Lab.6 IITP RAS logo
20/04/24
13:47:46

Лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике
Института проблем передачи информации им. А.А. Харкевича
Российской академии наук
« back

Публикации сотрудника Константин Юрьевич Горбунов

  1. К.Ю. Горбунов. Не существует перечислимого семейства контекстно-свободных грамматик, порождающего класс всех однозначных языков. Математические заметки, 1991, том 50, вып. 1, стр. 34–40, Mi: mzm3000,
    Перевод: K.Yu. Gorbunov. There does not exist an enumerable family of context-free grammars that generates the class of single-valued languages. Mathematical Notes, Jul-Aug 1991, Vol. 50, Iss. 1, P. 683–687, DOI: 10.1007/BF01156601, WOS: A1991HK92100004, eLIBRARY: 30894908,
  2. К.Ю. Горбунов. Контекстно-свободная выводимость графов, не реализующих плоскую решетку. Доклады Академии наук СССР, 1991, том 316, вып. 2, стр. 270–274
  3. K.Yu. Gorbunov. On a complexity of the formula (A ∨ B) ⇒ C. Theoretical Computer Science, Nov 6 1998, Vol. 207, Iss. 2, P. 383–386, DOI: 10.1016/S0304-3975(98)00074-7, WOS: 000076033800007, eLIBRARY: 13302525, i,
  4. K.Yu. Gorbunov. An estimate of the tree-width of a planar graph which has not a given planar grid as a minor. In: Graph-Theoretic Concepts in Computer Science, Lecture Notes in Computer Science, 1998, Vol. 1517, P. 372–383, DOI: 10.1007/10692760_30, WOS: 000083174200030, eLIBRARY: 24947049,
  5. R. Diestel, T.R. Jensen, K.Yu. Gorbunov, C. Thomassen. Highly connected sets and the excluded grid theorem. Journal of Combinatorial Theory. Series B, Jan 1999, Vol. 75, Iss. 1, P. 61–73, DOI: 10.1006/jctb.1998.1862, WOS: 000078082100005, Scopus: 2-s2.0-0001853238, eLIBRARY: 13323756,
  6. К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Об алгоритме выявления регуляторного сигнала в наборе последовательностей. Логические исследования, М.: Наука, 2000, вып. 7, стр. 159–163, eLIBRARY: 21575669
  7. В.В. Вьюгин, К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Алгоритмы выделения регуляторного сигнала и построения эволюционных деревьев. Труды II международной конференции «Проблемы управления и моделирования в сложных системах», Самара, 20–23 июня 2000, Самара: Самарский научный центр РАН, 2000, стр. 130–137
  8. К.Ю. Горбунов. Об оценке матричной сложности множества. Труды II международной конференции «Проблемы управления и моделирования в сложных системах», Самара, 20–23 июня 2000, Самара: Самарский научный центр РАН, 2000, стр. 138–140
  9. Л.В. Данилова, К.Ю. Горбунов, М.С. Гельфанд, В.А. Любецкий. Алгоритм выделения регуляторных сигналов в последовательностях ДНК. Молекулярная биология, 2001, том 35, № 6, стр. 987–995, Scopus: 2-s2.0-0035513228, PMID: 11771146,
    Перевод: L.V. Danilova, K.Yu. Gorbunov, M.S. Gelfand, V.A. Lyubetskii. Algorithm of regulatory signal recognition in DNA sequences. Molecular Biology, Nov–Dec 2001, Vol. 35, No. 6, P. 841–848, DOI: 10.1023/A:1013282101105, WOS: 000173100100008, Scopus: 2-s2.0-0035497842, eLIBRARY: 13370921,
  10. Л.В. Данилова, К.Ю. Горбунов, М.С. Гельфанд, В.А. Любецкий. Алгоритм выделения регуляторных сигналов в последовательностях ДНК. Информационные процессы, 2001, том 1, № 1, стр. 56–63, eLIBRARY: 9116966, i,
  11. К.Ю. Горбунов. Об одной модели информационной зависимости в алгебраической геометрии. Информационные процессы, 2001, том 1, № 2, стр. 147–149, eLIBRARY: 9117531, i,
  12. К.Ю. Горбунов, Е.В. Любецкая, В.А. Любецкий. О двух алгоритмах поиска альтернативной вторичной структуры РНК. Информационные процессы, 2001, том 1, № 2, стр. 178–187, eLIBRARY: 9117534, i,
  13. К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Алгоритм поиска консервативных вторичных структур в наборе фрагментов РНК. Информационные процессы, 2002, том 2, № 1, стр. 55–58, eLIBRARY: 9117549, i,
  14. K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. An algorithm for searching for common secondary structures in a set of RNA sequences. Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002), Novosibirsk, Russia, July 14–20 2002, Vol. 3, P. 20–22, i,
  15. К.Ю. Горбунов, А.А. Миронов, В.А. Любецкий. Поиск консервативных вторичных структур РНК. Молекулярная биология, 2003, том 37, № 5, стр. 850–860, Scopus: 2-s2.0-1542601154, PMID: 14593922, eLIBRARY: 17674080,
    Перевод: K.Yu. Gorbunov, A.A. Mironov, V.A. Lyubetsky. Search for conserved secondary structures of RNA. Molecular Biology, Sep-Oct 2003, Vol. 37, No. 5, P. 723–732, DOI: 10.1023/A:1026089011336, WOS: 000186455600011, Scopus: 2-s2.0-1642578789, eLIBRARY: 13442137,
  16. K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. An algorithm for detecting common secondary structures in a set of RNA sequences. Biophysics, 2003, Vol. 48, Suppl. 1, P. S56–S67, Scopus: 2-s2.0-33750574791, eLIBRARY: 13432908
  17. В.А. Любецкий, К.Ю. Горбунов. Поиск консервативных вторичных структур РНК. Информационные процессы, 2003, том 3, № 1, стр. 47–60, eLIBRARY: 9124503, i,
