov. Parallelization of Nonuniform Loops in Supercomputers with Distributed Memory. Journal of Communications Technology and Electronics, Jun 2014, Vol. 59, No. 6, P. 639–646, DOI: 10.1134/S1064226914060175, WOS000338998100017. $ MESRF 8481.
  28. Л.И. Рубанов. Параллельное моделирование Монте-Карло на системах с распределённой памятью. International Journal of Open Information Technologies, 2014, том 2, № 2, стр. 12–20. $ МОНРФ 8481. i,
  29. О.А. Зверков, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов. Поиск ультраконсервативных элементов у простейших типа Apicomplexa. Современные информационные технологии и ИТ-образование, 2014, № 10, стр. 865–870, eLIBRARY23020710,
  30. Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Метод выделения кластеров во взвешенном графе. IX Международная научно-практическая конференция «Современные информационные технологии и ИТ-образование», Москва, МГУ им. М. В. Ломоносова, 15 ноября 2014, доклад
  31. R.A. Gershgorin, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. Easily Computable Invariants for Hypersurface Recognition. Journal of Communications Technology and Electronics, Dec 2015, Vol. 60, No. 12, P. 1429–1431.
    DOI: 10.1134/S1064226915120074, WOS000366638500018, Scopus: 2-s2.0-84950316787, eLIBRARY: 26925657. $ RSF 14-50-00150.
  32. Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов, О.А. Зверков, В.А. Любецкий. Ультраконсервативные элементы у простейших из надтипа Alveolata. Современные информационные технологии и ИТ-образование, 2015, том 2, № 11, стр. 581–585.
    eLIBRARY26167551. $ РНФ 14-50-00150.
  33. Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Широкомасштабный поиск ультраконсервативных элементов в полных геномах. Современные информационные технологии и ИТ-образование, 2015, том 2, № 11, стр. 586–593.
    eLIBRARY26167552. $ РНФ 14-50-00150.
  34. V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, O.A. Zverkov, L.Yu. Rusin, A.V. Seliverstov, A.G. Zaraisky. A method of detecting local gene synteny rearrangement. Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’15, Moscow, Russia, July 16–19 2015, Moscow, IITP RAS, 2015, P. 249–252.
    eLIBRARY: 23913986, i. $ RFBR 13-04-40196-Н.
  35. В.А. Любецкий, Л.И. Рубанов, А.В. Байрамов, И.В. Шандарин, А.С. Иванова, Л.Ю. Русин, О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, А.Г. Зарайский. Широкомасштабный поиск потерь, приобретений и нарушений синтении генов у позвоночных животных. Материалы VIII Московского Международного Конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития», Москва, 17–20 марта 2015, часть 1, стр. 259–260.
    eLIBRARY25631493. $ РФФИ 13-04-40196-Н.
    Перевод: V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, A.V. Bairamov, I.V. Shandarin, A.S. Ivanova, L.Yu. Rusin, O.A. Zverkov, A.V. Seliverstov, A.G. Zaraisky. A Large-scale Search for Gene Losses, Gains and Syntenic Rearrangements in Vertebrate Animals. Materials of the VIII Moscow International Congress “Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development”, Moscow, Russia, March 17–20 2015, Part 1, P. 260–261.
    $ RFBR 13-04-40196-Н.
  36. L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov, V.A. Lyubetsky. A method for identification of highly conserved elements and evolutionary analysis of superphylum Alveolata. BMC Bioinformatics, Sep 20 2016, Vol. 17, Article 385, 16 pp.
    DOI: 10.1186/s12859-016-1257-5, WOS000383404500001, Scopus: 2-s2.0-84988489465, PMID27645252, eLIBRARY: 27576567. $ RSF 14-50-00150. i,
  37. Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов. Проективно-инвариантное описание излучины реки. Информационные процессы, 2016, том 16, № 3, стр. 281–290.
    eLIBRARY27524319, i,
  38. Л.И. Рубанов, О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Высоко консервативные элементы в митохондриях однодольных растений. Современные информационные технологии и ИТ-образование, 2016, том 12, № 2, стр. 211–215.
    eLIBRARY28151042,
  39. R.A. Gershgorin, K.Yu. Gorbunov, O.A. Zverkov, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky. Highly conserved elements and chromosome structure evolution in mitochondrial genomes in ciliates. Life, Feb 27 2017, Vol. 7, Iss. 1, Article 9, 11 pp.
    DOI: 10.3390/life7010009, Scopus: 2-s2.0-85016311163, PMID28264444, eLIBRARY: 29483092, ISTINA: 87046898. $ RSF 14-50-00150. i,
  40. V.A. Lyubetsky, D.D. Korotkova, A.S. Ivanova, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov, A.M. Nesterenko, M.B. Tereshina, A.G. Zaraisky. Novel transmembrane protein c-Answer revealed by bioinformatic screening of genes present only in well regenerating animals. FEBS Journal, Sep 8 2017, Vol. 284, Iss. S1, P. 155.
    DOI: 10.1111/febs.14174, WOS000409918902164, ISTINA: 87047101. $ RSF 14-50-00150. i, ,
  41. L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. Projective-invariant description of a meandering river. Journal of Communications Technology and Electronics, 2017, Vol. 62, No. 6, P. 663–668.
    DOI: 10.1134/S1064226917060201, WOS000406306000019, Scopus: 2-s2.0-85024089400, eLIBRARY: 31060628,
  42. В.А. Любецкий, Л.И. Рубанов, К.Ю. Горбунов, О.А. Зверков, А.В. Селиверстов. Высококонсервативные элементы в митохондриях инфузорий и однодольных растений. Материалы IX Международного Конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития», Москва, 20–22 февраля 2017, часть 1, стр. 392.
    eLIBRARY29220438,
    Перевод: V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, K.Yu. Gorbunov, O.A. Zverkov, A.V. Seliverstov. Highly conserved elements in mitochondrial genomes of ciliates and monocots. Materials of the IX International Congress “Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development”, Moscow, Russia, February 20–22 2017, Part 1, P. 393.
    eLIBRARY: 29220438,
  43. V.A. Lyubetsky, R.A. Gershgorin, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov. Evolution and systematics of plastids of rhodophytic branch. Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’17, Moscow, Russia, July 27–30 2017, P. 48.
    eLIBRARY: 32563226. $ RSF 14-50-00150. i,
  44. A.V. Seliverstov, L.I. Rubanov, G.A. Shilovsky, O.A. Zverkov, V.A. Lyubetsky. Longevity in euarchontoglires: lost genes as a determinant. FEBS Open Bio, Jul 5 2018, Vol. 8, Suppl. 1, P. 456–457.
    DOI: 10.1002/2211-5463.12453, WOS000437674105151, ISTINA: 129706313. $ RSF 14-50-00150.
  45. O.A. Zverkov, L.I. Rubanov, L.Yu. Rusin, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky. Finding long highly conserved elements in complete animal genomes. CEUR Workshop Proceedings, Feb 23 2018, Vol. 2064, Convergent Cognitive Information Technologies 2017, P. 402–408, in Russian.
    Scopus: 2-s2.0-85044513196, ISTINA: 110759752. $ РНФ 14-50-00150. i,
  46. A.V. Seliverstov, G.A. Shilovsky, L.I. Rubanov, O.A. Zverkov, V.A. Lyubetsky. Longevity in mammals: lost genes as a determinant. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018): The Eleventh International Conference Abstracts, 20–25 August 2018, Novosibirsk, Russia, Novosibirsk: ICG SB RAS, 2018, P. 249.
    DOI: 10.18699/BGRSSB-2018-221,

Список обновлён: 09.12.2018

« back