04/04/25
02:57:08

Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук

Публикации сотрудника Лев Израилевич Рубанов

Идентификаторы автора:
ORCID: 0000-0003-3012-2589
WoS ResearcherID: F-8205-2014
Scopus Author ID: 6602537938
eLIBRARY AuthorID: 7937 (+)
  1. V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov. Parallel algorithm for searching regulatory signal in bacterial genome. Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002), Novosibirsk, Russia, July 14–20 2002, Vol. 1, P. 24–27, i, PDF
  2. В.А. Любецкий, К.Ю. Горбунов, С.А. Пирогов, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов. Алгоритм и результаты счета для модели регуляции экспрессии генов у бактерий на основе формирования вторичных структур РНК. Информационные процессы, 2005, том 5, № 5, стр. 337–366, eLIBRARY: 9124569, i, PDF
  3. В.А. Любецкий, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов, С.А. Пирогов. Модель регуляции экспрессии генов у бактерий на основе формирования вторичных структур РНК. Молекулярная биология, 2006, том 40, № 3, стр. 497–511, PMID: 16813169, eLIBRARY: 9210630, PDF
    Англоязычное издание:
    V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov, S.A. Pirogov. Model of gene expression regulation in bacteria via formation of RNA secondary structures. Molecular Biology, May–Jun 2006, Vol. 40, No. 3, P. 440–453, DOI: 10.1134/S0026893306030113, WOS: 000238266900011, Scopus: 2-s2.0-33747627658, eLIBRARY: 13510198, PDF
  4. Е.В. Любецкая, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Алгоритм поиска мощных вторичных структур в нуклеотидной последовательности и его применение для подсчета числа таких структур в разных областях геномов. Информационные процессы, 2006, том 6, № 3, стр. 258–263, eLIBRARY: 9170378, i, PDF
  5. А.В. Любецкая, Л.И. Рубанов, М.С. Гельфанд. Потоковая модель метаболизма аминокислот кишечной палочки. Биохимия, 2006, том 71, вып. 11, стр. 1544–1549, PDF
    Англоязычное издание:
    A.V. Lyubetskaya, L.I. Rubanov, M.S. Gelfand. Use of the flux model of amino acid metabolism of Escherichia coli. Biochemistry (Moscow), 2006, Vol. 71, Iss. 11, P. 1256–1260, DOI: 10.1134/S0006297906110113, WOS: 000242418300011, Scopus: 2-s2.0-33751507073, PMID: 17140387, eLIBRARY: 13512513, PDF
  6. V.A. Lyubetsky, S.A. Pirogov, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. Modeling classic attenuation regulation of gene expression in bacteria. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, Feb 2007, Vol. 5, Iss. 1, P. 155–180, DOI: 10.1142/S0219720007002576, Scopus: 2-s2.0-34248154743, PMID: 17477496, eLIBRARY: 13557055, i, PDF
  7. L.I. Rubanov, V.A. Lyubetsky. RNAmodel web server: modeling classic attenuation in bacteria. In Silico Biology, 2007, Vol. 7, No. 3, P. 285–308, Scopus: 2-s2.0-38949164739, PMID: 18415978, eLIBRARY: 13540819, i, i, html
  8. Л.Ю. Русин, Л.И. Рубанов, В.А. Любецкий. Данные для построения эволюционного дерева высших Metazoa. Информационные процессы, 2007, том 7, № 3, стр. 199–213, eLIBRARY: 22134008, i, PDF
  9. И. Глотова, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Псевдоузлы и РНК-триплексы в модели классической аттенюаторной регуляции. Труды 30-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’07), Звенигород, 18–21 сентября 2007, стр. 222–227, i, PDF
  10. В.А. Любецкий, Е.А. Жижина, Л.И. Рубанов. Гиббсовский подход в задаче эволюции регуляторного сигнала экспрессии гена. Проблемы передачи информации, 2008, том 43, вып. 4, стр. 52–71.
    ⓘ eLIBRARY: 11755654, EDN: JXGMFJ, Mi: ppi1289, PDF
    Англоязычное издание:
    V.A. Lyubetsky, E.A. Zhizhina, L.I. Rubanov. Gibbs field approach for evolutionary analysis of regulatory signal of gene expression. Problems of Information Transmission, Dec 2008, Vol. 44, No. 4, P. 333–351.
