Lab.6 IITP RAS logo
13/12/18
02:46:23

Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук

« back

Публикации сотрудника Владимир Вениаминович Алешин

  1. V.V. Aleshin, O.S. Kedrova, I.A. Milyutina, N.S. Vladychenskaya, N.B. Petrov. Secondary structure of some elements of 18S rRNA suggests that strongylid and a part of rhabditid nematodes are monophyletic. FEBS Letters, Jun 5 1998, Vol. 429, Iss. 1, P. 4–8, DOI: 10.1016/S0014-5793(98)00550-X, WOS000074253400002, eLIBRARY: 13299093,
  2. V.V. Aleshin, I.A. Milyutina, O.S. Kedrova, N.S. Vladychenskaya, N.B. Petrov. Phylogeny of Nematoda and Cephalorhyncha Derived from 18S rDNA. Journal of Molecular Evolution, Nov 1998, Vol. 47, Iss. 5, P. 597–605, DOI: 10.1007/PL00006416, WOS000076739900011, eLIBRARY: 13296658,
  3. V.V. Aleshin, B.V. Tarakanov, V.G. Doroshenko. Loss of a stop codon is the cause of repB gene extension in Lactobacillus plasmid pLF1311. Molecular Biology, 1998, Vol. 32, No. 3, P. 338–340, eLIBRARY: 13292854
  4. V.V. Aleshin, O.S. Kedrova, I.A. Milyutina, N.S. Vladychenskaya, N.B. Petrov. Relationships among nematodes based on the analysis of 18S rRNA gene sequences: molecular evidence for monophyly of chromadorian and secernentian nematodes. Russian Journal of Nematology, 1998, Vol. 6, No. 2, P. 175–184, eLIBRARY: 13276389,
  5. N.P. Zakataeva, V.V. Aleshin, I.L. Tokmakova, P.V. Troshin, V.A. Livshits. The novel transmembrane Escherichia coli proteins involved in the amino acid efflux. FEBS Letters, Jun 11 1999, Vol. 452, Iss. 3, P. 228–232, DOI: 10.1016/S0014-5793(99)00625-0, WOS000080954000023, eLIBRARY: 13330883,
  6. V.V. Aleshin, E.V. Semenova, V.G. Doroshenko, Yu.V. Jomantas, B.V. Tarakanov, V.A. Livshits. The broad host range plasmid pLF1311 from Lactobacillus fermentum VKM1311. FEMS Microbiology Letters, Sep 1 1999, Vol. 178, Iss. 1, P. 47–53, DOI: 10.1016/S0378-1097(99)00343-2, WOS000082299800008, eLIBRARY: 13325766,
  7. V.V. Aleshin, N.P. Zakataeva, V.A. Livshits. A new family of amino-acid-efflux proteins. Trends in Biochemical Sciences, Apr 1 1999, Vol. 24, Iss. 4, P. 133–135, DOI: 10.1016/S0968-0004(99)01367-5, WOS000080514400006, eLIBRARY: 27562128,
  8. В.В. Алёшин, Н.С. Владыченская, О.С. Кедрова, И.А. Милютина, Н.Б. Петров. Вторичная структура шпильки 17 низшего многоклеточного животного Rhopalura ophiocomae (Mesozoa: Orthonectida) как пример «прерываемого равновесия» в эволюции 18S рибосомной РНК. Молекулярная биология, 1999, том 33, № 2, стр. 319–329
    Перевод: N.S. Vladychenskaya, O.S. Kedrova, I.A. Milyutina, N.B. Petrov, V.V. Aleshin. Molecular punctuated equilibrium in the evolution of Rhopalura ophiocomae (Mesozoa: Orthonectida) 18S rRNA, hairpin 17. Molecular Biology, 1999, Vol. 33, No. 2, P. 278–287, eLIBRARY: 13322553,
  9. L.Yu. Rusin, V.V. Aleshin, O.S. Kedrova, I.A. Milyutina, N.S. Vladychenskaya, N.B. Petrov. Molecular evidence for phylogenetic reliability of Araeolaimida sensu stricto. Proceedings of the Zoological Institute of the RAS, 1999, P. 280, Proceedings of the international conference “III International Nematology Symposium”, St.Petersburg, Russia, August 21–27 1999
  10. A.B. Shevelev, V.V. Aleoshin, L.A. Trachuk, A.E. Granovsky, Y.N. Kogan, L.M. Rumer, A.V. Serkina, E.V. Semenova, A.M. Bushueva, V.A. Livshits, S.V. Kostrov, A.S. Shcheglov, S.I. Novikova, G.G. Chestukhina. Expression of bacillar glutamyl endopeptidase genes in Bacillus subtilis by a new mobilizable single-replicon vector pLF.. Plasmid, May 2000, Vol. 43, No. 3, P. 190–199, DOI: 10.1006/plas.1999.1455, WOS000087120800002, PMID10783297, eLIBRARY: 13335891,
  11. В.В. Алёшин, Е.В. Семенова, Б.В. Тараканов, В.А. Лившиц. [A family of shuttle vectors for lactic acid bacteria and other gram-positive bacteria based on the plasmid pLF1311 replicon]. Микробиология, 2000, том 69, № 1, стр. 75–80, eLIBRARY14953496
    Перевод: V.V. Aleshin, E.V. Semenova, B.V. Tarakanov, V.A. Livshits. A family of shuttle vectors for lactic acid bacteria and other gram-positive bacteria based on the plasmid pLF1311 replicon. Microbiology, 2000, Vol. 69, No. 1, P. 63–67, eLIBRARY: 13357097
  12. Л.Ю. Русин, В.В. Алешин, Н.С. Владыченская, И.А. Милютина, О.С. Кедрова, Н.Б. Петров. Первичная структура петель 35 и 48 малой рРНК свидетельствует, что Trefusiidae являются субтаксоном Enoplida (Nematoda). Молекулярная биология, 2001, том 35, № 5, стр. 912–919, Scopus: 2-s2.0-0035464337,
    Перевод: L.Yu. Rusin, V.V. Aleshin, N.S. Vladychenskaya, I.A. Milyutina, O.S. Kedrova, N.B. Petrov. Trefusiidae are a subtaxon of marine Enoplida (Nematoda): evidence from primary structure of hairpin 35 and 48 loops of SSU rRNA gene. Molecular Biology, 2001, Vol. 35, No. 5, P. 778–784, DOI: 10.1023/A:1012394808661, Scopus: 2-s2.0-0035438250, eLIBRARY: 13372649,