  18. K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. Detecting common secondary structures in a set of RNA sequences and its testing. Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’03, Moscow, Russia, July 22–25 2003, P. 83–85
  19. К.Ю. Горбунов. Одно обобщение теоремы Гильберта о базисе. Математические заметки, 2003, том 74, № 4, стр. 508–516, DOI: 10.4213/mzm286, Mi: mzm286,
    Перевод: K.Yu. Gorbunov. A generalization of the Hilbert basis theorem. Mathematical Notes, Sep–Oct 2003, Vol. 74, No. 3-4, P. 483–490, DOI: 10.1023/A:1026187625738, WOS: 000186455400022, Scopus: 2-s2.0-0345863703, eLIBRARY: 13416954,
  20. K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. A model of tryptophan biosynthesis regulation. Proceedings of the Fourth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2004), Novosibirsk, Russia, July 25–30 2004, Vol. 2, P. 53–55, WOS: 000242400300011, i,
  21. К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Модель регуляции биосинтеза. Труды VI международной конференции «Проблемы управления и моделирования в сложных системах», Самара, 14–17 июня 2004, Самара: Самарский научный центр РАН, 2004, стр. 151–153
  22. V.A. Lyubetsky, K.Yu. Gorbunov, V.V. V'yugin. Inferring evolutionary events, quality of COGs, measuring the dissimilarity between gene and species trees. Presentation abstracts of the EMBO World Phylogenetic Course 2004, Rio de Janeiro, Brazil, Nov 1–7 2004, устное сообщение
  23. К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Поиск предковых генов, нарушающих согласованность деревьев белков и видов. Молекулярная биология, 2005, том 39, № 5, стр. 847–858, WOS: 000232615100012, Scopus: 2-s2.0-33644644463, PMID: 16240718, eLIBRARY: 9156026
    Перевод: K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. Identification of ancestral genes that introduce incongruence between protein- and species trees. Molecular Biology, Sep–Oct 2005, Vol. 39, No. 5, P. 741–751, DOI: 10.1007/s11008-005-0089-6, Scopus: 2-s2.0-27744576123, eLIBRARY: 13498057,
  24. В.А. Любецкий, К.Ю. Горбунов, С.А. Пирогов, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов. Алгоритм и результаты счета для модели регуляции экспрессии генов у бактерий на основе формирования вторичных структур РНК. Информационные процессы, 2005, том 5, № 5, стр. 337–366, eLIBRARY: 9124569, i,
  25. В.А. Любецкий, К.Ю. Горбунов, В.В. Вьюгин, Л.Ю. Русин. Удаление шума в множественном выравнивании белковых последовательностей. Информационные процессы, 2005, том 5, № 5, стр. 380–391, eLIBRARY: 9124571, i,
  26. K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. Algorithms to reconstruct ancestral gene evolution events. Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’05, Moscow, Russia, July 18–21 2005, P. 128–129
  27. С.А. Пирогов, К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Макро- и микросостояния в модели аттенюаторной регуляции экспрессии генов у бактерий. Труды VII международной конференции «Проблемы управления и моделирования в сложных системах», Самара, 27 июня – 01 июля 2005, Самара: Самарский научный центр РАН, 2005, стр. 210–215
  28. V.A. Lyubetsky, K.Yu. Gorbunov, L.Yu. Rusin, V.V. V'yugin. Algorithms to reconstruct evolutionary events at molecular level and infer species phylogeny. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II, Springer US, 2006, Part 1, P. 189–204, DOI: 10.1007/0-387-29455-4_20, WOS: 000234508700021,
  29. K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. Inferring regulatiory signal profiles and evolutionary events. Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia, July 16–22 2006, Vol. 3, P. 151–154, WOS: 000243859500031, i,
  30. L.Yu. Rusin, V.A. Lyubetsky, O.A. Zverkov, K.Yu. Gorbunov, V.V. V'yugin. Signal concentration in multiple sequence alignment: empirical and simulation studies. Society for Molecular Biology and Evolution Meeting SMBE'2006: Genomes, Evolution and Bioinformatics (GEB2006) conference, Tempe, Arizona, USA, May 24–28 2006, poster presentation, i
  31. К.Ю. Горбунов. Оценка числа элементов покрытия произвольного теста на случайность частотными тестами. Проблемы передачи информации, 2007, том 43, вып. 1, стр. 56–66, eLIBRARY: 9469527, Mi: ppi6,
    Перевод: K.Yu. Gorbunov. Bound on the cardinality of a covering of an arbitrary randomness test by frequency tests. Problems of Information Transmission, 2007, Vol. 43, No. 1, P. 48–56, DOI: 10.1134/S0032946007010061, WOS: 000255299000006, Scopus: 2-s2.0-34247587197, eLIBRARY: 13557019,
  32. К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Реконструкция предковых регуляторных сигналов вдоль дерева эволюции фактора транскрипции. Молекулярная биология, 2007, том 41, № 5, стр. 918–925, PMID: 18240574, eLIBRARY: 9534391,
    Перевод: K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. Reconstruction of ancestral regulatory signals along a transcription factor tree. Molecular Biology, Oct 2007, Vol. 41, No. 5, P. 836–842, DOI: 10.1134/S0026893307050172, WOS: 000250240200016, Scopus: 2-s2.0-35349021081, eLIBRARY: 13544074,
