Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук
Лаборатория 6 ИППИ РАН

Публикации сотрудника • Владимир Вениаминович Алешин

Идентификаторы автора:
ORCID: 0000-0002-3299-9950
WoS ResearcherID: AFE-8409-2022
Scopus Author ID: 56251684700
eLIBRARY AuthorID: 81721 (+)
IstinaResearcherID: 2208480
OpenAlex ID: A5071724911
  1. V.V. Aleshin, O.S. Kedrova, I.A. Milyutina, N.S. Vladychenskaya, N.B. Petrov. Secondary structure of some elements of 18S rRNA suggests that strongylid and a part of rhabditid nematodes are monophyletic. FEBS Letters, Jun 5 1998, Vol. 429, Iss. 1, P. 4–8, DOI: 10.1016/S0014-5793(98)00550-X, WOS: 000074253400002, eLIBRARY: 13299093, html, PDF
  2. V.V. Aleshin, I.A. Milyutina, O.S. Kedrova, N.S. Vladychenskaya, N.B. Petrov. Phylogeny of Nematoda and Cephalorhyncha derived from 18S rDNA. Journal of Molecular Evolution, Nov 1998, Vol. 47, Iss. 5, P. 597–605, DOI: 10.1007/PL00006416, WOS: 000076739900011, eLIBRARY: 13296658, PDF
  3. V.V. Aleshin, B.V. Tarakanov, V.G. Doroshenko. Loss of a stop codon is the cause of repB gene extension in Lactobacillus plasmid pLF1311. Molecular Biology, 1998, Vol. 32, No. 3, P. 338–340, eLIBRARY: 13292854
  4. V.V. Aleshin, O.S. Kedrova, I.A. Milyutina, N.S. Vladychenskaya, N.B. Petrov. Relationships among nematodes based on the analysis of 18S rRNA gene sequences: molecular evidence for monophyly of chromadorian and secernentian nematodes. Russian Journal of Nematology, 1998, Vol. 6, No. 2, P. 175–184, eLIBRARY: 13276389, PDF
  5. N.P. Zakataeva, V.V. Aleshin, I.L. Tokmakova, P.V. Troshin, V.A. Livshits. The novel transmembrane Escherichia coli proteins involved in the amino acid efflux. FEBS Letters, Jun 11 1999, Vol. 452, Iss. 3, P. 228–232, DOI: 10.1016/S0014-5793(99)00625-0, WOS: 000080954000023, eLIBRARY: 13330883, html, PDF
  6. V.V. Aleshin, E.V. Semenova, V.G. Doroshenko, Yu.V. Jomantas, B.V. Tarakanov, V.A. Livshits. The broad host range plasmid pLF1311 from Lactobacillus fermentum VKM1311. FEMS Microbiology Letters, Sep 1 1999, Vol. 178, Iss. 1, P. 47–53, DOI: 10.1016/S0378-1097(99)00343-2, WOS: 000082299800008, eLIBRARY: 13325766, html, PDF
  7. V.V. Aleshin, N.P. Zakataeva, V.A. Livshits. A new family of amino-acid-efflux proteins. Trends in Biochemical Sciences, Apr 1 1999, Vol. 24, Iss. 4, P. 133–135, DOI: 10.1016/S0968-0004(99)01367-5, WOS: 000080514400006, eLIBRARY: 27562128, PDF
  8. В.В. Алёшин, Н.С. Владыченская, О.С. Кедрова, И.А. Милютина, Н.Б. Петров. Вторичная структура шпильки 17 низшего многоклеточного животного Rhopalura ophiocomae (Mesozoa: Orthonectida) как пример «прерываемого равновесия» в эволюции 18S рибосомной РНК. Молекулярная биология, 1999, том 33, № 2, стр. 319–329
    Англоязычное издание:
    N.S. Vladychenskaya, O.S. Kedrova, I.A. Milyutina, N.B. Petrov, V.V. Aleshin. Molecular punctuated equilibrium in the evolution of Rhopalura ophiocomae (Mesozoa: Orthonectida) 18S rRNA, hairpin 17. Molecular Biology, 1999, Vol. 33, No. 2, P. 278–287, eLIBRARY: 13322553, PDF
  9. L.Yu. Rusin, V.V. Aleshin, O.S. Kedrova, I.A. Milyutina, N.S. Vladychenskaya, N.B. Petrov. Molecular evidence for phylogenetic reliability of Araeolaimida sensu stricto. Proceedings of the Zoological Institute of the RAS, 1999, P. 280, Proceedings of the international conference “III International Nematology Symposium”, St.Petersburg, Russia, August 21–27 1999