    ⓘ DOI: 10.1134/S0032946008040066, WOS: 000262811900006, Scopus: 2-s2.0-59349118725, eLIBRARY: 13595723, EDN: LLNKEF, PDF
  11. V.A. Lyubetsky, E.A. Zhizhina, L.I. Rubanov. A model of regulatory signal evolution. Abstracts of The Sixth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2008), Novosibirsk, Russia, June 22–28 2008, P. 148, i, PDF
  12. L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky. Multiple alignment based on species tree. Abstracts of The Sixth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2008), Novosibirsk, Russia, June 22–28 2008, P. 212, i, PDF
  13. В.А. Любецкий, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов. Выравнивание последовательностей на основе дерева. Труды 9-й Международной конференции РАН «Распознавание образов и анализ изображений: новые информационные технологии», Нижний Новгород, 15–20 сентября 2008, стр. 137–140, file
    Англоязычное издание:
    V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. A tree-based method of sequence alignment. Proceedings of the 9th International Conference of RAS «Pattern Recognition and Image Analysis: New Information Technologies», Nizhniy Novgorod, September 15–20 2008, P. 137–140, file
  14. V.A. Lyubetsky, E.A. Zhizhina, L.I. Rubanov. Gibbs field for evolutionary analysis of regulatory signal of gene expression under constraints on secondary structure. The 18th IMACS World Congress on Computational and Applied Mathematics & Applications in Science and Engineering, August 3–5 2009, The University of Georgia, Athens, GA 30602-7404, USA, P. 54
  15. В.А. Любецкий, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов. Конкуренция РНК-полимераз, транскрибирующих локус в противоположных направлениях. Труды съезда генетиков и селекционеров и Пятый съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, Москва, 21–27 июня 2009, часть II, стр. 68
    Англоязычное издание:
    V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. RNA polymerase competition at complementary DNA strands. Proceedings of the Genetics and Selection Meeting and V Congress of the Vavilov Genetics and Selection Society, Moscow, Russia, June 21–27 2009, Part II, P. 68
  16. О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, Л.И. Рубанов, В.А. Любецкий. Моделирование конкуренции РНК-полимераз: влияние нокаута сигма субъединицы и температуры на экспрессию генов. Труды 32-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’09), пос. д/о Бекасово, 15–18 декабря 2009, стр. 328–331, i, PDF
  17. V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. Lack of conservation of bacterial type promoters in plastids of Streptophyta. Biology Direct, May 2010, Vol. 5, Art. 34.
    ⓘ DOI: 10.1186/1745-6150-5-34, WOS: 000278359600001, Scopus: 2-s2.0-77951958863, PMID: 20459727, eLIBRARY: 15330236, EDN: MXMGQP, html, PDF
  18. V.A. Lyubetsky, O.A. Zverkov, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. Interaction between nucleome and plastome: heat shock response regulation in plastids of plants. Proceedings of the Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB'2010), Novosibirsk, Russia, June 20–27 2010, P. 161, file
  19. A.V. Seliverstov, L.I. Rubanov, V.A. Lyubetsky. Lack of conservation of bacterial type promoters in plastids of Streptophyta. Proceedings of the Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB'2010), Novosibirsk, Russia, June 20–27 2010, P. 170
  20. V.A. Lyubetsky, O.A. Zverkov, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. Modeling RNA polymerase competition: the effect of σ-subunit knockout and heat shock on gene transcription level. Biology Direct, Jan 21 2011, Vol. 6, Art. 3.
    ⓘ DOI: 10.1186/1745-6150-6-3, WOS: 000287311800001, Scopus: 2-s2.0-78651579146, PMID: 21255416, eLIBRARY: 16645698, EDN: OAGSDN, html, PDF
  21. K.Yu. Gorbunov, L.I. Rubanov, L.Yu. Rusin, V.A. Lyubetsky. An accurate algorithm of cubic complexity to build supertrees. Zitteliana. An International Journal of Palaeontology and Geobiology. Series B, Vol. 30, Abstracts of the international conference “Deep Metazoan Phylogeny 2011 – new data, new challenges", Munchen, Germany, October 11–14 2011, P. 20, i, PDF
  22. В.А. Любецкий, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов. Тканеспецифичная транскрипция в митохондриях хордовых в процессе онтогенеза. Юбилейная конференция «50лет ИППИ РАН. Нейрофизиология, биофизика и психофизика в ИППИ РАН: истоки и современность», Москва, Большой Каретный, 19, 15 сентября 2011, стр. 54–58
  23. V.A. Lyubetsky, O.A. Zverkov, S.A. Pirogov, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. Modeling RNA polymerase interaction in mitochondria of chordates. Biology Direct, Aug 9 2012, Vol. 7, Art. 26.