  33. В.А. Любецкий, Е.А. Жижина, К.Ю. Горбунов, А.В. Селиверстов. Модель эволюции нуклеотидной последовательности. Математические методы распознавания образов, 2007, том 13, № 1, стр. 605–609, eLIBRARY: 29129790,
  34. K.Yu. Gorbunov, D. Radionov, O.N. Laikova, M.S. Gelfand, V.A. Lyubetsky. Reconstruction of ancestral regulatory signal along a phylogeny. Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’07, Moscow, Russia, July 27–31 2007, P. 111–113,
  35. K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. Modeling evolution of the nucleotide sequence with secondary structure. Proceedings of the international scientific conference “Computational Phylogenetics and Molecular Systematics, CPMS’2007”, Moscow, Russia, November 16–19 2007, KMK Scientific Press, P. 68–75
  36. V.A. Lyubetsky, A.V. Seliverstov, K.Yu. Gorbunov. Models of gene expression regulation and evolution of regulatory elements. Proceedings of the international scientific conference “Computational Phylogenetics and Molecular Systematics, CPMS’2007”, Moscow, Russia, November 16–19 2007, KMK Scientific Press, P. 158–165
  37. K.Yu. Gorbunov, V.G. Kanovei, V.A. Lyubetsky. Inferring optimal scenario of gene evolution along a species tree. Abstracts of The Sixth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2008), Novosibirsk, Russia, June 22–28 2008, P. 90, i,
  38. Е.В. Любецкая, К.Ю. Горбунов. Алгоритмы реконструкции эволюции регуляторных сигналов. Труды 51-й научной конференции МФТИ «Современные проблемы фундаментальных и прикладных наук», Москва, 28–30 ноября 2008, М.: МФТИ, 2008, часть 1, стр. 144–146,
  39. К.Ю. Горбунов, Е.В. Любецкая, Е.В. Асарин, В.А. Любецкий. Реконструкция эволюции бактериальных регуляторных сигналов, основанных на вторичной структуре. Молекулярная биология, 2009, том 43, № 3, стр. 527–541, PMID: 19548539, eLIBRARY: 12136534,
    Перевод: K.Yu. Gorbunov, E.V. Lyubetskaya, E.A. Asarin, V.A. Lyubetsky. Modeling evolution of the bacterial regulatory signals involving secondary structure. Molecular Biology, 2009, Vol. 43, No. 3, P. 485–499, DOI: 10.1134/S0026893309030170, WOS: 000267296800017, Scopus: 2-s2.0-67650653463, eLIBRARY: 13601983,
  40. К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Реконструкция эволюции генов вдоль дерева видов. Молекулярная биология, 2009, том 43, № 5, стр. 946–958, PMID: 19899641, eLIBRARY: 12902016,
    Перевод: K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. Reconstructing the evolution of genes along the species tree. Molecular Biology, Oct 2009, Vol. 43, No. 5, P. 881–893, DOI: 10.1134/S0026893309050197, WOS: 000270682000019, Scopus: 2-s2.0-70350350918, eLIBRARY: 15308878,
  41. K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. Inferring gene evolution along a species tree. Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’09, Moscow, Russia, July 20–23 2009, P. 120–121
  42. К.Ю. Горбунов, Е.В. Любецкая. Реконструкция эволюции белковых семейств. Труды 32-й конференции «Информационные технологии и системы» (ИТиС’09), пос. д/о Бекасово, 15–18 декабря 2009, стр. 332–334, i,
  43. К.В. Лопатовская, К.Ю. Горбунов, Л.Ю. Русин, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Эволюция транскрипционной регуляции синтеза пролина у гамма-протеобактерий. Вестник Московского университета. Серия 16. Биология, 2010, том 65, № 4, стр. 92–94, eLIBRARY: 15618255,
    Перевод: K.V. Lopatovskaya, K.Yu. Gorbunov, L.Yu. Rusin, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky. The evolution of proline synthesis transcriptional regulation in gammaproteobacteria. Moscow University Biological Sciences Bulletin, 2010, Vol. 65, No. 4, P. 211–212, DOI: 10.3103/S0096392510040255,
  44. K.Yu. Gorbunov, O.N. Laikova, D.A. Rodionov, M.S. Gelfand, V.A. Lyubetsky. Evolution of regulatory motifs of bacterial transcription factors. In Silico Biology, 2010, Vol. 10, No. 3-4, P. 163–183, DOI: 10.3233/ISB-2010-0425, Scopus: 2-s2.0-80052006134, PMID: 22430290, eLIBRARY: 18087295,
  45. J.-Ph. Doyon, C. Scornavacca, K.Yu. Gorbunov, G.J. Szollosi, V. Ranwez, V. Berry. An efficient algorithm for gene/species trees parsimonious reconciliation with losses, duplications and transfers. In: Comparative Genomics, Lecture Notes in Bioinformatics, Springer-Verlag Berlin Heidelberg, 2010, Vol. 6398, P. 93–108, DOI: 10.1007/978-3-642-16181-0_9, WOS: 000289457100009, Scopus: 2-s2.0-78649930876, eLIBRARY: 16980033,
  46. К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Об одном алгоритме согласования деревьев генов и видов с учетом дупликаций, потерь и горизонтальных переносов генов. Информационные процессы, 2010, том 10, № 2, стр. 140–144, eLIBRARY: 17685313, i,
