Lab.6 IITP RAS logo
13/12/18
02:18:17

Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук

« back

Публикации сотрудника Олег Анатольевич Зверков

  1. A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov, V.A. Lyubetsky. Translation of some chloroplast genes is checked to allow for splicing and editing. Biophysics, 2006, Vol. 51, Suppl. 1, P. S18–S22, DOI: 10.1134/S0006350906070049, Scopus: 2-s2.0-44849110969, eLIBRARY: 13529379,
  2. L.Yu. Rusin, V.A. Lyubetsky, O.A. Zverkov, K.Yu. Gorbunov, V.V. V'yugin. Signal concentration in multiple sequence alignment: empirical and simulation studies. Society for Molecular Biology and Evolution Meeting SMBE'2006: Genomes, Evolution and Bioinformatics (GEB2006) conference, Tempe, Arizona, USA, May 24–28 2006, poster presentation, i
  3. V.A. Lyubetsky, A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov. RNA Structures upstream leuA Genes in α-proteobacteria. Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’07, Moscow, Russia, July 27–31 2007, P. 191–192,
  4. О.А. Зверков. Программный комплекс для согласования набора эволюционных деревьев и выявления эволюционных событий. Труды 51-й научной конференции МФТИ «Современные проблемы фундаментальных и прикладных наук», Москва, 28–30 ноября 2008, М.: МФТИ, 2008, часть 1, стр. 133–136,
  5. К.В. Лопатовская, О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Транскрипция генов синтеза пролина у бактерий родов Marinobacter, Pseudomonas и Shewanella регулируется белком семейства tetR. Труды 32-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’09), пос. д/о Бекасово, 15–18 декабря 2009, стр. 278–281, i,
  6. О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, Л.И. Рубанов, В.А. Любецкий. Моделирование конкуренции РНК-полимераз: влияние нокаута сигма субъединицы и температуры на экспрессию генов. Труды 32-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’09), пос. д/о Бекасово, 15–18 декабря 2009, стр. 328–331, i,
  7. V.A. Lyubetsky, O.A. Zverkov, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. Interaction between nucleome and plastome: heat shock response regulation in plastids of plants. Proceedings of the Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB'2010), Novosibirsk, Russia, June 20–27 2010, P. 161,
  8. О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Позиционная связь генов пластомов растений и водорослей. Труды 33-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’10), г. Геленджик, 20–24 сентября 2010, стр. 326–330, i,
  9. О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Об одном алгоритме кластеризации белков. Труды 53-й научной конференции МФТИ «Современные проблемы фундаментальных и прикладных наук», Москва, 24–29 ноября 2010, М.: МФТИ, 2010, часть I, том 1, стр. 118–119,
  10. V.A. Lyubetsky, O.A. Zverkov, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. Modeling RNA polymerase competition: the effect of σ-subunit knockout and heat shock on gene transcription level. Biology Direct, Jan 21 2011, Vol. 6, Article 3, DOI: 10.1186/1745-6150-6-3, WOS000287311800001, Scopus: 2-s2.0-78651579146, PMID21255416, eLIBRARY: 16645698,
  11. О.А. Зверков, К.Ю. Горбунов, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Кластеризация белков с учётом их доменной структуры. Труды 54-й научной конференции МФТИ «Проблемы фундаментальных и прикладных естественных и технических наук в современном информационном обществе», 25–26 ноября 2011, Москва, 25–26 ноября 2011, М.: МФТИ, 2011, Управление и прикладная математика, том 2, стр. 88–89, i,
  12. О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Белковые семейства, специфичные для пластомов небольших таксономических групп водорослей и простейших. Молекулярная биология, 2012, том 46, № 5, стр. 799–809, Scopus: 2-s2.0-84871877042, PMID23156680, eLIBRARY17928231,
    Перевод: O.A. Zverkov, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky. Plastid-encoded protein families specific for narrow taxonomic groups of algae and protozoa. Molecular Biology, 2012, Vol. 46, No. 5, P. 717–726, DOI: 10.1134/S0026893312050123, WOS000309711200013, Scopus: 2-s2.0-84867292580, eLIBRARY: 20491233,