  13. I.A. Milyutina, V.V. Aleshin, O.S. Kedrova, N.B. Petrov, K.A. Mikrjukov. The unusually long small subunit ribosomal RNA gene found in amitochondriate amoeboflagellate Pelomyxa palustris: its rRNA predicted secondary structure and phylogenetic implication. Gene, 11 Jul 2001, Vol. 272, Iss. 1–2, P. 131–139, DOI: 10.1016/S0378-1119(01)00556-X, WOS000170727200015, eLIBRARY: 13374744,
  14. В.В. Алёшин, Н.Б. Петров. Регресс в эволюции многоклеточных животных. Природа, 2001, № 7, стр. 62–70,
  15. V.V. Aleshin, L.Yu. Roussine, I.A. Milyutina, O.S. Kedrova, N.S. Vladychenskaya, N.B. Petrov. Analysis of 18S rRNA structure in Araeolaimida taxa sheds light on the internal topology of the monhysterid-secernentian complex within the Nematoda. Russian Journal of Nematology, 2001, Vol. 9, No. 2, P. 143, Abstracts of the Fourth English Language International Symposium of the Russian Society of Nematologists (dedicated to 110th anniversary of Professor A.A. Paramonov, Russia, Moscow, 11th-14th June, 2001)
  16. L.Yu. Roussine, V.V. Aleshin, I.A. Milyutina, O.S. Kedrova, N.S. Vladychenskaya, N.B. Petrov. Primary structure of the loops of helices 35 and 48 of 18S rRNA suggests that Trefusiida is a subtaxon of marine Enoplida (Nematoda). Russian Journal of Nematology, 2001, Vol. 9, No. 2, P. 159–160, Abstracts of the Fourth English Language International Symposium of the Russian Society of Nematologists (dedicated to 110th anniversary of Professor A.A. Paramonov, Russia, Moscow, 11th-14th June, 2001)
  17. B.S. Leander, P.J. Keeling, O.N. Kuvardina, V.V. Aleshin, T.G. Simdyanov, A.P. Mylnikov. The phylogeny of colpodellids (Alveolata) using small subunit rRNA gene sequences suggests they are the free-living sister group to apicomplexans. Journal of Eukaryotic Microbiology, Nov-Dec 2002, Vol. 49, No. 6, P. 498–504, DOI: 10.1111/j.1550-7408.2002.tb00235.x, WOS000179863300012, eLIBRARY: 13405449,
  18. В.В. Алёшин, Н.Б. Петров. Молекулярные свидетельства регресса в эволюции многоклеточных животных. Журнал общей биологии, 2002, том 63, № 3, стр. 195–208, WOS000176114800001, eLIBRARY14961442,
  19. Н.Б. Петров, В.В. Алёшин. [Conditionally neutral phylogenetic markers of major taxa: a new aspect of the evolution of macromolecules]. Генетика, 2002, том 38, № 8, стр. 1043–1062
    Перевод: N.B. Petrov, V.V. Aleshin. Conditionally neutral phylogenetic markers of major taxa: a new aspect of the evolution of macromolecules. Russian Journal of Genetics, 2002, Vol. 38, No. 8, P. 877–894, DOI: 10.1023/A:1016879610352,
  20. L.Yu. Roussine, P. De Ley, V.V. Aleshin, N.B. Petrov. A simple molecular diagnostic of marine Enoplida. Proceedings of the Fourth International Congress of Nematology, Tenerife, Spain, 8-13 June 8–13 2002, (Nematology Monographs and Perspectives, V. 2), P. 178, Poster abstract,
  21. L.Yu. Roussine, P. De Ley, V.V. Aleshin, J.R. Vanfleteren, D. Sturhan, A. Vierstraete, M. Blaxter. Phylogeny of Enoplia: parsimony estimations with SSU rDNA sequence data. Proceedings of the Fourth International Congress of Nematology, Tenerife, Spain, 8-13 June 8–13 2002, (Nematology Monographs and Perspectives, V. 2), P. 178, Poster abstract,
  22. L.Yu. Roussine, V.V. Aleshin, A.V. Tchesunov, G.I. Atrashkevich. SSU rRNA gene of Soboliphyme baturini Petrow, 1930 (Nematoda: Dioctophymida) and a reappraisal of molecular bounds of Dorylaimia. Proceedings of the Fourth International Congress of Nematology, Tenerife, Spain, 8-13 June 8–13 2002, (Nematology Monographs and Perspectives, V. 2), P. 178–179, Poster abstract,
  23. V.A. Livshits, N.P. Zakataeva, V.V. Aleshin, M.V. Vitushkina. Identification and characterization of the new gene rhtA involved in threonine and homoserine efflux in Escherichia coli. Research in Microbiology, Mar 2003, Vol. 154, Iss. 2, P. 123–135, DOI: 10.1016/S0923-2508(03)00036-6, WOS000182261400008, eLIBRARY: 13442662,
  24. S.I. Nikolaev, V.V. Aleshin, N.B. Petrov, C. Berney, J. Fahrni, J. Pawlowski, A.P. Mylnikov. Gymnophrys cometa and Lecythium sp. are core Cercozoa: evolutionary implications. Acta Protozoologica, Aug 2003, Vol. 42, No. 3, P. 183–190, WOS000184640300002, eLIBRARY: 13425676,
  25. B.S. Leander, P.J. Keeling, O.N. Kuvardina, V.V. Aleshin, A.P. Mylnikov. Molecular phylogeny and surface morphology of Colpodella edax (Alveolata): Insights into the phagotrophic ancestry of apicomplexans. Journal of Eukaryotic Microbiology, Sep-Oct 2003, Vol. 55, No. 5, P. 334–340, DOI: 10.1111/j.1550-7408.2003.tb00145.x, WOS000185347000007, eLIBRARY: 13419715,
