Публикации сотрудника • Константин Юрьевич Горбунов

1. К.Ю. Горбунов. Не существует перечислимого семейства контекстно-свободных грамматик, порождающего класс всех однозначных языков. Математические заметки, 1991, том 50, вып. 1, стр. 34–40, Mi: mzm3000, PDF
   Англоязычное издание:
   K.Yu. Gorbunov. There does not exist an enumerable family of context-free grammars that generates the class of single-valued languages. Mathematical Notes, Jul-Aug 1991, Vol. 50, Iss. 1, P. 683–687, DOI: 10.1007/BF01156601, WOS: A1991HK92100004, eLIBRARY: 30894908, PDF
2. К.Ю. Горбунов. Контекстно-свободная выводимость графов, не реализующих плоскую решетку. Доклады Академии наук СССР, 1991, том 316, вып. 2, стр. 270–274
3. K.Yu. Gorbunov. On a complexity of the formula (A ∨ B) ⇒ C. Theoretical Computer Science, Nov 6 1998, Vol. 207, Iss. 2, P. 383–386, DOI: 10.1016/S0304-3975(98)00074-7, WOS: 000076033800007, eLIBRARY: 13302525, i, PDF
4. K.Yu. Gorbunov. An estimate of the tree-width of a planar graph which has not a given planar grid as a minor. In: Graph-Theoretic Concepts in Computer Science, Lecture Notes in Computer Science, 1998, Vol. 1517, P. 372–383, DOI: 10.1007/10692760_30, WOS: 000083174200030, eLIBRARY: 24947049, PDF
5. R. Diestel, T.R. Jensen, K.Yu. Gorbunov, C. Thomassen. Highly connected sets and the excluded grid theorem. Journal of Combinatorial Theory. Series B, Jan 1999, Vol. 75, Iss. 1, P. 61–73, DOI: 10.1006/jctb.1998.1862, WOS: 000078082100005, Scopus: 2-s2.0-0001853238, eLIBRARY: 13323756, PDF
6. К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Об алгоритме выявления регуляторного сигнала в наборе последовательностей. Логические исследования, М.: Наука, 2000, вып. 7, стр. 159–163, eLIBRARY: 21575669
7. В.В. Вьюгин, К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Алгоритмы выделения регуляторного сигнала и построения эволюционных деревьев. Труды II международной конференции «Проблемы управления и моделирования в сложных системах», Самара, 20–23 июня 2000, Самара: Самарский научный центр РАН, 2000, стр. 130–137
8. К.Ю. Горбунов. Об оценке матричной сложности множества. Труды II международной конференции «Проблемы управления и моделирования в сложных системах», Самара, 20–23 июня 2000, Самара: Самарский научный центр РАН, 2000, стр. 138–140
9. Л.В. Данилова, К.Ю. Горбунов, М.С. Гельфанд, В.А. Любецкий. Алгоритм выделения регуляторных сигналов в последовательностях ДНК. Молекулярная биология, 2001, том 35, № 6, стр. 987–995, Scopus: 2-s2.0-0035513228, PMID: 11771146, PDF
   Англоязычное издание:
   L.V. Danilova, K.Yu. Gorbunov, M.S. Gelfand, V.A. Lyubetskii. Algorithm of regulatory signal recognition in DNA sequences. Molecular Biology, Nov–Dec 2001, Vol. 35, No. 6, P. 841–848, DOI: 10.1023/A:1013282101105, WOS: 000173100100008, Scopus: 2-s2.0-0035497842, eLIBRARY: 13370921, PDF
10. Л.В. Данилова, К.Ю. Горбунов, М.С. Гельфанд, В.А. Любецкий. Алгоритм выделения регуляторных сигналов в последовательностях ДНК. Информационные процессы, 2001, том 1, № 1, стр. 56–63, eLIBRARY: 9116966, i, PDF
11. К.Ю. Горбунов. Об одной модели информационной зависимости в алгебраической геометрии. Информационные процессы, 2001, том 1, № 2, стр. 147–149, eLIBRARY: 9117531, i, PDF
12. К.Ю. Горбунов, Е.В. Любецкая, В.А. Любецкий. О двух алгоритмах поиска альтернативной вторичной структуры РНК. Информационные процессы, 2001, том 1, № 2, стр. 178–187, eLIBRARY: 9117534, i, PDF
13. К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Алгоритм поиска консервативных вторичных структур в наборе фрагментов РНК. Информационные процессы, 2002, том 2, № 1, стр. 55–58, eLIBRARY: 9117549, i, PDF