    ⓘ DOI: 10.1186/1745-6150-7-26, WOS: 000308796200001, Scopus: 2-s2.0-84864643052, PMID: 22873568, eLIBRARY: 20492347, EDN: RGLHFX, html, PDF
  24. V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, L.Yu. Rusin, K.Yu. Gorbunov. Cubic time algorithms of amalgamating gene trees and building evolutionary scenarios. Biology Direct, Dec 22 2012, Vol. 7, Art. 48.
    ⓘ DOI: 10.1186/1745-6150-7-48, WOS: 000315728400001, Scopus: 2-s2.0-84871384285, PMID: 23259766, eLIBRARY: 20488413, EDN: RGJBAV, html, PDF
  25. V.A. Lyubetsky, S.A. Korolev, A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov, L.I. Rubanov. Gene expression regulation of the PF00480 or PF14340 domain proteins suggests their involvement in sulfur metabolism. Computational Biology and Chemistry, Apr 2014, Vol. 49, P. 7–13.
    ⓘ DOI: 10.1016/j.compbiolchem.2014.01.001, WOS: 000335289200002, Scopus: 2-s2.0-84893856987, PMID: 24513779, eLIBRARY: 21864797, EDN: SKMDTH. 🪙MESRF 8481 & 14.740.11.1053, RFBR 13-04-40196-Н. i, PDF
  26. Р.А. Гершгорин, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов. Легко вычислимые инварианты для распознавания гиперповерхности. Информационные процессы, 2014, том 14, № 4, стр. 365–369.
    ⓘ eLIBRARY: 22800361, EDN: TEYLLP. 🪙РНФ 14-50-00150. i, PDF
  27. L.I. Rubanov. Parallelization of nonuniform loops in supercomputers with distributed memory. Journal of Communications Technology and Electronics, Jun 2014, Vol. 59, No. 6, P. 639–646.
    ⓘ DOI: 10.1134/S1064226914060175, WOS: 000338998100017, Scopus: 2-s2.0-84904684989, eLIBRARY: 23968706, EDN: UENERB. 🪙MESRF 8481. PDF
  28. Л.И. Рубанов. Параллельное моделирование Монте-Карло на системах с распределённой памятью. International Journal of Open Information Technologies, 2014, том 2, № 2, стр. 12–20.
    ⓘ eLIBRARY: 21108777, EDN: RTYAAJ. 🪙МОНРФ 8481. i, file
  29. О.А. Зверков, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов. Поиск ультраконсервативных элементов у простейших типа Apicomplexa. Современные информационные технологии и ИТ-образование, 2014, № 10, стр. 865–870.
    ⓘ eLIBRARY: 23020710, EDN: TJTVBF, PDF
  30. Л.И. Рубанов. Программа интерактивного моделирования взаимодействия и конкуренции РНК-полимераз - RIVALS. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ, 2014, № 2014615583, 29.05.2014, Язык программирования: Visual С++ для .NET 2.0, Объем: 942 Кб, Правообладатель: ИППИ РАН.
    ⓘ ФИПС: 2014615583, PDF
  31. Л.И. Рубанов. Программа моделирования классической аттенюаторной регуляции – RNAMODEL. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ, 2014, № 2014615584, 29.05.2014, Язык программирования: С, Объем: 205 Кб, Правообладатель: ИППИ РАН.
    ⓘ ФИПС: 2014615584, PDF
  32. Л.И. Рубанов. Программа параллельного моделирования взаимодействия и конкуренции РНК-полимераз - CPRIVALS. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ, 2014, № 2014615585, 29.05.2014, Язык программирования: С++, интерфейс MPI, Объем: 276 Кб, Правообладатель: ИППИ РАН.