  13. V.A. Lyubetsky, O.A. Zverkov, S.A. Pirogov, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov. Modeling RNA polymerase interaction in mitochondria of chordates. Biology Direct, Aug 9 2012, Vol. 7, Article 26, DOI: 10.1186/1745-6150-7-26, WOS000308796200001, Scopus: 2-s2.0-84864643052, PMID22873568, eLIBRARY: 20492347,
  14. К.В. Лопатовская, О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Регуляция транскрипции гена chlL у Viridiplantae. Информационные процессы, 2012, том 12, вып. 3, стр. 172–175, eLIBRARY17931130, i,
  15. О.А. Зверков, Л.Ю. Русин, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Вставки прямых повторов в микроэволюции пластид и митохондрий семенных растений. Информационные процессы, 2012, том 12, вып. 3, стр. 191–197, eLIBRARY17931132, i,
  16. O.A. Zverkov, S.A. Korolev, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky. Transcription regulation of plastid genes cysT and cysA in Viridiplantae. In: Molecular Phylogenetics, (Eds.: A. Troitsky, L. Rusin, V. Aleoshin), Moscow: Torus Press, 2012, P. 85, eLIBRARY: 25261273,
  17. О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Семейства белков, кодируемых в пластомах Chlorophyta, Euglenozoa и Rhizaria. Труды 35-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’12), г. Петрозаводск, 19–25 августа 2012, стр. 298–302, i,
  18. V.A. Lyubetsky, A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov. Transcription regulation of plastid genes involved in sulfate transport in Viridiplantae. BioMed Research International, 2013, Vol. 2013, Article ID 413450, DOI: 10.1155/2013/413450, WOS000324210600001, Scopus: 2-s2.0-84884259506, PMID24073405, eLIBRARY: 20455937, i,
  19. О.А. Зверков, Л.Ю. Русин, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Изучение вставок прямых повторов в микроэволюции митохондрий и пластид растений на основе кластеризации белков. Вестник Московского университета. Серия 16. Биология, 2013, № 1, стр. 8–13, DOI: 10.3103/S0096392513020119, eLIBRARY18909309,
    Перевод: O.A. Zverkov, L.Yu. Rusin, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky. Study of Direct Repeats in Micro Evolution of Plant Mitochondria and Plastids Based on Protein Clustering. Moscow University Biological Sciences Bulletin, 2013, Vol. 68, No. 2, P. 58–62, DOI: 10.3103/S0096392513020119, Scopus: 2-s2.0-84879161517, eLIBRARY: 20440011, i,
  20. В.А. Любецкий, А.В. Селиверстов, О.А. Зверков. Построение разделяющих паралоги семейств гомологичных белков, кодируемых в пластидах цветковых растений. Математическая биология и биоинформатика, 2013, том 8, № 1, стр. 225–233, Scopus: 2-s2.0-84884259236, eLIBRARY21104827, Mi: mbb141, i,
  21. О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Усредненная энтропия как характеристика консервативности участков генома. Вестник Тамбовского университета. Серия: Естественные и технические науки, 2013, том 18, вып. 5, стр. 2529–2531, eLIBRARY20200836,
  22. В.А. Любецкий, А.В. Селиверстов, О.А. Зверков. Семейства пластомных белков зелёных водорослей и растений. Mатериалы VII Московского Международного Конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития», Москва, 19–22 марта 2013, М.: ЗАО «Экспо-биохим-технологии», РХТУ им. Д.И. Менделеева, 2013, стр. 242–243,
    Перевод: V.A. Lyubetsky, A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov. Protein Families in Plastomes of Plants and Green Algae. Proceedings of the VII Moscow International Congress “Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development”, Moscow, Russia, March 19-22, 2013, Moscow: JSC “Expo-biochem-technologies”, D.I. Mendeleyev University of Chemistry and Technology of Russia, 2013, P. 243,
  23. О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Построение разделяющих паралоги семейств гомологичных белков, кодируемых в пластидах цветковых растений. Труды 37-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’13), Калининград, Россия, 1–6 сентября 2013, стр. 172–177,