  10. A.B. Shevelev, V.V. Aleoshin, L.A. Trachuk, A.E. Granovsky, Y.N. Kogan, L.M. Rumer, A.V. Serkina, E.V. Semenova, A.M. Bushueva, V.A. Livshits, S.V. Kostrov, A.S. Shcheglov, S.I. Novikova, G.G. Chestukhina. Expression of bacillar glutamyl endopeptidase genes in Bacillus subtilis by a new mobilizable single-replicon vector pLF. Plasmid, May 2000, Vol. 43, No. 3, P. 190–199, DOI: 10.1006/plas.1999.1455, WOS: 000087120800002, eLIBRARY: 13335891, PMID: 10783297, PDF
  11. В.В. Алёшин, Е.В. Семенова, Б.В. Тараканов, В.А. Лившиц. [A family of shuttle vectors for lactic acid bacteria and other gram-positive bacteria based on the plasmid pLF1311 replicon]. Микробиология, 2000, том 69, № 1, стр. 75–80, eLIBRARY: 14953496
    Англоязычное издание:
    V.V. Aleshin, E.V. Semenova, B.V. Tarakanov, V.A. Livshits. A family of shuttle vectors for lactic acid bacteria and other gram-positive bacteria based on the plasmid pLF1311 replicon. Microbiology, 2000, Vol. 69, No. 1, P. 63–67, eLIBRARY: 13357097
  12. Л.Ю. Русин, В.В. Алешин, Н.С. Владыченская, И.А. Милютина, О.С. Кедрова, Н.Б. Петров. Первичная структура петель 35 и 48 малой рРНК свидетельствует, что Trefusiidae являются субтаксоном Enoplida (Nematoda). Молекулярная биология, 2001, том 35, № 5, стр. 912–919, Scopus: 2-s2.0-0035464337, PDF
    Англоязычное издание:
    L.Yu. Rusin, V.V. Aleshin, N.S. Vladychenskaya, I.A. Milyutina, O.S. Kedrova, N.B. Petrov. Trefusiidae are a subtaxon of marine Enoplida (Nematoda): evidence from primary structure of hairpin 35 and 48 loops of SSU rRNA gene. Molecular Biology, 2001, Vol. 35, No. 5, P. 778–784, DOI: 10.1023/A:1012394808661, Scopus: 2-s2.0-0035438250, eLIBRARY: 13372649, PDF
  13. I.A. Milyutina, V.V. Aleshin, O.S. Kedrova, N.B. Petrov, K.A. Mikrjukov. The unusually long small subunit ribosomal RNA gene found in amitochondriate amoeboflagellate Pelomyxa palustris: its rRNA predicted secondary structure and phylogenetic implication. Gene, Jul 11 2001, Vol. 272, Iss. 1–2, P. 131–139, DOI: 10.1016/S0378-1119(01)00556-X, WOS: 000170727200015, eLIBRARY: 13374744, PDF
  14. В.В. Алёшин, Н.Б. Петров. Регресс в эволюции многоклеточных животных. Природа, 2001, № 7, стр. 62–70, PDF
  15. V.V. Aleshin, L.Yu. Roussine, I.A. Milyutina, O.S. Kedrova, N.S. Vladychenskaya, N.B. Petrov. Analysis of 18S rRNA structure in Araeolaimida taxa sheds light on the internal topology of the monhysterid-secernentian complex within the Nematoda. Russian Journal of Nematology, 2001, Vol. 9, No. 2, P. 143, Abstracts of the Fourth English Language International Symposium of the Russian Society of Nematologists (dedicated to 110th anniversary of Professor A.A. Paramonov, Russia, Moscow, 11th-14th June, 2001)
  16. L.Yu. Roussine, V.V. Aleshin, I.A. Milyutina, O.S. Kedrova, N.S. Vladychenskaya, N.B. Petrov. Primary structure of the loops of helices 35 and 48 of 18S rRNA suggests that Trefusiida is a subtaxon of marine Enoplida (Nematoda). Russian Journal of Nematology, 2001, Vol. 9, No. 2, P. 159–160, Abstracts of the Fourth English Language International Symposium of the Russian Society of Nematologists (dedicated to 110th anniversary of Professor A.A. Paramonov, Russia, Moscow, 11th-14th June, 2001)