  47. K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. A fast algorithm of building species supertrees with a set of gene trees. Proceedings of the Seventh International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB'2010), Novosibirsk, Russia, June 20–27 2010, P. 92
  48. K.V. Lopatovskaya, K.Yu. Gorbunov, L.Yu. Rusin, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky. The evolution of proline synthesis transcription regulation in gamma proteobacteria. Molecular Phylogenetics, Contributions to the 2nd Moscow International Conference “Molecular Phylogenetics” (MolPhy-2), Moscow: Torus Press, 2010, P. 132–133
  49. К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Дерево, ближайшее в среднем к данному набору деревьев. Проблемы передачи информации, 2011, том 47, вып. 3, стр. 64–79, Mi: ppi2055,
    Перевод: K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. The tree nearest on average to a given set of trees. Problems of Information Transmission, Sep 2011, Vol. 47, No. 3, P. 274–288, DOI: 10.1134/S0032946011030069, WOS: 000299374700006, Scopus: 2-s2.0-84855917719, eLIBRARY: 18033897,
  50. K.Yu. Gorbunov, L.I. Rubanov, L.Yu. Rusin, V.A. Lyubetsky. An accurate algorithm of cubic complexity to build supertrees. Zitteliana. An International Journal of Palaeontology and Geobiology. Series B, Vol. 30, Abstracts of the international conference “Deep Metazoan Phylogeny 2011 – new data, new challenges", Munchen, Germany, October 11–14 2011, P. 20, i,
  51. О.А. Зверков, К.Ю. Горбунов, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Кластеризация белков с учётом их доменной структуры. Труды 54-й научной конференции МФТИ «Проблемы фундаментальных и прикладных естественных и технических наук в современном информационном обществе», 25–26 ноября 2011, Москва, 25–26 ноября 2011, М.: МФТИ, 2011, Управление и прикладная математика, том 2, стр. 88–89, i,
  52. Е.В. Любецкая, К.Ю. Горбунов, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Дифференциальные уравнения, описывающие клеточный процесс. Труды 54-й научной конференции МФТИ «Проблемы фундаментальных и прикладных естественных и технических наук в современном информационном обществе», Москва, 25–26 ноября 2011, М.: МФТИ, 2011, Управление и прикладная математика, том 2, стр. 91–92, i,
  53. К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Быстрый алгоритм построения супердерева видов по набору белковых деревьев. Молекулярная биология, 2012, том 46, № 1, стр. 176–183, PMID: 22642116, eLIBRARY: 17313074,
    Перевод: K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. Fast algorithm to reconstruct a species supertree from a set of protein trees. Molecular Biology, Feb 2012, Vol. 46, No. 1, P. 161–167, DOI: 10.1134/S0026893312010086, WOS: 000302960100020, Scopus: 2-s2.0-84857212763, eLIBRARY: 17976882,
  54. К.Ю. Горбунов, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Взаимное расположение параллельных гиперплоскостей, квадрик и вершин многомерного куба. Проблемы передачи информации, 2012, том 48, вып. 2, стр. 113–120, Mi: ppi2079,
    Перевод: K.Yu. Gorbunov, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky. Geometric relationship between parallel hyperplanes, quadrics, and vertices of a hypercube. Problems of Information Transmission, Apr 2012, Vol. 48, Iss. 2, P. 185–192, DOI: 10.1134/S0032946012020081, WOS: 000306338300008, Scopus: 2-s2.0-84865705227, eLIBRARY: 20473311,
  55. V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, L.Yu. Rusin, K.Yu. Gorbunov. Cubic time algorithms of amalgamating gene trees and building evolutionary scenarios. Biology Direct, Dec 22 2012, Vol. 7, Art. 48, DOI: 10.1186/1745-6150-7-48, WOS: 000315728400001, Scopus: 2-s2.0-84871384285, PMID: 23259766, eLIBRARY: 20488413,
  56. K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. The problems of reconciling gene and species trees, mapping a gene tree into a species tree, and gene tree inference. Abstracts of the First RECOMB Satellite Conference on Open Problems in Algorithmic Biology (RECOMB-AB), St. Petersburg, Russia, August 27–29 2012, P. 48,
  57. K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. Modelling co-evolution of regulatory systems, genes and species with supercomputers. Proceedings of The 4th International Conference “Mathematical Biology and Bioinformatics”, Pushchino, Moscow region, October 14–19 2012, P. 70–71,
  58. V.A. Lyubetsky, K.Yu. Gorbunov, L.Yu. Rusin. Detecting conflicts in large sets of phylogenetic trees. Proceedings of the “BioSyst.EU 2013 Global systematics” conference, Vienna, Austria, February 18–22 2013, P. 131,
  59. В.А. Любецкий, К.Ю. Горбунов. Задачи и алгоритмы, связанные с хромосомными перестройками. Современные информационные технологии и ИТ-образование, 2013, № 9, стр. 764–768, eLIBRARY: 23020602,
  60. L.Yu. Rusin, E.V. Lyubetskaya, K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. Reconciliation of gene and species trees. BioMed Research International, Mar 27 2014, Vol. 2014, Art. 642089, 22 pp.