  26. В.В. Алёшин, Н.Б. Петров. Условно нейтральные признаки. Природа, декабрь 2003, № 12, стр. 25–34, eLIBRARY17371169,
  27. L.Yu. Rusin, V.V. Aleshin, A.V. Tchesunov, G.I. Atrashkevich. The 18S ribosomal RNA gene of Soboliphyme baturini Petrow, 1930 (Nematoda: Dioctophymida) and its implications for phylogenetic relationships within Dorylaimia. Nematology, 2003, Vol. 5, No. 4, P. 615–628, DOI: 10.1163/156854103322683337, WOS000187933000012, Scopus: 2-s2.0-0348196968, eLIBRARY: 13434350,
  28. O.G. Manylov, N.S. Vladychenskaya, I.A. Milyutina, O.S. Kedrova, N.P. Korokhov, G.A. Dvoryanchikov, V.V. Aleshin, N.B. Petrov. Analysis of 18S rRNA gene sequences suggests significant molecular differences between Macrodasyida and Chaetonotida (Gastrotricha). Molecular Phylogenetics and Evolution, Mar 2004, Vol. 30, Iss. 3, P. 850–854, DOI: 10.1016/S1055-7903(03)00251-3, WOS000188958400032, eLIBRARY: 13450111,
  29. S.I. Nikolaev, C. Berney, J.F. Fahrni, I. Bolivar, S. Polet, A.P. Mylnikov, V.V. Aleshin, N.B. Petrov, J. Pawlowski. The twilight of Heliozoa and rise of Rhizaria, an emerging supergroup of amoeboid eukaryotes. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, May 25 2004, Vol. 101, No. 21, P. 8066–8071, DOI: 10.1073/pnas.0308602101, WOS000221652000042, eLIBRARY: 13459517,
  30. A.N. Pegova, E. Krasnova, V.V. Aleshin. Evidence from the small and large ribosomal RNA structure suggests that Anoplostoma rectospiculum Gal'tsova, 1976 (Nematoda: Anoplostomatidae) is a member of the superfamily Enoploidea, not Oncholaimoidea. Nematology, 2004, Vol. 6, No. 3, P. 413–421, DOI: 10.1163/1568541042360474, WOS000225158000011, eLIBRARY: 13461797,
  31. S.I. Nikolaev, V.V. Aleshin, N.B. Petrov, A.P. Mylnikov, C. Berney, J. Fahrni, J. Pawlowski. Molecular phylogenetic analysis places Percolomonas cosmopolitus within Heterolobosea: evolutionary implications. Journal of Eukaryotic Microbiology, Sep-Oct 2004, Vol. 51, No. 5, P. 575–581, DOI: 10.1111/j.1550-7408.2004.tb00294.x, WOS000224397500012, eLIBRARY: 13473464,
  32. L.Yu. Roussine, P. De Ley, M. Blaxter, A. Vierstraete, V.V. Aleoshin. The SSU rRNA gene as a phylogenetic marker within major groups of Nematoda. Russian Journal of Nematology, 2004, Vol. 11, No. 2, P. 145–146
  33. Б.В. Тараканов, А.А. Яковлева, В.В. Алёшин. Характеристика энтеробактерий, продуцирующих микроцины – низкомолекулярные антибиотики. Микробиология, 2004, том 73, № 2, стр. 188–194, eLIBRARY17653082,
    Перевод: B.V. Tarakanov, A.A. Yakovleva, V.V. Aleshin. Characterization of enterobacteria producing the low-molecular-weight antibiotics microcins. Microbiology, 2004, Vol. 73, No. 2, P. 150–155, DOI: 10.1023/B:MICI.0000023981.78951.34, eLIBRARY: 13456322,
  34. Б.В. Тараканов, А.А. Яковлева, Т.А. Николичева, Н.М. Комкова, А.И. Манухина, В.В. Алёшин. Вектор pLF22 для молочнокислых бактерий. Микробиология, 2004, том 73, № 2, стр. 211–217, eLIBRARY17653086,
    Перевод: B.V. Tarakanov, A.A. Yakovleva, T.A. Nikolicheva, N.M. Komkova, A.I. Manukhina, V.V. Aleshin. Expression vector pLF22 for lactic acid bacteria. Microbiology, 2004, Vol. 73, No. 2, P. 170–175, DOI: 10.1023/B:MICI.0000023985.00143.08, eLIBRARY: 13459809,
  35. В.В. Алешин, А.В. Константинова, М.А. Никитин, И.Л. Окштейн. О генетическом однообразии в роде Trichoplax (Placozoa). Генетика, 2004, том 40, № 12, стр. 1714–1716, eLIBRARY17545698
    Перевод: V.V. Aleoshin, A.V. Konstantinova, M.A. Nikitin, I.L. Okshtein. On the genetic uniformity of the genus Trichoplax (Placozoa). Russian Journal of Genetics, 2004, Vol. 40, No. 12, P. 1423–1425, DOI: 10.1007/s11177-005-0015-y,
  36. В.В. Алёшин. Примитивно ли вариабельное дробление Enoplida (Nematoda)? Замечание к статье Д.А. Воронова “Сравнительная эмбриология нематод и и закон зародышевого сходства”. Журнал общей биологии, 2004, том 65, № 1, стр. 74–80, WOS000189348500005, eLIBRARY17544980
  37. В.В. Алёшин, А.П. Мыльников, Н.Б. Петров. Дерево корненожек. Природа, август 2005, № 8, стр. 40–46, eLIBRARY17359842,
  38. В.В. Алёшин, А.П. Мыльников, Н.Б. Петров. Дерево корненожек. Природа, сентябрь 2005, № 9, стр. 65–72, eLIBRARY17359904,
  39. В.В. Алёшин. Синапоморфные признаки в РНК малой субъединицы рибосом беспозвоночных. Автореферат диссертации на соискание ученой степени доктора биологических наук по специальности 03.00.03 - Молекулярная биология, Москва, 2005, 48 стр., eLIBRARY15835486
  40. В.В. Алёшин. Синапоморфные признаки в РНК малой субъединицы рибосом беспозвоночных. Диссертация на соискание ученой степени доктора биологических наук по специальности 03.00.03 - Молекулярная биология, Москва, 2005, 350 стр., eLIBRARY16071860