  24. N.V. Kobets, D.B. Goncharov, A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov, V.A. Lyubetsky. Comparative analysis of apicoplast-targeted proteins in Toxoplasma gondii and other Apicomplexa species. Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’13, Moscow, Russia, July 25–28 2013, i,
  25. V.A. Lyubetsky, S.A. Korolev, A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov. Rho-dependent attenuation of sulfur metabolism in mycobacteria. Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’13, Moscow, Russia, July 25–28 2013, i,
  26. О.А. Зверков. Использование быстрых алгоритмов в задаче кластеризации последовательностей. Современные информационные технологии и ИТ-образование, 2013, № 9, стр. 757–763, eLIBRARY23020601,
  27. V.A. Lyubetsky, S.A. Korolev, A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov, L.I. Rubanov. Gene expression regulation of the PF00480 or PF14340 domain proteins suggests their involvement in sulfur metabolism. Computational Biology and Chemistry, Apr 2014, Vol. 49, P. 7–13, DOI: 10.1016/j.compbiolchem.2014.01.001, WOS000335289200002, Scopus: 2-s2.0-84893856987, PMID24513779, eLIBRARY: 21864797. $ MESRF 8481 & 14.740.11.1053, RFBR 13-04-40196-Н. i,
  28. О.А. Зверков, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов. Поиск ультраконсервативных элементов у простейших типа Apicomplexa. Современные информационные технологии и ИТ-образование, 2014, № 10, стр. 865–870, eLIBRARY23020710,
  29. О.А. Зверков. Функции и эволюция РНК-полимераз в митохондриях и пластидах. Автореферат диссертации на соискание учёной степени кандидата физико-математических наук (03.01.09 – Математическая биология, биоинформатика), Москва, 2014, 26 стр., eLIBRARY30404972,
  30. О.А. Зверков. Функции и эволюция РНК-полимераз в митохондриях и пластидах. Диссертация на соискание учёной степени кандидата физико-математических наук (03.01.09 – Математическая биология, биоинформатика), Москва, 2014, 112 стр.,
  31. O.A. Zverkov, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky. A Database of Rhodophyte Plastid Protein Families and Regulation of moeB Genes. Abstracts of the Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB'2014), Novosibirsk, Russia, June 23–28 2014, P. 176. $ RFBR 13-04-40196-Н.
  32. O.A. Zverkov, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky. A Database of Plastid Protein Families from Red Algae and Apicomplexa and Expression Regulation of the moeB Gene. BioMed Research International, 2015, Vol. 2015, Article ID 510598.
    DOI: 10.1155/2015/510598, WOS000356268600001, Scopus: 2-s2.0-84934923822, PMID26114108, eLIBRARY: 23984599. $ RFBR 13-04-40196-Н. i,
  33. A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov, S.N. Istomina, S.A. Pirogov, P.S. Kitsis. Comparative Analysis of Apicoplast-Targeted Protein Extension Lengths in Apicomplexan Parasites. BioMed Research International, 2015, Vol. 2015, Article ID 452958.
    DOI: 10.1155/2015/452958, WOS000356263000001, Scopus: 2-s2.0-84935006924, PMID26114107, eLIBRARY: 23985518. $ RSF 14-50-00150. i,
  34. С.А. Королев, А.В. Селиверстов, О.А. Зверков, В.А. Любецкий. Классическая аттенюаторная регуляция, зависимая от концентрации триптофана, у актинобактерий. Современные информационные технологии и ИТ-образование, 2015, том 2, № 11, стр. 565–568.
    eLIBRARY26167546. $ РНФ 14-50-00150.
  35. О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. О транскрипционных факторах, кодируемых в пластидах родофитной ветви. Современные информационные технологии и ИТ-образование, 2015, том 2, № 11, стр. 571–575.
    eLIBRARY26167548. $ РНФ 14-50-00150.
  36. Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов, О.А. Зверков, В.А. Любецкий. Ультраконсервативные элементы у простейших из надтипа Alveolata. Современные информационные технологии и ИТ-образование, 2015, том 2, № 11, стр. 581–585.
    eLIBRARY26167551. $ РНФ 14-50-00150.
  37. V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, O.A. Zverkov, L.Yu. Rusin, A.V. Seliverstov, A.G. Zaraisky. A method of detecting local gene synteny rearrangement. Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’15, Moscow, Russia, July 16–19 2015, Moscow, IITP RAS, 2015, P. 249–252.
    eLIBRARY: 23913986, i. $ RFBR 13-04-40196-Н.