    ⓘ DOI: 10.1155/2014/642089, WOS: 000333909600001, Scopus: 2-s2.0-84899516778, PMID: 24800245, eLIBRARY: 21873983, EDN: SKRJQJ, ISTINA: 6043460. ＄ MESRF 8481 & 14.740.11.1053, RFBR 13-04-40196-H.
  61. V.A. Lyubetsky, K.Yu. Gorbunov. Chromosome structures reconstruction. In: Molecular Phylogenetics, (Eds.: A. Troitsky, L. Rusin, N. Petrov), Moscow: Torus Press, 2014, P. 42.
    ⓘ eLIBRARY: 25432819, EDN: VKOFDL,
  62. Л.И. Рубанов, К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Программа для филогенетического исследования совместной эволюции генов и видов – EMBED3GL. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ, 2014, № 2014615607, 29.05.2014, Язык программирования: C/C++, интерфейс MPI, Объем: 329 Кб, Правообладатель: ИППИ РАН.
    ⓘ ФИПС: 2014615607,
  63. Л.И. Рубанов, К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Программа построения филогенетического супердерева - SUPER3GL. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ, 2014, № 2014615610, 29.05.2014, Язык программирования: С++, интерфейс MPI, Объем: 296 Кб, Правообладатель: ИППИ РАН.
    ⓘ ФИПС: 2014615610,
  64. Л.И. Рубанов, К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Программа построения базисных деревьев для плохо обусловленного набора исходных деревьев генов – BASIS3GL. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ, 2014, № 2014662596, 03.12.2014, Язык программирования: С++, Объем: 248 Кб, Правообладатель: ИППИ РАН.
    ⓘ ФИПС: 2014662596,
  65. V.A. Lyubetsky, A.V. Seliverstov, K.Yu. Gorbunov. Rearrangement of chromosomes: problems, algorithms, databases, and gene expression regulations. The Ninth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure\Systems Biology (BGRS\SB'2014), Novosibirsk, Russia, Jun 24 2014, oral presentation
  66. В.А. Любецкий, К.Ю. Горбунов. Алгоритм расстановки по дереву предковых хромосомных структур: корректность и результаты. IX Международная научно-практическая конференция «Современные информационные технологии и ИТ-образование», Москва, МГУ им. М. В. Ломоносова, 15 ноября 2014, доклад, i,
  67. К.Ю. Горбунов. Алгоритм перестройки хромосомной структуры. IX Международная научно-практическая конференция «Современные информационные технологии и ИТ-образование», Москва, МГУ им. М. В. Ломоносова, 15 ноября 2014, доклад, i,
  68. К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Линейный алгоритм кратчайшей перестройки структур. Семинар по теории кодирования, Москва, Большой Каретный пер., дом 19, комн. 307, 16 декабря 2014, 19:00, доклад, MathNet
  69. А.А. Мучник, К.Ю. Горбунов. Алгоритмические аспекты декомпозиции и эквивалентности конечнозначных преобразователей. Проблемы передачи информации, 2015, том 51, вып. 3, стр. 70–92.
    ⓘ eLIBRARY: 45836664, EDN: IHWJNE, Mi: ppi2180. ＄ РНФ 14-50-00150.
    Перевод: A.A. Muchnik, K.Yu. Gorbunov. Algorithmic aspects of decomposition and equivalence of finite-valued transducers. Problems of Information Transmission, Jul 2015, Vol. 51, Iss. 3, P. 267–288.
    ⓘ DOI: 10.1134/S0032946015030059, WOS: 000363254900005, Scopus: 2-s2.0-84944450762, eLIBRARY: 24961755, EDN: VAGESZ. ＄ RSF 14-50-00150.
  70. К.Ю. Горбунов, Р.А. Гершгорин, В.А. Любецкий. Перестройка и реконструкция хромосомных структур. Молекулярная биология, 2015, том 49, № 3, стр. 372–383.
    ⓘ DOI: 10.7868/S0026898415030076, Scopus: 2-s2.0-84938933548, PMID: 26107890, eLIBRARY: 23335324, EDN: TQQVCP, ИСТИНА: 19234624, ИППИ: 7046. ＄ РНФ 14-50-00150.
    Перевод: K.Yu. Gorbunov, R.A. Gershgorin, V.A. Lyubetsky. Rearrangement and inference of chromosome structures. Molecular Biology, May 2015, Vol. 49, No. 3, P. 327–338.
    ⓘ DOI: 10.1134/S0026893315030073, WOS: 000356371700001, Scopus: 2-s2.0-84935847255, eLIBRARY: 23988505, EDN: UEYLOB, ISTINA: 87049104, IITP: 7046. ＄ RSF 14-50-00150.
  71. К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Реконструкция предковых хромосомных структур. Современные информационные технологии и ИТ-образование, 2015, том 2, № 11, стр. 600–605.