    ⓘ ФИПС: 2014615585, PDF
  33. Л.И. Рубанов. Программа моделирования эволюции регуляторного сигнала с вторичной структурой – RSEVOL2STR. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ, 2014, № 2014615603, 29.05.2014, Язык программирования: С, Объем: 144 Кб, Правообладатель: ИППИ РАН.
    ⓘ ФИПС: 2014615603, PDF
  34. Л.И. Рубанов, К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Программа для филогенетического исследования совместной эволюции генов и видов – EMBED3GL. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ, 2014, № 2014615607, 29.05.2014, Язык программирования: C/C++, интерфейс MPI, Объем: 329 Кб, Правообладатель: ИППИ РАН.
    ⓘ ФИПС: 2014615607, PDF
  35. Л.И. Рубанов, К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Программа построения филогенетического супердерева - SUPER3GL. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ, 2014, № 2014615610, 29.05.2014, Язык программирования: С++, интерфейс MPI, Объем: 296 Кб, Правообладатель: ИППИ РАН.
    ⓘ ФИПС: 2014615610, PDF
  36. Л.И. Рубанов, К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Программа построения базисных деревьев для плохо обусловленного набора исходных деревьев генов – BASIS3GL. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ, 2014, № 2014662596, 03.12.2014, Язык программирования: С++, Объем: 248 Кб, Правообладатель: ИППИ РАН.
    ⓘ ФИПС: 2014662596, PDF
  37. Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Метод выделения кластеров во взвешенном графе. IX Международная научно-практическая конференция «Современные информационные технологии и ИТ-образование», Москва, МГУ им. М. В. Ломоносова, 15 ноября 2014, доклад
  38. R.A. Gershgorin, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. Easily computable invariants for hypersurface recognition. Journal of Communications Technology and Electronics, Dec 2015, Vol. 60, No. 12, P. 1429–1431.
    ⓘ DOI: 10.1134/S1064226915120074, WOS: 000366638500018, Scopus: 2-s2.0-84950316787, eLIBRARY: 26925657, EDN: WRFONX. 🪙RSF 14-50-00150. PDF
  39. Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов, О.А. Зверков, В.А. Любецкий. Ультраконсервативные элементы у простейших из надтипа Alveolata. Современные информационные технологии и ИТ-образование, 2015, том 2, № 11, стр. 581–585.
    ⓘ eLIBRARY: 26167551, EDN: WAQFYR, ИСТИНА: 87049154, ИППИ: 7163. 🪙РНФ 14-50-00150. PDF
  40. Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Широкомасштабный поиск ультраконсервативных элементов в полных геномах. Современные информационные технологии и ИТ-образование, 2015, том 2, № 11, стр. 586–593.
    ⓘ eLIBRARY: 26167552, EDN: WAQFZB, ИСТИНА: 87049111, ИППИ: 7164. 🪙РНФ 14-50-00150. PDF
  41. V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, O.A. Zverkov, L.Yu. Rusin, A.V. Seliverstov, A.G. Zaraisky. A method of detecting local gene synteny rearrangement. Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’15, Moscow, Russia, July 16–19 2015, Moscow, IITP RAS, 2015, P. 249–252.
    ⓘ eLIBRARY: 23913986, EDN: UDIBEX, IITP: 8179. 🪙RFBR 13-04-40196-Н. i, PDF
  42. В.А. Любецкий, Л.И. Рубанов, А.В. Байрамов, И.В. Шандарин, А.С. Иванова, Л.Ю. Русин, О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, А.Г. Зарайский. Широкомасштабный поиск потерь, приобретений и нарушений синтении генов у позвоночных животных. Материалы VIII Московского Международного Конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития», Москва, 17–20 марта 2015, часть 1, стр. 259–260.
    ⓘ eLIBRARY: 25631493, EDN: VOXGCN, ИППИ: 8182. 🪙РФФИ 13-04-40196-Н. PDF
    Англоязычное издание:
    V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, A.V. Bairamov, I.V. Shandarin, A.S. Ivanova, L.Yu. Rusin, O.A. Zverkov, A.V. Seliverstov, A.G. Zaraisky. A large-scale search for gene losses, gains and syntenic rearrangements in vertebrate animals. Materials of the VIII Moscow International Congress “Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development”, Moscow, Russia, March 17–20 2015, Part 1, P. 260–261.