  17. B.S. Leander, P.J. Keeling, O.N. Kuvardina, V.V. Aleshin, T.G. Simdyanov, A.P. Mylnikov. The phylogeny of colpodellids (Alveolata) using small subunit rRNA gene sequences suggests they are the free-living sister group to apicomplexans. Journal of Eukaryotic Microbiology, Nov-Dec 2002, Vol. 49, No. 6, P. 498–504, DOI: 10.1111/j.1550-7408.2002.tb00235.x, WOS: 000179863300012, eLIBRARY: 13405449, PDF
  18. В.В. Алёшин, Н.Б. Петров. Молекулярные свидетельства регресса в эволюции многоклеточных животных. Журнал общей биологии, 2002, том 63, № 3, стр. 195–208, WOS: 000176114800001, eLIBRARY: 14961442, PDF
  19. Н.Б. Петров, В.В. Алёшин. [Conditionally neutral phylogenetic markers of major taxa: a new aspect of the evolution of macromolecules]. Генетика, 2002, том 38, № 8, стр. 1043–1062
    Англоязычное издание:
    N.B. Petrov, V.V. Aleshin. Conditionally neutral phylogenetic markers of major taxa: a new aspect of the evolution of macromolecules. Russian Journal of Genetics, 2002, Vol. 38, No. 8, P. 877–894, DOI: 10.1023/A:1016879610352, eLIBRARY: 13416535, PDF
  20. L.Yu. Roussine, P. De Ley, V.V. Aleshin, N.B. Petrov. A simple molecular diagnostic of marine Enoplida. Proceedings of the Fourth International Congress of Nematology, Tenerife, Spain, 8-13 June 8–13 2002, (Nematology Monographs and Perspectives, V. 2), P. 178, poster abstract, file
  21. L.Yu. Roussine, P. De Ley, V.V. Aleshin, J.R. Vanfleteren, D. Sturhan, A. Vierstraete, M. Blaxter. Phylogeny of Enoplia: parsimony estimations with SSU rDNA sequence data. Proceedings of the Fourth International Congress of Nematology, Tenerife, Spain, 8-13 June 8–13 2002, (Nematology Monographs and Perspectives, V. 2), P. 178, poster abstract, file
  22. L.Yu. Roussine, V.V. Aleshin, A.V. Tchesunov, G.I. Atrashkevich. SSU rRNA gene of Soboliphyme baturini Petrow, 1930 (Nematoda: Dioctophymida) and a reappraisal of molecular bounds of Dorylaimia. Proceedings of the Fourth International Congress of Nematology, Tenerife, Spain, 8-13 June 8–13 2002, (Nematology Monographs and Perspectives, V. 2), P. 178–179, poster abstract, file
  23. V.A. Livshits, N.P. Zakataeva, V.V. Aleshin, M.V. Vitushkina. Identification and characterization of the new gene rhtA involved in threonine and homoserine efflux in Escherichia coli. Research in Microbiology, Mar 2003, Vol. 154, Iss. 2, P. 123–135, DOI: 10.1016/S0923-2508(03)00036-6, WOS: 000182261400008, Scopus: 2-s2.0-0037341767, eLIBRARY: 13442662, PDF
  24. S.I. Nikolaev, V.V. Aleshin, N.B. Petrov, C. Berney, J. Fahrni, J. Pawlowski, A.P. Mylnikov. Gymnophrys cometa and Lecythium sp. are core Cercozoa: evolutionary implications. Acta Protozoologica, Aug 2003, Vol. 42, No. 3, P. 183–190, WOS: 000184640300002, Scopus: 2-s2.0-0042352477, eLIBRARY: 13425676, PDF
  25. B.S. Leander, P.J. Keeling, O.N. Kuvardina, V.V. Aleshin, A.P. Mylnikov. Molecular phylogeny and surface morphology of Colpodella edax (Alveolata): Insights into the phagotrophic ancestry of apicomplexans. Journal of Eukaryotic Microbiology, Sep–Oct 2003, Vol. 55, No. 5, P. 334–340, DOI: 10.1111/j.1550-7408.2003.tb00145.x, WOS: 000185347000007, Scopus: 2-s2.0-0141453062, eLIBRARY: 13419715, PDF