  41. L.Yu. Rusin, V.G. Gagarin, M. Blaxter, V.V. Aleoshin. The origin of Secernentea and phylogenesis of Chromadoria: evidence from SSU rRNA. Russian Journal of Nematology, 2005, Vol. 13, No. 1, P. 115, Abstract of the Sixth English Language International Symposium of the Russian Society of Nematologsts (Moscow, 13th-17th, 2005)
  42. L.Y. Rusin, V.G. Gagarin, M. Blaxter, V.V. Aleshin. Molecular evidence brings the roots of the Secernentea, the major group of round worms, in shaper focus. Proceedings of the international conference “9th Evolutionary Biology Meeting”, Marseille, France, September 21–23 2005
  43. Н.П. Закатаева, Е.А. Кутукова, С.В. Тройский, П.В. Трошин, В.А. Лившиц, В.В. Алёшин. Экспорт метаболитов белками семейств DMT и RhtB и их возможная роль в межклеточной коммуникации. Микробиология, 2006, том 75, № 4, стр. 509, eLIBRARY17324489
    Перевод: N.P. Zakataeva, E.A. Kutukova, S.V. Gronskiy, P.V. Troshin, V.A. Livshits, V.V. Aleshin. Export of metabolites by the proteins of the DMT and RhtB families and its possible role in intercellular communication. Microbiology, Jul 2006, Vol. 75, Iss. 4, P. 438–448, DOI: 10.1134/S0026261706040126, WOS000239616000012, eLIBRARY: 13531986,
  44. N.B. Petrov, V.V. Aleshin, I.P. Vladychenskaya, O.G. Manylov, G.S. Slyusarev, A.N. Pegova, L.Yu. Rusin, M.V. Ophitserov. Combined 18S and 28S rRNA gene sequences suggest relatedness of gastrotrichs and dicyemids to flat worms, and orthonectids – to annelids. Proceedings of the international scientific conference “Computational Phylogenetics and Molecular Systematics, CPMS’2007”, Moscow, Russia, November 16–19 2007, KMK Scientific Press, P. 249–252
  45. В.В. Алешин, А.В. Константинова, К.В. Михайлов, М.А. Никитин, Н.Б. Петров. Нужно ли много генов для филогенетического дерева?. Биохимия, 2007, том 72, № 12, стр. 1610–1623, eLIBRARY9903311,
    Перевод: V.V. Aleshin, A.V. Konstantinova, K.V. Mikhailov, M.A. Nikitin, N.B. Petrov. Do we need many genes for phylogenetic inference?. Biochemistry (Moscow), 2007, Vol. 72, No. 12, P. 1313–1323, DOI: 10.1134/S000629790712005X, WOS000251969300005, PMID18205615, i,
  46. Н.Б. Петров, А.Н. Пегова, О.Г. Манылов, Н.С. Владыченская, Н.С. Мюге, В.В. Алешин. Молекулярная филогения гастротрих на основе сравнения генов 18S рРНК: отказ от гипотезы родства с нематодами. Молекулярная биология, 2007, том 41, № 3, стр. 499–507, eLIBRARY9514145, i,
    Перевод: N.B. Petrov, A.N. Pegova, O.G. Manylov, N.S. Vladychenskaya, N.S. Mugue, V.V. Aleshin. Molecular phylogeny of Gastrotricha on the basis of a comparison of the 18S rRNA genes: Rejection of the hypothesis of a relationship between Gastrotricha and Nematoda. Molecular Biology, May 2007, Vol. 41, Iss. 3, P. 445–452, DOI: 10.1134/S0026893307030107, WOS000247814600010,
  47. K.V. Mikhailov, A.V. Konstantinova, M.A. Nikitin, P.V. Troshin, L.Yu. Rusin, V.A. Lyubetsky, Yu.V. Panchin, A.P. Mylnikov, L.L. Moroz, S. Kumar, V.V. Aleoshin. The Gastrea theory in postgenomic age: cell differentiation preceded multicellularity in early metazoan evolution. Proceedings of the ICREA Conference on the Origin and Early Evolution of Metazoans, Barcelona Spain, October 24–25 2008
  48. K.V. Mikhailov, A.V. Konstantinova, M.A. Nikitin, P.V. Troshin, L.Yu. Rusin, V.A. Lyubetsky, Yu.V. Panchin, A.P. Mylnikov, L.L. Moroz, S. Kumar, V.V. Aleoshin. The origin of Metazoa: a transition from temporal to spatial cell differentiation. BioEssays, Jul 2009, Vol. 31, Iss. 7, P. 758–768, DOI: 10.1002/bies.200800214, WOS000267610500009, Scopus: 2-s2.0-70349323101, PMID19472368, eLIBRARY: 15306649, i,
  49. В.В. Алешин, К.В. Михайлов, А.В. Константинова, М.А. Никитин, Л.Ю. Русин, Д.А. Буйнова, О.С. Кедрова, Н.Б. Петров. О положении насекомых в кладе Pancrustacea. Молекулярная биология, 2009, том 43, № 5, стр. 866–881, eLIBRARY12902009,
    Перевод: V.V. Aleshin, K.V. Mikhailov, A.V. Konstantinova, M.A. Nikitin, L.Yu. Rusin, D.A. Buinova, O.S. Kedrova, N.B. Petrov. On the phylogenetic position of insects in the Pancrustacea clade. Molecular Biology, 2009, Vol. 43, No. 5, P. 804–818, DOI: 10.1134/S0026893309050124, WOS000270682000012, Scopus: 2-s2.0-70350373897, eLIBRARY: 15305753,
  50. K.V. Mikhailov, A.V. Konstantinova, M.A. Nikitin, V.V. Aleoshin, L.Yu. Rusin, Yu.V. Panchin. Genomic insights into the origins of metazoan сell differentiation. Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’09, Moscow, Russia, July 20–23 2009, P. 9–10