    ⓘ eLIBRARY: 25631493, EDN: VOXGCN, IITP: 8182. 🪙RFBR 13-04-40196-Н. PDF
  43. L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov, V.A. Lyubetsky. A method for identification of highly conserved elements and evolutionary analysis of superphylum Alveolata. BMC Bioinformatics, Sep 20 2016, Vol. 17, Art. 385, 16 pp.
    ⓘ DOI: 10.1186/s12859-016-1257-5, WOS: 000383404500001, Scopus: 2-s2.0-84988489465, PMID: 27645252, PMC5028923, eLIBRARY: 27576567, EDN: XFLXJX, ISTINA: 39309733, IITP: 7416. 🪙RSF 14-50-00150. i, html, PDF
  44. Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов. Проективно-инвариантное описание излучины реки. Информационные процессы, 2016, том 16, № 3, стр. 281–290.
    ⓘ eLIBRARY: 27524319, EDN: XEIEMN, ИППИ: 7339, i, PDF
  45. Л.И. Рубанов, О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Высоко консервативные элементы в митохондриях однодольных растений. Современные информационные технологии и ИТ-образование, 2016, том 12, № 2, стр. 211–215.
    ⓘ eLIBRARY: 28151042, EDN: XSATNV, ИСТИНА: 39325476, ИППИ: 7370, PDF
  46. R.A. Gershgorin, K.Yu. Gorbunov, O.A. Zverkov, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky. Highly conserved elements and chromosome structure evolution in mitochondrial genomes in ciliates. Life, Feb 27 2017, Vol. 7, Iss. 1, Art. 9, 11 pp.
    ⓘ DOI: 10.3390/life7010009, WOS: 000398680000008, Scopus: 2-s2.0-85016311163, PMID: 28264444, PMC5370409, eLIBRARY: 29483092, EDN: YVEQKT, ISTINA: 87046898, IITP: 7454. 🪙RSF 14-50-00150. i, html, PDF
  47. V.A. Lyubetsky, D.D. Korotkova, A.S. Ivanova, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov, A.M. Nesterenko, M.B. Tereshina, A.G. Zaraisky. Novel transmembrane protein c-Answer revealed by bioinformatic screening of genes present only in well regenerating animals. FEBS Journal, Sep 8 2017, Vol. 284, Iss. S1, P. 155.
    ⓘ DOI: 10.1111/febs.14174, WOS: 000409918902164, ISTINA: 87047101, IITP: 7560. 🪙RSF 14-50-00150. i, PDF, file
  48. L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. Projective-invariant description of a meandering river. Journal of Communications Technology and Electronics, 2017, Vol. 62, No. 6, P. 663–668.
    ⓘ DOI: 10.1134/S1064226917060201, WOS: 000406306000019, Scopus: 2-s2.0-85024089400, eLIBRARY: 31060628, EDN: XNSZBV, IITP: 7529, PDF
  49. O.A. Zverkov, L.I. Rubanov, L.Yu. Rusin, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky. Finding long highly conserved elements in complete animal genomes. CEUR Workshop Proceedings, 2017, Vol. 2064, Convergent Cognitive Information Technologies 2017, P. 402–408, in Russian, Selected Papers of the II International Scientific Conference Convergent Cognitive Information Technologies (Convergent 2017), Moscow, Russia, November 24–26.
    ⓘ Scopus: 2-s2.0-85044513196, eLIBRARY: 35530722, EDN: UYGVRP, ISTINA: 110759752, IITP: 7670. 🪙РНФ 14-50-00150. i, PDF
  50. В.А. Любецкий, Л.И. Рубанов, К.Ю. Горбунов, О.А. Зверков, А.В. Селиверстов. Высококонсервативные элементы в митохондриях инфузорий и однодольных растений. Материалы IX Международного Конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития», Москва, 20–22 февраля 2017, часть 1, стр. 392.
    ⓘ eLIBRARY: 29220438, EDN: YPLEZZ, ИППИ: 8163, PDF
    Англоязычное издание:
    V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, K.Yu. Gorbunov, O.A. Zverkov, A.V. Seliverstov. Highly conserved elements in mitochondrial genomes of ciliates and monocots. Materials of the IX International Congress “Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development”, Moscow, Russia, February 20–22 2017, Part 1, P. 393.