14. K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. An algorithm for searching for common secondary structures in a set of RNA sequences. Proceedings of the Third International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2002), Novosibirsk, Russia, July 14–20 2002, Vol. 3, P. 20–22, i, PDF
15. К.Ю. Горбунов, А.А. Миронов, В.А. Любецкий. Поиск консервативных вторичных структур РНК. Молекулярная биология, 2003, том 37, № 5, стр. 850–860, Scopus: 2-s2.0-1542601154, eLIBRARY: 17674080, PMID: 14593922, PDF
    Англоязычное издание:
    K.Yu. Gorbunov, A.A. Mironov, V.A. Lyubetsky. Search for conserved secondary structures of RNA. Molecular Biology, Sep-Oct 2003, Vol. 37, No. 5, P. 723–732, DOI: 10.1023/A:1026089011336, WOS: 000186455600011, Scopus: 2-s2.0-1642578789, eLIBRARY: 13442137, PDF
16. K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. An algorithm for detecting common secondary structures in a set of RNA sequences. Biophysics, 2003, Vol. 48, Suppl. 1, P. S56–S67, Scopus: 2-s2.0-33750574791, eLIBRARY: 13432908
17. В.А. Любецкий, К.Ю. Горбунов. Поиск консервативных вторичных структур РНК. Информационные процессы, 2003, том 3, № 1, стр. 47–60, eLIBRARY: 9124503, i, PDF
18. K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. Detecting common secondary structures in a set of RNA sequences and its testing. Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’03, Moscow, Russia, July 22–25 2003, P. 83–85
19. К.Ю. Горбунов. Одно обобщение теоремы Гильберта о базисе. Математические заметки, 2003, том 74, № 4, стр. 508–516, DOI: 10.4213/mzm286, Mi: mzm286, PDF
    Англоязычное издание:
    K.Yu. Gorbunov. A generalization of the Hilbert basis theorem. Mathematical Notes, Sep–Oct 2003, Vol. 74, No. 3-4, P. 483–490, DOI: 10.1023/A:1026187625738, WOS: 000186455400022, Scopus: 2-s2.0-0345863703, eLIBRARY: 13416954, PDF
20. K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. A model of tryptophan biosynthesis regulation. Proceedings of the Fourth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2004), Novosibirsk, Russia, July 25–30 2004, Vol. 2, P. 53–55, WOS: 000242400300011, i, PDF
21. К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Модель регуляции биосинтеза. Труды VI международной конференции «Проблемы управления и моделирования в сложных системах», Самара, 14–17 июня 2004, Самара: Самарский научный центр РАН, 2004, стр. 151–153
22. V.A. Lyubetsky, K.Yu. Gorbunov, V.V. V'yugin. Inferring evolutionary events, quality of COGs, measuring the dissimilarity between gene and species trees. Presentation abstracts of the EMBO World Phylogenetic Course 2004, Rio de Janeiro, Brazil, Nov 1–7 2004, устное сообщение
23. К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Поиск предковых генов, нарушающих согласованность деревьев белков и видов. Молекулярная биология, 2005, том 39, № 5, стр. 847–858, WOS: 000232615100012, Scopus: 2-s2.0-33644644463, eLIBRARY: 9156026, PMID: 16240718
    Англоязычное издание:
    K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. Identification of ancestral genes that introduce incongruence between protein- and species trees. Molecular Biology, Sep–Oct 2005, Vol. 39, No. 5, P. 741–751, DOI: 10.1007/s11008-005-0089-6, Scopus: 2-s2.0-27744576123, eLIBRARY: 13498057, PDF
24. В.А. Любецкий, К.Ю. Горбунов, С.А. Пирогов, Л.И. Рубанов, А.В. Селиверстов. Алгоритм и результаты счета для модели регуляции экспрессии генов у бактерий на основе формирования вторичных структур РНК. Информационные процессы, 2005, том 5, № 5, стр. 337–366, eLIBRARY: 9124569, i, PDF
25. В.А. Любецкий, К.Ю. Горбунов, В.В. Вьюгин, Л.Ю. Русин. Удаление шума в множественном выравнивании белковых последовательностей. Информационные процессы, 2005, том 5, № 5, стр. 380–391, eLIBRARY: 9124571, i, PDF