  26. В.В. Алёшин, Н.Б. Петров. Условно нейтральные признаки. Природа, декабрь 2003, № 12, стр. 25–34, eLIBRARY: 17371169, PDF
  27. L.Yu. Rusin, V.V. Aleshin, A.V. Tchesunov, G.I. Atrashkevich. The 18S ribosomal RNA gene of Soboliphyme baturini Petrow, 1930 (Nematoda: Dioctophymida) and its implications for phylogenetic relationships within Dorylaimia. Nematology, 2003, Vol. 5, No. 4, P. 615–628, DOI: 10.1163/156854103322683337, WOS: 000187933000012, Scopus: 2-s2.0-0348196968, eLIBRARY: 13434350, PDF
  28. O.G. Manylov, N.S. Vladychenskaya, I.A. Milyutina, O.S. Kedrova, N.P. Korokhov, G.A. Dvoryanchikov, V.V. Aleshin, N.B. Petrov. Analysis of 18S rRNA gene sequences suggests significant molecular differences between Macrodasyida and Chaetonotida (Gastrotricha). Molecular Phylogenetics and Evolution, Mar 2004, Vol. 30, Iss. 3, P. 850–854, DOI: 10.1016/S1055-7903(03)00251-3, WOS: 000188958400032, Scopus: 2-s2.0-1342311240, eLIBRARY: 13450111, PDF
  29. S.I. Nikolaev, C. Berney, J.F. Fahrni, I. Bolivar, S. Polet, A.P. Mylnikov, V.V. Aleshin, N.B. Petrov, J. Pawlowski. The twilight of Heliozoa and rise of Rhizaria, an emerging supergroup of amoeboid eukaryotes. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, May 25 2004, Vol. 101, No. 21, P. 8066–8071, DOI: 10.1073/pnas.0308602101, WOS: 000221652000042, Scopus: 2-s2.0-2542512417, eLIBRARY: 13459517, html, PDF
  30. A.N. Pegova, E. Krasnova, V.V. Aleshin. Evidence from the small and large ribosomal RNA structure suggests that Anoplostoma rectospiculum Gal'tsova, 1976 (Nematoda: Anoplostomatidae) is a member of the superfamily Enoploidea, not Oncholaimoidea. Nematology, 2004, Vol. 6, No. 3, P. 413–421, DOI: 10.1163/1568541042360474, WOS: 000225158000011, Scopus: 2-s2.0-8444240134, eLIBRARY: 13461797, PDF
  31. S.I. Nikolaev, V.V. Aleshin, N.B. Petrov, A.P. Mylnikov, C. Berney, J. Fahrni, J. Pawlowski. Molecular phylogenetic analysis places Percolomonas cosmopolitus within Heterolobosea: evolutionary implications. Journal of Eukaryotic Microbiology, Sep–Oct 2004, Vol. 51, No. 5, P. 575–581, DOI: 10.1111/j.1550-7408.2004.tb00294.x, WOS: 000224397500012, Scopus: 2-s2.0-5344277575, eLIBRARY: 13473464, PDF
  32. L.Yu. Roussine, P. De Ley, M. Blaxter, A. Vierstraete, V.V. Aleoshin. The SSU rRNA gene as a phylogenetic marker within major groups of Nematoda. Russian Journal of Nematology, 2004, Vol. 11, No. 2, P. 145–146
  33. Б.В. Тараканов, А.А. Яковлева, В.В. Алёшин. Характеристика энтеробактерий, продуцирующих микроцины – низкомолекулярные антибиотики. Микробиология, 2004, том 73, № 2, стр. 188–194, eLIBRARY: 17653082, PDF
    Англоязычное издание:
    B.V. Tarakanov, A.A. Yakovleva, V.V. Aleshin. Characterization of enterobacteria producing the low-molecular-weight antibiotics microcins. Microbiology, 2004, Vol. 73, No. 2, P. 150–155, DOI: 10.1023/B:MICI.0000023981.78951.34, eLIBRARY: 13456322, PDF
  34. Б.В. Тараканов, А.А. Яковлева, Т.А. Николичева, Н.М. Комкова, А.И. Манухина, В.В. Алёшин. Вектор pLF22 для молочнокислых бактерий. Микробиология, 2004, том 73, № 2, стр. 211–217, eLIBRARY: 17653086, PDF
    Англоязычное издание:
    B.V. Tarakanov, A.A. Yakovleva, T.A. Nikolicheva, N.M. Komkova, A.I. Manukhina, V.V. Aleshin. Expression vector pLF22 for lactic acid bacteria. Microbiology, 2004, Vol. 73, No. 2, P. 170–175, DOI: 10.1