    ⓘ eLIBRARY: 29220438, EDN: YPLEZZ, IITP: 8163, PDF
  51. V.A. Lyubetsky, R.A. Gershgorin, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov. Evolution and systematics of plastids of rhodophytic branch. Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’17, Moscow, Russia, July 27–30 2017, P. 48.
    ⓘ eLIBRARY: 32563226, EDN: YRIKBX, IITP: 8164. 🪙RSF 14-50-00150. i, PDF
  52. A.V. Seliverstov, L.I. Rubanov, G.A. Shilovsky, O.A. Zverkov, V.A. Lyubetsky. Longevity in euarchontoglires: lost genes as a determinant. FEBS Open Bio, Jul 5 2018, Vol. 8, Suppl. 1, P. 456–457.
    ⓘ DOI: 10.1002/2211-5463.12453, WOS: 000437674105151, ISTINA: 129706313, IITP: 7709. 🪙RSF 14-50-00150. PDF
  53. A.V. Seliverstov, G.A. Shilovsky, L.I. Rubanov, O.A. Zverkov, V.A. Lyubetsky. Longevity in mammals: lost genes as a determinant. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018), The Eleventh International Conference Abstracts, Novosibirsk, Russia, 20–25 August 2018, Novosibirsk: ICG SB RAS, 2018, P. 249.
    ⓘ DOI: 10.18699/BGRSSB-2018-221, eLIBRARY: 38017206, EDN: KAXHPN, IITP: 7712, PDF
  54. D.D. Korotkova, V.A. Lyubetsky, A.S. Ivanova, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov, N.Yu. Martynova, A.M. Nesterenko, M.B. Tereshina, L. Peshkin, A.G. Zaraisky. Bioinformatic screening of genes present only in well regenerating vertebrates reveals novel FGF and purinergic signaling modulator - c-Answer. bioRxiv, Dec 13 2018.
    ⓘ DOI: 10.1101/494609, Scopus: 2-s2.0-85095629894, IITP: 8136, PDF
  55. D.D. Korotkova, V.A. Lyubetsky, A.S. Ivanova, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov, N.Yu. Martynova, A.M. Nesterenko, M.B. Tereshina, L. Peshkin, A.G. Zaraisky. Bioinformatic screening of genes present only in well regenerating vertebrates reveals novel FGF and purinergic signaling modulator - c-Answer. SSRN, Aug 17 2018.
    ⓘ DOI: 10.2139/ssrn.3232160, Scopus: 2-s2.0-85115411110, i
  56. D.D. Korotkova, V.A. Lyubetsky, A.S. Ivanova, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov, N.Yu. Martynova, A.M. Nesterenko, M.B. Tereshina, L. Peshkin, A.G. Zaraisky. Bioinformatics screening of genes specific for well-regenerating vertebrates reveals c-answer, a regulator of brain development and regeneration. Cell Reports, Oct 22 2019, Vol. 29, Iss. 4, P. 1027–1040.e6.
    ⓘ DOI: 10.1016/j.celrep.2019.09.038, WOS: 000491881400019, Scopus: 2-s2.0-85073541839, PMID: 31644900, PMC6871517, eLIBRARY: 41683557, EDN: AYVACB, ISTINA: 245358868, IITP: 8007. 🪙RFBR 18-29-13037. html, PDF
  57. L.I. Rubanov, A.G. Zaraisky, G.A. Shilovsky, A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov, V.A. Lyubetsky. Screening for mouse genes lost in mammals with long lifespans. BioData Mining, Nov 9 2019, Vol. 12, Art. 20.
    ⓘ DOI: 10.1186/s13040-019-0208-x, WOS: 000495611800001, Scopus: 2-s2.0-85074905309, PMID: 31728160, PMC6842137, eLIBRARY: 41702928, EDN: DGPULN, ISTINA: 250298357, IITP: 8012. 🪙RFBR 18-29-13037. html, html, PDF
  58. G.A. Shilovsky, O.A. Zverkov, A.V. Seliverstov, V.V. Ashapkin, T.S. Putyatina, L.I. Rubanov, V.A. Lyubetsky. New C-terminal conserved regions of tafazzin, a catalyst of cardiolipin remodeling. Oxidative Medicine and Cellular Longevity, Oct 24 2019, Vol. 2019, Art. 2901057, 13 pp.