  51. L.Yu. Rusin, V.V. Aleoshin, V.A. Lyubetsky. A phylogenomic pipeline to construct multi-gene datasets and infer multi-gene trees. Proceedings of the international conference “Celebrating Darwin: from the Origin of Species to Deep Metazoan Phylogeny, DMP’09”, Berlin, Germany, March 4–6 2009
  52. В.В. Алёшин. Сравнительная геномика, геносистематика и научная школа А.С. Антонова. Молекулярная биология, 2009, том 43, № 5, стр. 755–758, eLIBRARY12901998,
    Перевод: V.V. Aleshin. Comparative genomics, genosystematics, and the scientific school of A.S. Antonov. Molecular Biology, 2009, Vol. 43, Iss. 5, P. 697–700, DOI: 10.1134/S002689330905001X, WOS000270682000001, eLIBRARY: 15299141, i,
  53. В.В. Алешин, Н.Б. Петров. Происхождение насекомых: взгляд генетика. в книге Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности, Под ред.: акад. В.А. Садовничего, акад. Г.И. Савина, чл.-корр. РАН Вл.В. Воеводина, М.: Изд-во Московского университета, 2009
  54. В.В. Алешин. Молекулярные методы учета биоразнообразия. в книге Разнообразие микробных сообществ внутренних водоемов России, (Учебно-методическон пособие), Ярославль: Принтхаус, 2009, стр. 5–38, i,
  55. A.V. Troitsky, L.Yu. Rusin, V.V. Aleoshin, (Eds.). Molecular Phylogenetics. Contributions to the 2nd Moscow International Conference “Molecular Phylogenetics” (Moscow, Russia, May 18–21, 2010), Moscow: Torus Press, 2010, 218 стр: ill., ISBN: 978-5-94588-074-0
  56. Н.Б. Петров, В.В. Алёшин, А.Н. Пегова, М.В. Офицеров, Г.С. Слюсарев. Новые данные о филогении Mesozoa на основании последовательностей генов 18 и 28S pРНК. Вестник Московского университета. Серия 16. Биология, 2010, том 65, № 4, стр. 42–45, eLIBRARY15618242,
    Перевод: N.B. Petrov, V.V. Aleshin, A.N. Pegova, M.V. Ofitserov, G.S. Slyusarev. New insight into the phylogeny of Mesozoa: Evidence from the 18S and 28S rRNA genes. Moscow University Biological Sciences Bulletin, 2010, Vol. 65, No. 4, P. 167–169, DOI: 10.3103/S0096392510040127,
  57. S. Rueckert, T.G. Simdyanov, V.V. Aleoshin, B.S. Leander. Identification of a divergent environmental DNA sequence clade using the phylogeny of gregarine parasites (Apicomplexa) from crustacean hosts. PLoS ONE, Mar 31 2011, Vol. 6, Iss. 3, e18163, DOI: 10.1371/journal.pone.0018163, WOS000289057200037, PMID21483868, eLIBRARY: 16999127,
  58. M.L. Kuravsky, V.V. Aleshin, D. Frishman, V.I. Muronetz. Testis-specific glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase: origin and evolution. BMC Evolutionary Biology, Jun 10 2011, Vol. 11, Article 160, DOI: 10.1186/1471-2148-11-160, WOS000292657300001, PMID21663662, eLIBRARY: 16992373,
  59. Е.Ю. Эпова, М.С. Смирнова, А.Б. Шевелев, М.Я. Тремасов, В.В. Алёшин, Е.С. Маракасова, А.Г. Плаксина, О.В. Осипенкова, М.В. Баловнева, А.В. Шибаева, К.Х. Папуниди, Б.В. Тараканов. Биологическая активность штаммов E. coli, экспрессирующих полусинтетические гены соматолиберина курицы и свиньи. Фундаментальные исследования, 2011, № 3, стр. 198–204, i,
  60. М.В. Мардашова, В.В. Алешин, М.А. Никитин. Источники и пути формирования фауны морских паразитических нематод. в книге Нематоды естественных и трансформированных экосистем, 2011, Петрозаводск: Карельский научный центр РАН, стр. 76–78, i,
  61. A.V. Troitsky, L.Yu. Rusin, V.V. Aleoshin, (Eds.). Molecular Phylogenetics. Contributions to the 3rd Moscow International Conference “Molecular Phylogenetics” (Moscow, Russia, July 31 – August 4, 2012), Moscow: Torus Press, 2012, 172 p.: ill., ISBN: 978-5-94588-118-1, eLIBRARY: 25260537
  62. K.V. Mikhailov, G.S. Mirzaeva, K.A. Mamkaeva, S.A. Karpov, V.V. Aleoshin. Amoeboaphelidium protococcarum, a phagotrophic relative of fungi. In: Molecular Phylogenetics, (Eds.: A. Troitsky, L. Rusin, V. Aleoshin), Moscow: Torus Press, 2012, P. 22–23, eLIBRARY: 25261037
  63. G.S. Mirzaeva, R.Kh. Allaberdiev, A.Sh. Khamraev, K.V. Mikhailov, V.V. Aleoshin. Molecular genetic studies of termites of genera Anacanthotermes in Central Asia. In: Molecular Phylogenetics, (Eds.: A. Troitsky, L. Rusin, V. Aleoshin), Moscow: Torus Press, 2012, P. 127, eLIBRARY: 25261371
  64. T.G. Simdyanov, A.Yu. Diakin, G.G. Paskerova, V.V. Aleoshin. Phylogenetic position of the archigregarine Selenidium sp. as inferred from molecular phylogeny analysis using 18S, 5.8S, and 28S rDNA sequences. In: Molecular Phylogenetics, (Eds.: A. Troitsky, L. Rusin, V. Aleoshin), Moscow: Torus Press, 2012, P. 130–131, eLIBRARY: 25261380
  65. А.В. Белякова, Е.Ю. Эпова, О.А. Гра, М.В. Зылькова, А.Г. Плаксина, М.С. Смирнова, Е.М. Елагина, Н.А. Филимонова, А.Р. Хасанова, А.В. Смирнова, Т.Н. Казеева, А.В. Шибаева, А.Б. Шевелев, В.В. Алешин. Рекомбинантный продуцент соматолиберина курицына основе бацилл. Фундаментальные исследования, 2012, № 5, часть 2, стр. 401–406, i,