    ⓘ eLIBRARY: 26167554, EDN: WAQFZV, ИСТИНА: 87049117, ИППИ: 7464. ＄ РНФ 14-50-00150.
  72. R.A. Gershgorin, K.Yu. Gorbunov, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky. Evolution of chromosome structures. Proceedings of the 39th IITP RAS Interdisciplinary Conference & School “Information Technology and Systems 2015” (ITaS’15), Sochi, Russia, Sep 7–11 2015, Moscow: IITP, 2015, P. 105–120.
    ⓘ eLIBRARY: 24378278, EDN: UNMFKT, IITP: 8181. ＄ RSF 14-50-00150. i,
  73. V.A. Lyubetsky, R.A. Gershgorin, A.V. Seliverstov, K.Yu. Gorbunov. Algorithms for reconstruction of chromosomal structures. BMC Bioinformatics, Jan 19 2016, Vol. 17, Art. 40, 23 pp.
    ⓘ DOI: 10.1186/s12859-016-0878-z, WOS: 000368414800001, Scopus: 2-s2.0-84954341725, PMID: 26780836, PMC4717669, eLIBRARY: 28465238, EDN: XYXNKL, ISTINA: 39291927, IITP: 7316. ＄ RSF 14-50-00150. i,
  74. К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Линейный алгоритм кратчайшей перестройки графов при разных ценах операций. Информационные процессы, 2016, том 16, № 2, стр. 223–236.
    ⓘ eLIBRARY: 26181047, EDN: WAXXPL, ИСТИНА: 38444081, ИППИ: 7458. ＄ РНФ 14-50-00150. i,
  75. К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Модифицированный алгоритм преобразования хромосомных структур: условия абсолютной точности. Современные информационные технологии и ИТ-образование, 2016, том 12, № 1, стр. 162–172.
    ⓘ eLIBRARY: 27539231, EDN: XEQRBX, ИСТИНА: 39325274, ИППИ: 8167. ＄ РНФ 14-50-00150.
  76. С.А. Королев, К.Ю. Горбунов, О.А. Зверков, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий. Вырожденные инвертированные повторы в геномах микобактерий. Современные информационные технологии и ИТ-образование, 2016, том 12, № 1, стр. 182–187.
    ⓘ eLIBRARY: 27539233, EDN: XEQRCR, ИСТИНА: 39325396, ИППИ: 7369. ＄ РНФ 14-50-00150.
  77. K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. A modified algorithm for transformation of chromosomal structures: a condition of absolute exactness. CEUR Workshop Proceedings, Selected Papers of the First International Scientific Conference Convergent Cognitive Information Technologies (Convergent 2016), Moscow, Russia, November 25–26 2016, Vol. 1763, P. 162–172, in Russian.
    ⓘ Scopus: 2-s2.0-85009415092, eLIBRARY: 29474284, EDN: YUZQDB, ISTINA: 87049057, IITP: 7459. ＄ РНФ 14-50-00150. i,
  78. S.A. Korolev, K.Yu. Gorbunov, O.A. Zverkov, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky. Degenerate inverted repeats in the genomes of mycobacterium. CEUR Workshop Proceedings, Selected Papers of the First International Scientific Conference Convergent Cognitive Information Technologies (Convergent 2016), Moscow, Russia, November 25–26 2016, Vol. 1763, P. 182–187, in Russian.
    ⓘ Scopus: 2-s2.0-85009399359, eLIBRARY: 29477080, EDN: YVBFML, ISTINA: 87047396, IITP: 7461. ＄ РНФ 14-50-00150. i,
  79. В.А. Любецкий, К.Ю. Горбунов, А.В. Селиверстов. Оптимизация на графах: кластеризация и согласование. Научно-практическая конференция «Технологии параллельной обработки больших графов» GraphHPC-2016, Москва, 3 марта 2016, устный доклад, i,
  80. V.A. Lyubetsky, R.A. Gershgorin, K.Yu. Gorbunov. Chromosome structures: reduction of certain problems with unequal gene content and gene paralogs to integer linear programming. BMC Bioinformatics, Dec 6 2017, Vol. 18, Art. 537, 18 pp.
    ⓘ DOI: 10.1186/s12859-017-1944-x, WOS: 000417558100001, Scopus: 2-s2.0-85043231032, PMID: 29212445, PMC5719933, eLIBRARY: 35519940, EDN: UYCOAT, ISTINA: 88753567, IITP: 7683. ＄ RSF 14-50-00150.
  81. R.A. Gershgorin, K.Yu. Gorbunov, O.A. Zverkov, L.I. Rubanov, A.V. Seliverstov, V.A. Lyubetsky. Highly conserved elements and chromosome structure evolution in mitochondrial genomes in ciliates. Life, Feb 27 2017, Vol. 7, Iss. 1, Art. 9, 11 pp.
    ⓘ DOI: 10.3390/life7010009, WOS: 000398680000008, Scopus: 2-s2.0-85016311163, PMID: 28264444, PMC5370409, eLIBRARY: 29483092, EDN: YVEQKT, ISTINA: 87046898, IITP: 7454. ＄ RSF 14-50-00150. i,
  82. К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Кратчайшее преобразование графа. Доклады Академии наук, 2017, том 476, № 6, стр. 614–616.