    ⓘ DOI: 10.1155/2019/2901057, WOS: 000501281500001, Scopus: 2-s2.0-85074777423, PMID: 31781330, PMC6855050, eLIBRARY: 41699870, EDN: MOFLMU, ISTINA: 233651864, IITP: 8008. 🪙RFBR 18-29-13037. html, PDF
  59. Л.И. Рубанов, Г.А. Шиловский, А.В. Селиверстов, О.А. Зверков, В.А. Любецкий. Гены мыши, потерянные у грызунов и приматов с высокой продолжительностью жизни. Материалы международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития», Москва, 25–27 февраля 2019, вып. 17, стр. 341.
    ⓘ eLIBRARY: 37590373, EDN: WULUVO, ИППИ: 8153. 🪙РФФИ 18-29-13037. PDF
    Англоязычное издание:
    L.I. Rubanov, G.A. Shilovsky, A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov, V.A. Lyubetsky. Mouse genes lost in rodent and primate species with long lifespan. The proceedings of International congress «Biotechnology: state of the art and perspectives», Moscow, Russia, February 25–27 2019, Iss. 17, P. 342.
    ⓘ eLIBRARY: 37590373, EDN: WULUVO, IITP: 8153. 🪙RFBR 18-29-13037. PDF
  60. A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov, L.I. Rubanov, V.A. Lyubetsky. Protein clustering and gene loss prediction. Computer Assisted Mathematics Conference (CAM-2019), Electrotechnical University "LETI" Saint-Petersburg, Russia, July 22–24 2019, P. 7.
    ⓘ IITP: 7934, PDF
  61. Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Программа LOSSGAINRSL для предсказания потерь и приобретений генов между несколькими наборами видов. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ, 2019, № 2019615070, 18.04.2019, Язык программирования: С++, Объем: 233 Кб, Правообладатель: ИППИ РАН.
    ⓘ ФИПС: 2019615070, eLIBRARY: 39313987, EDN: NRSEAR, PDF
  62. L.I. Rubanov, O.A. Zverkov, G.A. Shilovsky, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky. Protein-coding genes in Euarchontoglires with pseudogene homologs in humans. Life, Sep 1 2020, Vol. 10, No. 9, Art. 192.
    ⓘ DOI: 10.3390/life10090192, WOS: 000580342600001, Scopus: 2-s2.0-85090691850, PMID: 32927891, PMC7555810, eLIBRARY: 45339570, EDN: LUYXYL, ISTINA: 321982169, IITP: 8128. 🪙RFBR 18-29-13037. html, PDF
  63. V.A. Lyubetsky, O.A. Zverkov, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. Optimal growth temperature and intergenic distances in bacteria, archaea, and plastids of rhodophytic branch. BioMed Research International, Jan 18 2020, Vol. 2020, Art. 3465380.
    ⓘ DOI: 10.1155/2020/3465380, WOS: 000509880900003, Scopus: 2-s2.0-85078659114, PMID: 32025518, PMC6991167, eLIBRARY: 43254561, EDN: WUIDMR, ISTINA: 264030057, IITP: 8094. 🪙RFBR 18-29-13037. html, PDF
  64. V.A. Lyubetsky, G.A. Shilovsky, O.A. Zverkov, A.V. Seliverstov, L.I. Rubanov. New bioinformatics methods for identification of lost genes and protein isoforms. Homo sapiens liberatus, Proceedings of the 3rd International Conference in celebration of the 85th birthday of professor V.P. Skulachev, Moscow, Russia, February 20–21 2020, Abstract Book, Moscow: Torus Press, 2020, P. 41–42.
    ⓘ DOI: 10.30826/HomoSapiens-2020-30, eLIBRARY: 42660982, EDN: LTRLAG, IITP: 8140. 🪙RFBR 18-29-13037. i, PDF
  65. V.A. Lyubetsky, G.A. Shilovsky, A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov, L.I. Rubanov. Evolution of proteins involved in response to ROS. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2020), The Twelfth International Multiconference Abstracts, Novosibirsk, Russia, 6–10 July 2020, Novosibirsk: ICG SB RAS, 2020, P. 652–653.