  66. J. Janouskovec, D.V. Tikhonenkov, K.V. Mikhailov, T.G. Simdyanov, V.V. Aleoshin, A.P. Mylnikov, P.J. Keeling. Colponemids represent multiple ancient alveolate lineages. Current Biology, Dec 16 2013, Vol. 23, Iss. 24, P. 2546–2552, DOI: 10.1016/j.cub.2013.10.062, PMID24316202, eLIBRARY: 21901567,
  67. S.A. Karpov, K.V. Mikhailov, G.S. Mirzaeva, I.M. Mirabdullaev, K.A. Mamkaeva, N.N. Titova, V.V. Aleoshin. Obligately Phagotrophic Aphelids Turned out to Branch with the Earliest-diverging Fungi. Protist, Mar 2013, Vol. 164, Iss. 2, P. 195–205, DOI: 10.1016/j.protis.2012.08.001, WOS000315280900005, PMID23058793, eLIBRARY: 20433544,
  68. M.A. Nikitin, V.V. Aleoshin. Effects of taxon sampling in reconstructions of intron evolution. International Journal of Genomics, 2013, Vol. 2013, Article ID 671316, 11 pp., DOI: 10.1155/2013/671316, PMID23671844, eLIBRARY: 20441173, i,
  69. В.В. Алёшин. Филогения беспозвоночных в свете молекулярных данных: перспективы завершения филогенетики как науки. Труды Зоологического института РАН, том 317, № Приложение 2, 2013, стр. 9–38, eLIBRARY23150297, i,
  70. S.A. Karpov, A.A. Kobseva, M.A. Mamkaeva, K.A. Mamkaeva, K.V. Mikhailov, G.S. Mirzaeva, V.V. Aleoshin. Gromochytrium mamkaevae gen. & sp. nov. and two new orders: Gromochytriales and Mesochytriales (Chytridiomycetes). Persoonia, Jun 2014, Vol. 32, P. 115–126, DOI: 10.3767/003158514X680234, WOS000339054000007, PMID25264386, eLIBRARY: 24061130,
  71. S.A. Karpov, M.A. Mamkaeva, V.V. Aleoshin, E. Nassonova, O. Lilje, F.H. Gleason. Morphology, phylogeny, and ecology of the aphelids (Aphelidea, Opisthokonta) and proposal for the new superphylum Opisthosporidia. Frontiers in Microbiology, Mar 28 2014, Vol. 5, Article 112, 11 pp., DOI: 10.3389/fmicb.2014.00112, WOS000333518900002, PMID24734027, eLIBRARY: 21871641,
  72. K.V. Mikhailov, J. Janouskovec, D.V. Tikhonenkov, G.S. Mirzaeva, A.Yu. Diakin, T.G. Simdyanov, A.P. Mylnikov, P.J. Keeling, V.V. Aleoshin. A Complex Distribution of Elongation Family GTPases EF1A and EFL in Basal Alveolate Lineages. Genome Biology and Evolution, Sep 2014, Vol. 6, No. 9, P. 2361–2367, DOI: 10.1093/gbe/evu186, WOS000343249300015, PMID25179686, eLIBRARY: 24946508, ISTINA: 6922225,
  73. D.V. Tikhonenkov, J. Janouskovec, A.P. Mylnikov, K.V. Mikhailov, T.G. Simdyanov, V.V. Aleoshin, P.J. Keeling. Description of Colponema vietnamica sp.n. and Acavomonas peruviana n. gen. n. sp., two new alveolate phyla (Colponemidia nom. nov. and Acavomonidia nom. nov.) and their contributions to reconstructing the ancestral state of alveolates and eukaryotes. PLoS ONE, Apr 16 2014, Vol. 9, No. 4, e95467, 16 pp., DOI: 10.1371/journal.pone.0095467, WOS000336863900146, PMID24740116, eLIBRARY: 21874675,
  74. E.I. Koshel, V.V. Aleshin, G.A. Eroshenko, V.V. Kutyrev. Phylogenetic analysis of entomoparasitic nematodes, potential control agents of flea populations in natural foci of plague. BioMed Research International, 2014, Vol. 2014, Article ID 135218, 26 pp., DOI: 10.1155/2014/135218, WOS000334190900001, PMID24804197, eLIBRARY: 21874152,
  75. V.V. Aleoshin, K.V. Mikhailov, S.A. Karpov. The origin of fungi and microsporidians. In: Molecular Phylogenetics, (Eds.: A. Troitsky, L. Rusin, N. Petrov), Moscow: Torus Press, 2014, P. 4, eLIBRARY: 25432785
  76. V. Ivanenko, M.A. Nikitin, K.V. Mikhailov, S. Moudrova, E.V. Romanova, G. Abizova, V.V. Aleoshin. Molecular phylogeny of Copepoda (Crustacea) with emphasis on symbiotic taxa. In: Molecular Phylogenetics, (Eds.: A. Troitsky, L. Rusin, N. Petrov), Moscow: Torus Press, 2014, P. 22, eLIBRARY: 25432801
  77. N.B. Petrov, I.P. Vladychenskaya, V.V. Aleoshin, O.G. Manylov. Neodasys (Gastrotricha) belongs to Macrodasyida not Chaetonotida: evidence from 18 and 28S rRNA gene sequences. In: Molecular Phylogenetics, (Eds.: A. Troitsky, L. Rusin, N. Petrov), Moscow: Torus Press, 2014, P. 57, eLIBRARY: 25432833
  78. E.V. Romanova, V.V. Aleoshin, K.V. Mikhailov, M.D. Logacheva, R.M. Kamaltynov, D.Yu. Sherbakov. Structural and phylogenetic analysis of mitochondrial genomes of amphipods from lake Baikal. In: Molecular Phylogenetics, (Eds.: A. Troitsky, L. Rusin, N. Petrov), Moscow: Torus Press, 2014, P. 60, eLIBRARY: 25432836
  79. К.В. Михайлов, Д.В. Тихоненков, Я. Янушкович, А.Ю. Дякин, М.В. Офицеров, А.П. Мыльников, В.В. Алешин. Первичная структура гена 28S рРНК подтверждает родство свободноживущих гетеротрофных и фототрофных Apicomplexa (Alveolata). Биохимия, 2015, том 80, вып. 11, стр. 1715–1723.