    ⓘ DOI: 10.7868/S0869565217300028, eLIBRARY: 30267850, EDN: ZMJDGT, ИСТИНА: 87048818, ИППИ: 7567,
    Перевод: K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. The minimum-cost transformation of graphs. Doklady Mathematics, Sep 2017, Vol. 96, No. 2, P. 503–505.
    ⓘ DOI: 10.1134/S1064562417050313, WOS: 000415856500023, Scopus: 2-s2.0-85035050622, eLIBRARY: 31050739, EDN: XNNXKS, ISTINA: 87048830, IITP: 7567,
  83. К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Линейный алгоритм минимальной перестройки структур. Проблемы передачи информации, 2017, том 53, вып. 1, стр. 60–78.
    ⓘ eLIBRARY: 28876248, EDN: YHXJLF, Mi: ppi2228, ИСТИНА: 87048951, ИППИ: 7455. ＄ РНФ 14-50-00150.
    Перевод: K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. Linear algorithm for minimal rearrangement of structures. Problems of Information Transmission, Jan 2017, Vol. 53, Iss. 1, P. 55–72.
    ⓘ DOI: 10.1134/S0032946017010057, WOS: 000399821500005, Scopus: 2-s2.0-85018193412, eLIBRARY: 41772731, EDN: OHFFPV, ISTINA: 87048959, IITP: 7455. ＄ RSF 14-50-00150.
  84. K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. A linear algorithm for the shortest transformation of graphs with different operation costs. Journal of Communications Technology and Electronics, Jun 2017, Vol. 62, No. 6, P. 653–662.
    ⓘ DOI: 10.1134/S1064226917060092, WOS: 000406306000018, Scopus: 2-s2.0-85024099889, eLIBRARY: 31057587, EDN: XNRKPE, ISTINA: 87048972, IITP: 7559. ＄ RSF 14-50-00150.
  85. К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Алгоритм преобразования одного графа в другой с минимальной ценой. Информатика и её применения, 2017, том 11, вып. 1, стр. 79–89.
    ⓘ DOI: 10.14357/19922264170107, Scopus: 2-s2.0-85028801879, eLIBRARY: 29159457, EDN: YOCMXT, Mi: ia461, ИСТИНА: 87049001, ИППИ: 7456. ＄ РНФ 14-50-00150.
  86. K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. Transformation of large chromosome structures: an algorithm of equalization of gene contents. CEUR Workshop Proceedings, 2017, Vol. 2064, Convergent Cognitive Information Technologies 2017, P. 395–401, in Russian, Selected Papers of the II International Scientific Conference Convergent Cognitive Information Technologies (Convergent 2017), Moscow, Russia, November 24–26.
    ⓘ Scopus: 2-s2.0-85044532023, eLIBRARY: 35488743, EDN: XXHHDF, ISTINA: 110758795, IITP: 7669. ＄ РНФ 14-50-00150. i,
  87. В.А. Любецкий, Л.И. Рубанов, К.Ю. Горбунов, О.А. Зверков, А.В. Селиверстов. Высококонсервативные элементы в митохондриях инфузорий и однодольных растений. Материалы IX Международного Конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития», Москва, 20–22 февраля 2017, часть 1, стр. 392.
    ⓘ eLIBRARY: 29220438, EDN: YPLEZZ, ИППИ: 8163,
    Перевод: V.A. Lyubetsky, L.I. Rubanov, K.Yu. Gorbunov, O.A. Zverkov, A.V. Seliverstov. Highly conserved elements in mitochondrial genomes of ciliates and monocots. Materials of the IX International Congress “Biotechnology: State of the Art and Prospects of Development”, Moscow, Russia, February 20–22 2017, Part 1, P. 393.
    ⓘ eLIBRARY: 29220438, EDN: YPLEZZ, IITP: 8163,
  88. К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Линейный алгоритм перестройки графа. Автоматика и телемеханика, 2018, том 79, № 12, стр. 124–141.
    ⓘ DOI: 10.31857/S000523100002861-1, eLIBRARY: 36515655, EDN: VNJCRW, Mi: at15225, ИСТИНА: 160477204, ИППИ: 7704. ＄ РНФ 14-50-00150. i,
    Перевод: K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. A linear algorithm for restructuring a graph. Automation and Remote Control, Dec 2018, Vol. 79, Iss. 12, P. 2203–2216.
    ⓘ DOI: 10.1134/S0005117918120093, WOS: 000453228600009, Scopus: 2-s2.0-85058329733, eLIBRARY: 38640456, EDN: VDPHLO, ISTINA: 160477443, IITP: 7704. ＄ RSF 14-50-00150.
  89. V.A. Lyubetsky, E.V. Lyubetskaya, K.Yu. Gorbunov. Linear algorithm for a cyclic graph transformation. Lobachevskii Journal of Mathematics, 2018, Vol. 39, No. 9, P. 1217–1227.
    ⓘ DOI: 10.1134/S1995080218090147, WOS: 000455276100007, Scopus: 2-s2.0-85059767400, eLIBRARY: 44242868, EDN: YUPXBT, ISTINA: 160477593, IITP: 7682. ＄ RSF 14-50-00150.
  90. В.А. Любецкий, К.Ю. Горбунов. Линейный алгоритм преобразования циклических графов. Научно-практическая конференция «Технологии параллельной обработки больших графов» GraphHPC-2018, Москва, 1 марта 2018, устный доклад, i,
  91. К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Линейный алгоритм реконструкции хромосомных структур. Материалы международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития», Москва, 25–27 февраля 2019, вып. 17, стр. 349–350.