26. K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. Algorithms to reconstruct ancestral gene evolution events. Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’05, Moscow, Russia, July 18–21 2005, P. 128–129
27. С.А. Пирогов, К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Макро- и микросостояния в модели аттенюаторной регуляции экспрессии генов у бактерий. Труды VII международной конференции «Проблемы управления и моделирования в сложных системах», Самара, 27 июня – 01 июля 2005, Самара: Самарский научный центр РАН, 2005, стр. 210–215
28. V.A. Lyubetsky, K.Yu. Gorbunov, L.Yu. Rusin, V.V. V'yugin. Algorithms to reconstruct evolutionary events at molecular level and infer species phylogeny. In: Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II, Springer US, 2006, Part 1, P. 189–204, DOI: 10.1007/0-387-29455-4_20, WOS: 000234508700021, PDF
29. K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. Inferring regulatiory signal profiles and evolutionary events. Proceedings of the Fifth International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure (BGRS'2006), Novosibirsk, Russia, July 16–22 2006, Vol. 3, P. 151–154, WOS: 000243859500031, i, PDF
30. L.Yu. Rusin, V.A. Lyubetsky, O.A. Zverkov, K.Yu. Gorbunov, V.V. V'yugin. Signal concentration in multiple sequence alignment: empirical and simulation studies. Society for Molecular Biology and Evolution Meeting SMBE'2006: Genomes, Evolution and Bioinformatics (GEB2006) conference, Tempe, Arizona, USA, May 24–28 2006, poster presentation, i
31. К.Ю. Горбунов. Оценка числа элементов покрытия произвольного теста на случайность частотными тестами. Проблемы передачи информации, 2007, том 43, вып. 1, стр. 56–66, eLIBRARY: 9469527, Mi: ppi6, PDF
    Англоязычное издание:
    K.Yu. Gorbunov. Bound on the cardinality of a covering of an arbitrary randomness test by frequency tests. Problems of Information Transmission, 2007, Vol. 43, No. 1, P. 48–56, DOI: 10.1134/S0032946007010061, WOS: 000255299000006, Scopus: 2-s2.0-34247587197, eLIBRARY: 13557019, PDF
32. К.Ю. Горбунов, В.А. Любецкий. Реконструкция предковых регуляторных сигналов вдоль дерева эволюции фактора транскрипции. Молекулярная биология, 2007, том 41, № 5, стр. 918–925, eLIBRARY: 9534391, PMID: 18240574, PDF
    Англоязычное издание:
    K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. Reconstruction of ancestral regulatory signals along a transcription factor tree. Molecular Biology, Oct 2007, Vol. 41, No. 5, P. 836–842, DOI: 10.1134/S0026893307050172, WOS: 000250240200016, Scopus: 2-s2.0-35349021081, eLIBRARY: 13544074, PDF
33. K.Yu. Gorbunov, D. Radionov, O.N. Laikova, M.S. Gelfand, V.A. Lyubetsky. Reconstruction of ancestral regulatory signal along a phylogeny. Proceedings of the International Moscow Conference on Computational Molecular Biology: MCCMB’07, Moscow, Russia, July 27–31 2007, P. 111–113, PDF
34. K.Yu. Gorbunov, V.A. Lyubetsky. Modeling evolution of the nucleotide sequence with secondary structure. Proceedings of the international scientific conference “Computational Phylogenetics and Molecular Systematics, CPMS’2007”, Moscow, Russia, November 16–19 2007, KMK Scientific Press, P. 68–75
35. V.A. Lyubetsky, A.V. Seliverstov, K.Yu. Gorbunov. Models of gene expression regulation and evolution of regulatory elements. Proceedings of the international scientific conference “Computational Phylogenetics and Molecular Systematics, CPMS’2007”, Moscow, Russia, November 16–19 2007, KMK Scientific Press, P. 158–165
36. В.А. Любецкий, Е.А. Жижина, К.Ю. Горбунов, А.В. Селиверстов. Модель эволюции нуклеотидной последовательности. Математические методы распознавания образов, 2007, том 13, № 1, стр. 605–609, eLIBRARY: 29129790, PDF
37. K.Yu. Gorbunov, V.G. Kanovei, V.A. Lyubetsky. Inferring optimal scenario of gene evolution along a