    eLIBRARY24852289,
    Перевод: K.V. Mikhailov, D.V. Tikhonenkov, J. Janouskovec, A.Yu. Diakin, M.V. Ofitserov, A.P. Mylnikov, V.V. Aleshin. Primary structure of 28S rRNA gene confirms monophyly of free-living heterotrophic and phototrophic apicomplexans (Alveolata). Biochemistry (Moscow), Nov 2015, Vol. 80, Iss. 11, P. 1492–1499.
    DOI: 10.1134/S0006297915110115, WOS000365274100011, Scopus: 2-s2.0-84947475560, PMID26615441, eLIBRARY: 24971911,
  80. T.G. Simdyanov, A.Yu. Diakin, V.V. Aleoshin. Ultrastructure and 28S rDNA phylogeny of two gregarines: Cephaloidophora cf. communis and Heliospora cf. longissima with remarks on gregarine morphology and phylogenetic analysis. Acta Protozoologica, 2015, Vol. 54, No. 3, P. 241–263.
    DOI: 10.4467/16890027AP.15.020.3217, WOS000360378300008, Scopus: 2-s2.0-84938528596, eLIBRARY: 23995848,
  81. Д.В. Тихоненков, А.П. Мыльников, К.В. Михайлов, В.В. Алёшин. Ранняя филогения и эволюция альвеолят. Пенза: ПГУ, 2016, 166 стр., ISBN 978-5-906913-21-0
  82. K.V. Mikhailov, G.S. Slyusarev, M.A. Nikitin, M.D. Logacheva, A.A. Penin, V.V. Aleoshin, Y.V. Panchin. The genome of Intoshia linei affirms orthonectids as highly simplified spiralians. Current Biology, Jul 11 2016, Vol. 26, Iss. 13, P. 1768–1774.
    DOI: 10.1016/j.cub.2016.05.007, WOS000384799500045, Scopus: 2-s2.0-84978496387, PMID27374341, eLIBRARY: 27059215. $ RSF 14-50-00150. i,
  83. V.V. Aleoshin, A.P. Mylnikov, G.S. Mirzaeva, K.V. Mikhailov, S.A. Karpov. Heterokont predator Develorapax marinus gen. et sp. nov. – A model of the ochrophyte ancestor. Frontiers in Microbiology, Aug 3 2016, Vol. 7, Article 1194.
    DOI: 10.3389/fmicb.2016.01194, WOS000380655100003, Scopus: 2-s2.0-84988878438, PMID27536283, eLIBRARY: 27569575,
  84. E.V. Romanova, V.V. Aleoshin, R.M. Kamaltynov, K.V. Mikhailov, M.D. Logacheva, E.A. Sirotinina, A.Yu. Gornov, A.S. Anikin, D.Yu. Sherbakov. Evolution of mitochondrial genomes in Baikalian amphipods. BMC Genomics, Dec 28 2016, Vol. 17, No. 14, Article 1016.
    DOI: 10.1186/s12864-016-3357-z, WOS000416074600007, Scopus: 2-s2.0-85007449330, PMID28105939, eLIBRARY: 28101069. $ RSF 14-50-00029. i,
  85. O.V. Popova, K.V. Mikhailov, M.A. Nikitin, M.D. Logacheva, A.A. Penin, M.S. Muntyan, O.S. Kedrova, N.B. Petrov, Y.V. Panchin, V.V. Aleoshin. Mitochondrial genomes of kinorhyncha: trnM duplication and new gene orders within animals. PLoS ONE, Oct 18 2016, Vol. 11, No. 10, e0165072.
    DOI: 10.1371/journal.pone.0165072, WOS000386203800054, Scopus: 2-s2.0-84992431163, PMID27755612, eLIBRARY: 27580810. $ RSF 14-50-00150.
  86. A. Diakin, G.G. Paskerova, T.G. Simdyanov, V.V. Aleoshin, A. Valigurova. Morphology and molecular phylogeny of coelomic gregarines (Apicomplexa) with different types of motility: Urospora ovalis and U. travisiae from the polychaete Travisia forbesii. Protist, Jun 2016, Vol. 167, No. 3, P. 279–301.
    DOI: 10.1016/j.protis.2016.05.001, WOS000378578900006, Scopus: 2-s2.0-84970006305, PMID27239726, eLIBRARY: 27155324,
  87. E.V. Romanova, K.V. Mikhailov, M.D. Logacheva, R.M. Kamaltynov, V.V. Aleoshin, D.Y. Sherbakov. The complete mitochondrial genome of Baikalian amphipoda Eulimnogammarus vittatus Dybowsky, 1874. Mitochondrial DNA Part A, May 2016, Vol. 27, Iss. 3, P. 1795–1797.
    DOI: 10.3109/19401736.2014.963817, WOS000377538000100, Scopus: 2-s2.0-85007501409, PMID25264843,
  88. E.V. Romanova, K.V. Mikhailov, M.D. Logacheva, R.M. Kamaltynov, V.V. Aleoshin, D.Yu. Sherbakov. The complete mitochondrial genome of a deep-water Baikalian amphipoda Brachyuropus grewingkii (Dybowsky, 1874). Mitochondrial DNA Part A, Nov 2016, Vol. 27, Iss. 6, P. 4158–4159.