  38. S.A. Korolev, S.A. Lyzhin, O.A. Zverkov, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky. A Search for Genes Encoding Histidine-Containing Leader Peptides in Actinobacteria. Proceedings of the 39th IITP RAS Interdisciplinary Conference & School “Information Technology and Systems 2015” (ITaS’15), Sochi, Russia, Sep 7–11 2005, Moscow: IITP, 2015, P. 53–60.
    eLIBRARY: 24378300. $ RSF 14-50-00150. i,
  39. В.А. Любецкий, Л.И. Рубанов, А.В. Байрамов, И.В. Шандарин, А.С. Иванова, Л.Ю. Русин, О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, А.Г. Зарайский. Широкомасштабный поиск потерь, приобретений и нарушений синтении генов у позвоночных животных. Материалы VIII Московского Международного Конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития», Москва, 17–20 марта 2015, часть 1, стр. 259–260.
    eLIBRARY25631493. $ РФФИ 13-04-40196-Н.
    Перевод: V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, A.V. Bairamov, I.V. Shandarin, A.S. Ivanova, L.Yu. Rusin, O.A. Zverkov, A.V. Seliverstov, A.G. Zaraisky. A Large-scale Search for Gene Losses, Gains and Syntenic Rearrangements in Vertebrate Animals. Materials of the VIII Moscow International Congress “Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development”, Moscow, Russia, March 17–20 2015, Part 1, P. 260–261.
    $ RFBR 13-04-40196-Н.
  40. S.A. Korolev, O.A. Zverkov, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky. Ribosome reinitiation at leader peptides increases translation of bacterial proteins. Biology Direct, Apr 16 2016, Vol. 11, Article 20.
    DOI: 10.1186/s13062-016-0123-8, WOS000374523200001, Scopus: 2-s2.0-84963540230, PMID27084079, eLIBRARY: 27003448, ePDF: rdcu.be/6m2x. $ RSF 14-50-00150. i,
  41. L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov, V.A. Lyubetsky. A method for identification of highly conserved elements and evolutionary analysis of superphylum Alveolata. BMC Bioinformatics, Sep 20 2016, Vol. 17, Article 385, 16 pp.
    DOI: 10.1186/s12859-016-1257-5, WOS000383404500001, Scopus: 2-s2.0-84988489465, PMID27645252, eLIBRARY: 27576567. $ RSF 14-50-00150. i,
  42. O.A. Zverkov, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky. Regulation of expression and evolution of genes in plastids of rhodophytic branch. Life, Jan 29 2016, Vol. 6, Iss. 1, Article 7, 13 pp.
    DOI: 10.3390/life6010007, Scopus: 2-s2.0-84957874701, PMID26840333, eLIBRARY: 27032554. $ RSF 14-50-00150. i,
  43. S.A. Korolev, K.Yu. Gorbunov, O.A. Zverkov, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky. Degenerate inverted repeats in the genomes of mycobacterium. CEUR Workshop Proceedings, 2016, Vol. 1763, P. 182–187, in Russian.
    Scopus: 2-s2.0-85009399359, eLIBRARY: 29477080, ISTINA: 87047396. $ РНФ 14-50-00150. i,
  44. С.А. Королев, К.Ю. Горбунов, О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Вырожденные инвертированные повторы в геномах микобактерий. Современные информационные технологии и ИТ-образование, 2016, том 12, № 1, стр. 182–187.
    eLIBRARY27539233. $ РНФ 14-50-00150.
  45. Л.И. Рубанов, О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Высоко консервативные элементы в митохондриях однодольных растений. Современные информационные технологии и ИТ-образование, 2016, том 12, № 2, стр. 211–215.
    eLIBRARY28151042,
  46. V.A. Lyubetsky, S.A. Korolev, O.A. Zverkov, A.V. Seliverstov. Ribosome reinitiation at leader peptides increases translation of bacterial proteins. International Conference SocBiN Bioinformatics 2016, Abstracts of the 15th annual SocBiN conference, Moscow, Russia, June 14–16 2016, P. 26–28, i,
  47. O.A. Zverkov, L.Yu. Rusin, V.A. Lyubetsky, V.V. Aleoshin. Problem of phylogenetic position of dicyemids. Abstracts of the International Symposium "Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics" (CSGB-2016), Novosibirsk, Russia, August 29–31 2016, P. 68,
  48. R.A. Gershgorin, K.Yu. Gorbunov, O.A. Zverkov, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky. Highly conserved elements and chromosome structure evolution in mitochondrial genomes in ciliates. Life, Feb 27 2017, Vol. 7, Iss. 1, Article 9, 11 pp.