    ⓘ DOI: 10.18699/BGRS/SB-2020-398, eLIBRARY: 44042513, EDN: KXGPZJ, IITP: 8139, i. 🪙RFBR 18-29-13037. PDF
  66. Л.И. Рубанов, Г.А. Шиловский, А.В. Селиверстов, О.А. Зверков, В.А. Любецкий. Предсказание потерь генов на основе геномных структур. Материалы международного форума «Биотехнология: состояние и перспективы развития», Москва, 28–30 октября 2020, вып. 18, стр. 258–259.
    ⓘ DOI: 10.37747/2312-640X-2020-18-258-260, eLIBRARY: 44374969, EDN: ZKTWOD, ИППИ: 8177. 🪙РФФИ 18-29-13037. PDF
    Англоязычное издание:
    L.I. Rubanov, G.A. Shilovsky, A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov, V.A. Lyubetsky. Gene loss prediction based on genomic structure. The proceedings of International forum «Biotechnology: state of the art and perspectives», Moscow, Russia, October 28–30 2020, Iss. 18, P. 259–260.
    ⓘ DOI: 10.37747/2312-640X-2020-18-258-260, eLIBRARY: 44374969, EDN: ZKTWOD, IITP: 8177. 🪙RFBR 18-29-13037. PDF
  67. Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Программа BLDGRAPH для уплотнения исходного множества рёбер и построения начального многодольного графа. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ, 2020, № 2020661964, 05.10.2020, Язык программирования: С++, Объем: 138 Кб, Правообладатель: ИППИ РАН.
    ⓘ ФИПС: 2020661964, PDF
  68. Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Программа PAIRHITS для нахождения пар приближённо совпадающих слов в двух последовательностях ДНК из разных геномов. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ, 2020, № 2020661965, 05.10.2020, Язык программирования: С++, Объем: 113 Кб, Правообладатель: ИППИ РАН.
    ⓘ ФИПС: 2020661965, PDF
  69. Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Программа FINDENSE для построения финального графа и нахождения в нём m-плотных подграфов с наибольшим суммарным весом рёбер. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ, 2020, № 2020662428, 13.10.2020, Язык программирования: С++, Объем: 173 Кб, Правообладатель: ИППИ РАН.
    ⓘ ФИПС: 2020662428, PDF
  70. G.A. Shilovsky, O.A. Zverkov, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky. Complex evolution of Fbxl21 gene in mammals. Proceedings of 10th Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB'21, Moscow, Russia, July 30 — August 2 2021.
    ⓘ IITP: 8318. 🪙RFBR 18-29-13037. i, PDF
  71. G.A. Shilovsky, O.A. Zverkov, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky. Evolution of protein regulators of circadian rhythm in mammals. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology (BGRS/SB-2022), The Thirteenth International Multiconference Abstracts, Novosibirsk, Russia, 4–8 July 2022, Novosibirsk: ICG SB RAS, 2022, P. 173.
    ⓘ DOI: 10.18699/SBB-2022-093, eLIBRARY: 49238208, EDN: VWUIDL, IITP: 8485, i, PDF
  72. V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, M.B. Tereshina, A.S. Ivanova, K.R. Araslanova, L.A. Uroshlev, G.I. Goremykina, J. Yang, V.G. Kanovei, O.A. Zverkov, A.D. Shitikov, D.D. Korotkova, A.G. Zaraisky. Wide-scale identification of novel/eliminated genes responsible for evolutionary transformations. Biology Direct, Aug 11 2023, Vol. 18, No. 1, Art. 45.
    ⓘ DOI: 10.1186/s13062-023-00405-6, WOS: 001048615900001, Scopus: 2-s2.0-85167749322, PMID: 37568147, PMC10416458, eLIBRARY: 62620845, EDN: WROZRY, ISTINA: 585804231, IITP: 8507. 🪙RSF 20-01-00670. html, PDF
  73. В.А. Любецкий, Л.И. Рубанов. Программа поиска предковых синтений по современным синтениям в листьях дерева (SyntenyOverTree). Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ, 2023, № 2023613729, 20.02.2023, Язык программирования: С++, Объем: 47 Кб, Правообладатель: ООО «ЭВОГЕНОМАНАЛИТИКА».
    ⓘ ФИПС: 2023613729, eLIBRARY: 50277148, EDN: LQHVKE, PDF

Список обновлён: 02.04.2025