    DOI: 10.3109/19401736.2014.1003891, WOS000393307200128, Scopus: 2-s2.0-85003582759, PMID25600751, eLIBRARY: 29474579,
  89. T.S. Panfilkina, T.G. Simdyanov, V.V. Aleoshin, G.G. Paskerova. Agamococcidians: coccidians or gregarines? New species and new data on the phylogenetic position of the group. Protistology, 2016, Vol. 10, No. 2, P. 56–57.
    eLIBRARY: 26549038,
  90. Б.Д. Ефейкин, К.В. Михайлов, О.В. Попова, В.В. Алёшин, С.Э. Спиридонов, Ю.В. Панчин. Новый взгляд на систематику волосатиков в свете использования молекулярных данных. в книге Современные проблемы теоретической и морской паразитологии, сборник научных статей, ред.: К.В. Галактионов, А.В. Гаевская, Севастополь, Изд-ль Бондаренко Н.Ю., 2016, стр. 28–30.
    eLIBRARY27547509,
  91. К.В. Михайлов, Г.С. Слюсарев, М.А. Никитин, М.Д. Логачева, А.А. Пенин, В.В. Алёшин, Ю.В. Панчин. Геном Intoshia linei подтверждает взгляд на ортонектид как сильно упрощенных Spiralia. в книге Современные проблемы теоретической и морской паразитологии, сборник научных статей, ред.: К.В. Галактионов, А.В. Гаевская, Севастополь, Изд-ль Бондаренко Н.Ю., 2016, стр. 44–45.
    eLIBRARY27547516,
  92. Т.С. Панфилкина, Г.Г Паскерова, Т.Г. Симдянов, В.В. Алёшин. Новые представители и филогенетическое положение группы агамококцидий (Apicomplexa: Agamococcidiorida). в книге Современные проблемы теоретической и морской паразитологии, сборник научных статей, ред.: К.В. Галактионов, А.В. Гаевская, Севастополь, Изд-ль Бондаренко Н.Ю., 2016, стр. 49–50.
    eLIBRARY27547518,
  93. O.A. Zverkov, L.Yu. Rusin, V.A. Lyubetsky, V.V. Aleoshin. Problem of phylogenetic position of dicyemids. Abstracts of the International Symposium "Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics" (CSGB-2016), Novosibirsk, Russia, August 29–31 2016, P. 68,
  94. K.V. Mikhailov, T.G. Simdyanov, V.V. Aleoshin. Genomic survey of a hyperparasitic microsporidian Amphiamblys sp. (Metchnikovellidae). Genome Biology and Evolution, Mar 1 2017, Vol. 9, Iss. 3, P. 454–467.
    DOI: 10.1093/gbe/evw235, WOS000402095700005, Scopus: 2-s2.0-85019712479, PMID27694476, eLIBRARY: 31029143, ISTINA: 28792492. $ RSF 14-50-00029.
  95. T.G. Simdyanov, L. Guillou, A.Yu. Diakin, K.V. Mikhailov, J. Schrevel, V.V. Aleoshin. A new view on the morphology and phylogeny of eugregarines suggested by the evidence from the gregarine Ancora sagittata (Leuckart, 1860) Labbe, 1899 (Apicomplexa: Eugregarinida). PeerJ, May 30 2017, Vol. 5, e3354.
    DOI: 10.7717/peerj.3354, WOS000402559800002, Scopus: 2-s2.0-85019759933, PMID28584702, eLIBRARY: 31048639, ISTINA: 60525047. $ RSF 14-50-00029.
  96. S.A. Karpov, K.S. Mamanazarova, O.V. Popova, V.V. Aleoshin, T.Y. James, M.A. Mamkaeva, V.S. Tcvetkova, A.E. Vishnyakov, J.E. Longcore. Monoblepharidomycetes diversity includes new parasitic and saprotrophic species with highly intronized rDNA. Fungal Biology, Aug 2017, Vol. 121, Iss. 8, P. 729–741.
    DOI: 10.1016/j.funbio.2017.05.002, WOS000406735600008, Scopus: 2-s2.0-85020461463, PMID28705399, eLIBRARY: 31038439, ISTINA: 60648835. $ RSF 14-50-00029.
  97. O.A. Zverkov, K.V. Mikhailov, L.Yu. Rusin, V.A. Lyubetsky, V.V. Aleoshin. Phylogenomic evidence disentangles affinities of the Mesozoa. Proceedings of the 4th International Congress on Invertebrate Morphology (ICIM4), Moscow, Russia, August 18–23 2017, P. 55.
    $ RSF 14-50-00150. i,
  98. T.G. Simdyanov, G.G. Paskerova, A. Valigurova, A. Diakin, M. Kovacikova, J. Schrevel, L. Guillou, A.A. Dobrovolskij, V.V. Aleoshin. First ultrastructural and molecular phylogenetic evidence from the blastogregarines, an early branching lineage of plesiomorphic Apicomplexa. Protist, Nov 2018, Vol. 169, Iss. 5, P. 697–726.
    DOI: 10.1016/j.protis.2018.04.006, WOS000444618900007, Scopus: 2-s2.0-85051705369, PMID30125804,
  99. V.V. Aleoshin, G.S. Slyusarev, K.V. Mikhailov, L.Yu. Rusin, O.V. Popova, O.A. Zverkov, V.A. Lyubetsky. Orthonectida and Dicyemida: two stories of body plan simplification. In: Molecular Phylogenetics, (Eds.: A. Troitsky, L. Rusin), Moscow: Torus Press, 2018, P. 3–4.
    DOI: 10.30826/MolPhy2018-01,
  100. С.В. Исаев, О.А. Зверков, К.В. Михайлов, В.В. Алёшин, Ю.В. Панчин. Кольцевые последовательности ДНК в геноме Dicyema sp.. Труды 42-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’18), Казань, Россия, 25–30 сентября 2018, стр. 584–587, i,
  101. Е.В. Романова, Ю.С. Букин, В.В. Алёшин, Д.Ю. Щербаков. Ремолдинг генов транспортных РНК в митохондриальных геномах. Механизмы регуляции функций органелл эукариотической клетки: Материалы докладов II Всероссийской научной конференции с международным участием, 22–24 мая 2018, Иркутск: Институт географии им. В.Б. Сочавы Сибирского отделения Российской академии наук, 2018, стр. 109–110.
    DOI: 10.31255/978-5-94797-318-1-109-110, eLIBRARY35306302,

Список обновлён: 09.12.2018

« back