    ⓘ eLIBRARY: 37590378, EDN: GMKSEY, ИППИ: 8154. ＄ РФФИ 18-29-13037.
    Перевод: K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. Linear algorithm for reconstruction of chromosome structures. The proceedings of International congress «Biotechnology: state of the art and perspectives», Moscow, Russia, February 25–27 2019, Iss. 17, P. 350–351.
    ⓘ eLIBRARY: 37590378, EDN: GMKSEY, IITP: 8154. ＄ RFBR 18-29-13037.
  92. K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. Linear time additively exact algorithm for transformation of chain-cycle graphs for arbitrary costs of deletions and insertions. Mathematics, Nov 10 2020, Vol. 8, No. 11, Art. 2001, 30 pp.
    ⓘ DOI: 10.3390/math8112001, WOS: 000593278400001, Scopus: 2-s2.0-85096013784, eLIBRARY: 45188890, EDN: GQOUXC, ISTINA: 332916134, IITP: 8184. ＄ RFBR 18-29-13037.
  93. К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Почти точный линейный алгоритм преобразования графов из цепей и циклов, с оптимизацией суммы цен операций. Доклады Российской академии наук. Математика, информатика, процессы управления, 2020, том 494, № 1, стр. 26–29.
    ⓘ DOI: 10.31857/S2686954320050343, eLIBRARY: 44344642, EDN: JPTDGR, Mi: danma111, ИСТИНА: 343443913, ИППИ: 8166. ＄ РФФИ 18-29-13037.
    Перевод: K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. An almost exact linear algorithm for transformation of chain-cycle graphs with optimization of the sum of operation costs. Doklady Mathematics, Sep 2020, Vol. 102, No. 2, P. 376–379.
    ⓘ DOI: 10.1134/S1064562420050324, WOS: 000607872900006, Scopus: 2-s2.0-85099402453, eLIBRARY: 45006892, EDN: BSADMD, ISTINA: 349483922, IITP: 8166. ＄ RFBR 18-29-13037.
  94. К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Эволюция митохондриальных геномных структур у Metazoa: алгоритм и программа. Материалы международного форума «Биотехнология: состояние и перспективы развития», Москва, 28–30 октября 2020, вып. 18, стр. 260–261.
    ⓘ DOI: 10.37747/2312-640X-2020-18-260-262, eLIBRARY: 44374970, EDN: OCTAYM, ИППИ: 8178. ＄ РФФИ 18-29-13037.
    Перевод: K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. Evolution of mitochondrial genomic structures in metazoans: algorithm and software. The proceedings of International forum «Biotechnology: state of the art and perspectives», Moscow, Russia, October 28–30 2020, Iss. 18, P. 261–262.
    ⓘ DOI: 10.37747/2312-640X-2020-18-260-262, eLIBRARY: 44374970, EDN: OCTAYM, IITP: 8178. ＄ RFBR 18-29-13037.
  95. K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. An almost exact linear complexity algorithm of the shortest transformation of chain-cycle graphs. Eprint, arXiv:2004.14351 [math.CO], Apr 29 2020.
    ⓘ IITP: 8159, i,
  96. K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. Multiplicatively exact algorithms for transformation and reconstruction of directed path-cycle graphs with repeated edges. Mathematics, Oct 14 2021, Vol. 9, No. 20, Art. 2576.
    ⓘ DOI: 10.3390/math9202576, WOS: 000716057500001, Scopus: 2-s2.0-85117474779, eLIBRARY: 47515617, EDN: AMVFGJ, ISTINA: 402488632, IITP: 8274. ＄ RFBR 18-29-13037.
  97. К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Реконструкция эволюции геномных структур с паралогами. Материалы международного конгресса «Биотехнология: состояние и перспективы развития», Москва, 26–29 октября 2021, вып. 19, стр. 207–208.
    ⓘ DOI: 10.37747/2312-640X-2021-19-207-209, eLIBRARY: 47185007, EDN: FOWJSP. ＄ РФФИ 18-29-13037.
    Перевод: K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. Reconstruction of evolution of genome structures with paralogs. The proceedings of International congress «Biotechnology: state of the art and perspectives», Moscow, Russia, October 26–29 2021, Iss. 19, P. 208–209.
    ⓘ DOI: 10.37747/2312-640X-2021-19-207-209, eLIBRARY: 47185007, EDN: FOWJSP. ＄ RFBR 18-29-13037.
  98. K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. Constructing an evolutionary tree and path–cycle graph evolution along it. Mathematics, Apr 24 2023, Vol. 11, No. 9, Art. 2024.
    ⓘ DOI: 10.3390/math11092024, WOS: 000986948600001, Scopus: 2-s2.0-85159228695, ISTINA: 556631144, IITP: 8556. ＄ RFBR 20-01-00670.
  99. K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. Algorithms for the reconstruction of genomic structures with proofs of their low polynomial complexity and high exactness. Mathematics, Mar 11 2024, Vol. 12, No. 6, Art. 817.
    ⓘ Scopus: 2-s2.0-85188968210, DOI: 10.3390/math12060817, ISTINA: 637786193, IITP: 8645. ＄ RSF 24-44-00099.

Список обновлён: 17.04.2024

« back