    DOI: 10.3390/life7010009, Scopus: 2-s2.0-85016311163, PMID28264444, eLIBRARY: 29483092, ISTINA: 87046898. $ RSF 14-50-00150. i,
  49. V.A. Lyubetsky, D.D. Korotkova, A.S. Ivanova, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov, A.M. Nesterenko, M.B. Tereshina, A.G. Zaraisky. Novel transmembrane protein c-Answer revealed by bioinformatic screening of genes present only in well regenerating animals. FEBS Journal, Sep 8 2017, Vol. 284, Iss. S1, P. 155.
    DOI: 10.1111/febs.14174, WOS000409918902164, ISTINA: 87047101. $ RSF 14-50-00150. i, ,
  50. В.А. Любецкий, Л.И. Рубанов, К.Ю. Горбунов, О.А. Зверков, А.В. Селиверстов. Высококонсервативные элементы в митохондриях инфузорий и однодольных растений. Материалы IX Международного Конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития», Москва, 20–22 февраля 2017, часть 1, стр. 392.
    eLIBRARY29220438,
    Перевод: V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, K.Yu. Gorbunov, O.A. Zverkov, A.V. Seliverstov. Highly conserved elements in mitochondrial genomes of ciliates and monocots. Materials of the IX International Congress “Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development”, Moscow, Russia, February 20–22 2017, Part 1, P. 393.
    eLIBRARY: 29220438,
  51. V.A. Lyubetsky, R.A. Gershgorin, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov, O.A. Zverkov. Evolution and systematics of plastids of rhodophytic branch. Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’17, Moscow, Russia, July 27–30 2017, P. 48.
    eLIBRARY: 32563226. $ RSF 14-50-00150. i,
  52. O.A. Zverkov, K.V. Mikhailov, L.Yu. Rusin, V.A. Lyubetsky, V.V. Aleoshin. Phylogenomic evidence disentangles affinities of the Mesozoa. Proceedings of the 4th International Congress on Invertebrate Morphology (ICIM4), Moscow, Russia, August 18–23 2017, P. 55.
    $ RSF 14-50-00150. i,
  53. A.V. Seliverstov, L.I. Rubanov, G.A. Shilovsky, O.A. Zverkov, V.A. Lyubetsky. Longevity in euarchontoglires: lost genes as a determinant. FEBS Open Bio, Jul 5 2018, Vol. 8, Suppl. 1, P. 456–457.
    DOI: 10.1002/2211-5463.12453, WOS000437674105151, ISTINA: 129706313. $ RSF 14-50-00150.
  54. O.A. Zverkov, L.I. Rubanov, L.Yu. Rusin, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky. Finding long highly conserved elements in complete animal genomes. CEUR Workshop Proceedings, Feb 23 2018, Vol. 2064, Convergent Cognitive Information Technologies 2017, P. 402–408, in Russian.
    Scopus: 2-s2.0-85044513196, ISTINA: 110759752. $ РНФ 14-50-00150. i,
  55. V.V. Aleoshin, G.S. Slyusarev, K.V. Mikhailov, L.Yu. Rusin, O.V. Popova, O.A. Zverkov, V.A. Lyubetsky. Orthonectida and Dicyemida: two stories of body plan simplification. In: Molecular Phylogenetics, (Eds.: A. Troitsky, L. Rusin), Moscow: Torus Press, 2018, P. 3–4.
    DOI: 10.30826/MolPhy2018-01,
  56. A.V. Seliverstov, G.A. Shilovsky, L.I. Rubanov, O.A. Zverkov, V.A. Lyubetsky. Longevity in mammals: lost genes as a determinant. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB-2018): The Eleventh International Conference Abstracts, 20–25 August 2018, Novosibirsk, Russia, Novosibirsk: ICG SB RAS, 2018, P. 249.
    DOI: 10.18699/BGRSSB-2018-221,
  57. С.В. Исаев, О.А. Зверков, К.В. Михайлов, В.В. Алёшин, Ю.В. Панчин. Кольцевые последовательности ДНК в геноме Dicyema sp.. Труды 42-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’18), Казань, Россия, 25–30 сентября 2018, стр. 584–587, i,

Список обновлён: 09.12.2018

« back